[发明专利]鉴定万寿菊瓣型的CAPS分子标记、检测引物及检测试剂盒

说明书

本发明公开了鉴别万寿菊瓣型的CAPS分子标记、检测引物及检测试剂盒。本发明利用BSR‑seq技术获取与万寿菊瓣型紧密连锁的SNP位点筛选并转化为CAPS标记Marker 67，其在单瓣万寿菊的序列为SEQ ID NO:1所示，其在复瓣万寿菊的序列为SEQ IDNO:2所示；应用该分子标记能对万寿菊复瓣与单瓣进行准确区分，在万寿菊单复瓣F2分离群体中检测效率达98.96％，在70份万寿菊商业品种和自交系中检出率达85.71％。本发明还提供了CAPS分子标记Marker 67的检测引物以及鉴定万寿菊瓣型的PCR检测试剂盒。本发明在苗期对万寿菊的实生苗进行分子标记辅助育种，有效提高了育种效率。

技术领域

本发明涉及植物品质性状的分子标记，尤其涉及鉴定万寿菊瓣型的CAPS分子标记及其应用，属于万寿菊瓣型的CAPS分子标记领域。

背景技术

万寿菊(Tagetes erecta)是菊科万寿菊属植物，因花色艳丽、花型饱满、花期持久而成为重要的花坛花卉。菊科花卉有着与众不同的头状花序，外围是两侧对称的舌状花，中间是辐射对称的管状花。以万寿菊为例，外围只有一轮舌状花则为单瓣，外围有多轮舌状花则为复瓣。

花卉的观赏性主要集中在花上，相比于单瓣花，复瓣花的花型更加饱满，因而有着更强的观赏性。万寿菊的瓣型很容易分辨，在传统育种中可作为一种形态标记，但必须在花开放之后才能进行鉴定。目前还没有对万寿菊瓣型相关基因进行遗传定位的研究。

测序技术的迅速发展，为花卉的分子育种提供了极大的技术支持。BSR-seq(bulked segregant RNA-seq)是一种利用BSA(bulked segregant analysis，混合分组分析法)和RNA-seq结合进行的测序方法，即在分离群体中选择极端性状的个体构建两个混池，提取两个池的总RNA进行转录组测序，最终获得大量SNP位点，可用于开发与目标性状连锁的分子标记，进而进行目标基因的遗传定位。因为BSR-seq只对mRNA测序，去除了大量的重复序列和无用序列，因而具有成本低、效率高的优势，目前已被广泛应用于分子标记的开发和遗传图谱的构建中。将BSR-seq和比较基因组学结合，开发与万寿菊瓣型相关的分子标记，能够在苗期对万寿菊的单瓣与复瓣进行高效选择，极大地克服了传统育种的不足、有效提高育种的效率。

发明内容

本发明的目的之一是提供一种鉴定万寿菊瓣型的CAPS分子标记；

本发明的目的之二是提供扩增所述分子标记的引物；

本发明的目的之三是将所述的分子标记或引物应用于万寿菊瓣型的鉴定。

本发明的上述目的是通过以下技术方案来实现的：

本发明首先提供一种鉴定万寿菊瓣型的CAPS分子标记，命名为Marker 67，其在单瓣万寿菊的核苷酸序列为SEQ ID NO:1所示，其在复瓣万寿菊的核苷酸序列为SEQ IDNO:2所示。

本发明的CAPS分子标记Marker 67，在单瓣和复瓣万寿菊中的序列的380bp处存在一个A→G的SNP位点不同，本发明对比了大量万寿菊品种的CAPS分子标记Marker 67，结果证明其与瓣型性状紧密连锁，显示本发明提供的特异性分子标记Marker 67可用来鉴定万寿菊的瓣型是单瓣还是复瓣。

本发明进一步提供了扩增所述分子标记Marker 67的检测引物。

作为一种优选的实施方案，所述检测引物由SEQ ID NO.3所示的上游检测引物和SEQ ID NO.4所示的下游检测引物组成。

上述引物组可作为扩增CAPS分子标记的引物组，进而用于鉴定万寿菊瓣型，因此，所述引物组在鉴定万寿菊瓣型单瓣或复瓣中的应用在本发明的保护范围内。而且，包含上述的引物组、用于鉴定万寿菊瓣型的试剂盒也在本发明的保护范围内。