[发明专利]核酸序列浓度的确定

说明书

本发明涉及通过将校正系数应用于在片段化核酸中测量的被测序列的浓度来确定未片段化核酸中被测序列的浓度的方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年10月16日提交的欧洲专利申请号EP19306346的优先权，其内容通过引用整体并入本文。

技术领域

本发明涉及测量生物样品中核酸序列的浓度的方法。

背景技术

正常人在每个健康的二倍体细胞中都有两组23条染色体。在一些情况下，可能会在任何一条或多条所述染色体上发生突变，从而导致染色体异常。这些异常可能与遗传疾病、癌症和其他疾病有关。染色体异常的检测可以识别容易患上特定疾病的个体或确定最适合给定个体的治疗。在这方面，检测染色体异常是非常有价值的。

除了人类的健康，染色体异常的检测还与其他物种相关，包括但不限于昆虫、细菌、植物和含有有机体的混合样品，例如土壤和食品，其中可能会因基因工程而进行转基因生物(GMO)检测，例如用于质量控制。检测病毒、类病毒和其他不含染色体的基因组中发生的基因突变也高度相关。

在这种背景下，以定性和定量的方式检测基因组异常的特征(即生物样品中特定核酸序列的变化)是相关的。

这种检测目前通过扩增目标样品中的靶核酸来有效地进行。可以通过将寡核苷酸引物与样品结合，然后使样品经受与核酸定量相容的扩增条件(例如聚合酶链式反应(PCR)条件)来进行扩增。这些扩增方法能够产生单个靶核酸序列的多个拷贝，从而达到检测阈值。

然而，以定量方式测量生物样品中此类特定核酸序列的浓度更为相关，例如，当目标不仅是检测而且还要量化遗传疾病，例如监测罕见突变的进化时。

在一些情况下，生物样品中存在的核酸受损，通常以短长度的序列被片段化。在这样的片段化核酸群体中，在给定的PCR测定中要扩增的序列有时是随机切割的。在这种情况下，该核酸序列的扩增不能通过PCR方法进行，从而导致对目标核酸序列存在的低估。

本发明提出了一种纠正这种低估问题的方法。

发明内容

本发明涉及确定未片段化核酸中被测序列(如下文进一步定义)的浓度的方法，包括用校正系数校正包含片段化核酸的样品中所述被测序列的测量浓度，从而获得未片段化核酸中所述被测序列的浓度，其中校正系数基于长度分布(LD)和测量方法的至少一个参数。

在一些实施方案中，提供了一种确定未片段化核酸中被测序列的浓度的方法，包括以下步骤：

i.用测量方法测量所述包含片段化核酸的样品中所述被测序列的浓度；和

ii.用校正系数校正包含片段化核酸的样品中所述被测序列的测量浓度，以获得未片段化核酸中所述被测序列的浓度，其中校正系数基于长度分布(LD)和测量方法的至少一个参数。

在一些实施方案中，提供了一种确定未片段化核酸中被测序列的浓度的方法，包括以下步骤：

i.确定包含片段化核酸的样品中核酸的长度分布(LD)，其中片段化核酸来源于所述未片段化核酸；

ii.用测量方法测量所述包含片段化核酸的样品中所述被测序列的浓度；和

iii.用校正系数校正包含片段化核酸的样品中所述被测序列的测量浓度，以获得未片段化核酸中所述被测序列的浓度，其中校正系数基于长度分布(LD)和测量方法的至少一个参数。

在一些实施方案中，该方法包括：

i.提供片段化核酸的样品，所述片段化核酸来源于所述未片段化核酸；

ii.提供所述片段化核酸的核酸片段长度分布(LD)；