[发明专利]用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法

说明书

本发明涉及一种用于确定禽群中禽病原性大肠杆菌(APEC)感染的风险的方法，该方法包括确定源自禽群的合并样品中特定毒力因子(VF)的量各自相对于大肠杆菌参考基因ybbW(SEQ ID NO：6)或其功能片段的量的数量比，其中所述特定毒力因子至少包括基因iroN(SEQ ID NO.1)和ompT(SEQ ID NO：2)或其功能片段。

发明领域

本发明涉及一种用于确定禽群中APEC感染的风险的方法。该方法基于确定源自禽群的合并样品中至少毒力因子iroN和ompT的量各自相对于的大肠杆菌参考基因的量的数量比。

发明背景

大肠杆菌病导致全球家禽生产中最大的疾病和死亡率损失。负责的病原体大肠杆菌的高度多样性使APEC的诊断和针对该病原体的疫苗的开发都变得复杂。大肠杆菌是健康肠道微生物组不可分割的一部分，并且只有具有某些特性的菌株(所谓的APEC(禽病原性大肠杆菌))才会引发各种临床症状，例如呼吸问题、输卵管感染、卵黄囊炎症或肿头综合症。病原性菌株具有毒力因子，使它们能够侵入宿主并降解组织。这些毒力因子(VF)是诊断APEC的潜在生物标志物，但它们在不同的APEC分离株之间不同，并且非病原性菌株也可能携带个别VF。因此，APEC不能通过单个VF来诊断，必须通过一组标志物来检测。

目前的诊断方法基于在切片后从诸如肝脏、脾脏和肺的内脏组织中的大肠杆菌病典型病变选择性分离出大肠杆菌。然后通过各种VF的基于PCR的检测将分离株分类为病原性或非病原性。

然而，这些方法不仅耗费时间和成本，而且不能对整个群体APEC状态做出结论。允许区分APEC和非APEC的已知PCR测定通常依赖于检测一组具有对于VF的最小数量的确定阈值的毒力因子。这种方法的一个例子是Johnson(Johnson,T.J.,等人(2008).Identification of Minimal Predictors of Avian Pathogenic Escherichia coliVirulence for Use as a Rapid Diagnostic Tool.JClinMicrobiol 46(12):3987-3996)公开的五-VF PCR，其中菌株只要最少携带五个因子中的四个就被定义为APEC。

然而，用于检测APEC或确定APEC风险的快速、非侵入性方法尚不清楚。对于整个群体评估，特别需要一种检测从合并的粪便群体样品中获得的DNA中的APEC的方法。这种方法的开发特别复杂，因为(i)球虫病导致多种临床症状，从输卵管炎到肿头综合症(脑膜炎)，但通常不会导致肠道炎症问题，这使得粪便中病原体的检测不明显；和(ii)APEC毒力因子通常不适用于非纯培养样品中的APEC检测，因为由于物种的部分较差的遗传隔离，相同的标志物出现在除大肠杆菌之外的几种密切相关的生物中(Schouler,C.等人(2012).Diagnostic strategy for identifying avian pathogenic Escherichia coli basedon four patterns of virulence genes.JClinMicrobiol 50(5):1673-1678；Johnson,T.J.等人(2008).Identification of Minimal Predictors of Avian PathogenicEscherichia coli Virulence for Use as a Rapid Diagnostic Tool.JClinMicrobiol 46(12):3987-3996)。此外，选定的毒力因子可能出现在粪便样品中包含的不同菌株中，综合起来会得出因子的关键数量的结果。因此，对粪便中APEC毒力因子的简单PCR检测无法得出关于APEC风险或APEC感染的结论。