[发明专利]水稻稻瘟病抗性基因Pita的SNP分子标记的开发和应用

说明书

本发明公开了一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的SNP分子标记的开发和应用。所述SNP分子标记为K_120501，K_120501的多态性为G或C。利用所述分子标记，可快速、精准的检测水稻稻瘟病抗性基因Pita。本发明在检测过程中不需要酶切、电泳及测序等繁琐的程序，减少气溶胶的污染以及EB等有毒物的使用，有利于Pita基因高效、环保的应用于水稻商业化分子育种中。

技术领域

本发明涉及水稻育种领域，具体涉及一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的SNP(单核苷酸多态性)分子标记的开发和应用。

背景技术

水稻是重要的粮食作物，稻瘟病在水稻的整个生长过程都可能发生，严重时导致颗粒无收，威胁着粮食安全，利用水稻自身的抗病基因是防治稻瘟病是最经济有效的方式，且对环境友好。Pita是最早被定位和克隆的抗稻瘟病基因之一，在许多稻区表现出持久稳定的抗性，并广泛应用于世界各稻区的抗稻瘟病品种育种和生产中。

传统的水稻抗病育种是通过抗性鉴定对植株进行表型选择，耗费时间长，且易受环境条件的限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。利用分子标记辅助选择育种简单有效，可以降低育种成本，缩短选育周期，亦可进行有目的的多基因聚合，提高育种效率，带来巨大的社会经济效益。

文献中公布的分子标记大多为SSR和CAPS标记，需要进行凝胶电泳检测，检测过程使用的核酸染料等试剂对环境及人体有危害，且自动化程度低检测通量小，另外有时会出现非特异扩增的情况，导致检测结果无法准备判断，很大程度上限制了检测效率。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的SNP分子标记。

本发明还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。

本发明还提出上述SNP分子标记的检测方法。

本发明还提出上述SNP分子标记的应用。

根据本发明的第一方面实施方式的SNP分子标记，所述SNP分子标记为K_120501，其中K_120501的多态性为G或C。

根据本发明的一些实施方式，所述SNP分子标记K_120501的多态性位点位于chr12.10611406(MSU7.0 position)。

根据本发明第二方面实施方式的用于检测上述SNP分子标记K_120501的引物组。所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，特异性引物序列包括Primer Seq Allele X和Primer Seq Allele Y，所述Primer Seq Allele X的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；所述Primer Seq Allele Y的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述通用引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

根据本发明的一些实施方式，所述Primer Seq Allele X的5’端连接FAM或HEX荧光序列，Primer Seq Allele Y的5’端连接HEX或FAM荧光序列。

根据本发明的一些实施方式，所述引物组在水稻育种中的应用。

根据本发明的第三方面实施方式的上述SNP分子标记的检测方法，所述检测方法包括以下步骤：

S1、从水稻叶片中提取基因组DNA；

S2、以S1步骤中提取的基因组DNA为模板，利用SNP分子标记K_120501的引物，对K_120501分子标记进行检测；

S3、若K_120501的SNP位点碱基为G，判定测试的水稻样品为纯合的抗病Pita基因型；若检测位点碱基为C，判定测试的水稻样品为纯合的不抗病的Pita基因型；若检测位点同时检测到G、C，判断待测水稻为杂合的抗病Pita基因型。