[发明专利]一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用，属于分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域。本发明所述的分子标记是通过对大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡组建的F2代资源群体741只试验鸡进行全基因组关联(GWAS)分析得到，在鸡参考基因组Gallus_gallus.GRCg6a版本5号染色体上的第16402009bp处有一个TC的核苷酸单碱基突变(命名为：Chr.5 16402009TC)，定位在其附近的基因为赖氨酸甲基转移酶5B（lysine methyltransferase 5B，KMT5B）基因，突变显著影响了鸡的体斜长。本发明公开了该分子标记的获得及应用。本发明还提供了一种影响鸡体斜长的SNP分子标记基因分型检测方法，利用该方法可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于鸡生长发育遗传改良中，从而提高鸡的生长发育。

技术领域

本发明涉及分子标记辅助选择技术及动物遗传育种技术领域，特别涉及一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用。

背景技术

鸡肉是世界第一大肉类产品，占所有肉类的39％。鸡肉是中国第二大肉类产品，占肉类总产量的15.2％。随着全球人口持续增长，可耕地面积逐渐减少，鸡肉和鸡蛋是除牛奶外单位货币可购买的动物蛋白克数最高的两类蛋白，在生产成本方面具有较大的竞争力，将成为全球肉类生产增长最快的产品。我国是世界第二大肉鸡生产和消费国，尤其是在非洲猪瘟导致猪肉紧缺的情况下，鸡肉可快速增补空缺，预计2020年猪肉产量将减少1500万吨，缺口较大，鸡肉是唯一可在短时间内快速增补的肉类。面对巨大的鸡肉需求量和不断增加的现状，虽然我国家鸡企业满足了部分优质鸡肉内需，但整体上市场缺口依旧极大，种源及产量严重不足，亟需开展培植家鸡种业、做强家鸡种业、培育新品种(配套系)等方面的工作。

随着高通量测序技术的快速发展，测序成本降低，使得GWAS用于畜禽相关经济性状研究成为可能，尤其是各种商用畜禽基因芯片的成功研发极大推动了GWAS的发展。在全基因组选择育种时代，GWAS是预测畜禽生产性能和评价畜禽遗传资源的有力工具，并推动畜禽育种进入全基因组选择(GS)时代。利用基因组信息和大数据及人工智能直接进行GS，可对家鸡目标性状进行高效、快速、定向及模块化选育，颠覆了大群体遗传评估、后裔验证的传统育种技术路线，加速新品种培育。因此，采用GS进行新品种培育，突破传统育种瓶颈，成为种业革命的新引擎。

地方鸡生产作为动物蛋白和收入的主要来源，在我国畜牧生产中发挥着重要作用。体尺性状是体型外貌的量化指标，是动物遗传选育中重要的表型性状，与一些重要的经济性状＝有着密切的联系，如家鸡体斜长与体重呈极显著的正相关，可反映家鸡的生长发育情况。因此，采用全基因组关联分析的方法找到与家鸡体斜长相关的SNP分子标记，对我国家鸡育种有着重要的意义。

发明内容

鉴于以上研究背景，本发明的首要目的在于提供一个与鸡体斜长相关的SNP分子标记及其应用。本发明基于云南地方鸡种与隐性白洛克肉鸡F2代资源群体，运用全基因组关联分析的方法寻找与鸡体斜长相关的SNP分子标记，以此作为鸡体斜长相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用。

本发明的另一目的在于提供上述影响鸡体斜长的分子标记在鉴定鸡生长发育和遗传育种中的应用。

本发明的再一目的在于提供一种影响鸡体斜长的SNP分子标记基因分型检测方法。

本发明的第四个目的在于提供一种影响鸡体斜长的SNP分子标记基因分型在鸡遗传育种中的应用。

本发明的目的是通过以下技术方案实现的：

一种影响鸡体斜长的SNP分子标记的获得方法，其在于下列步骤：

1)组建大围山微型鸡和隐性白洛克肉鸡F2代资源群体，获得741只试验鸡，均于90日龄时测定体斜长；

2)提取F2代群体鸡基因组DNA；

3)构建DNA文库，进行全基因组重测序；