[发明专利]基于KASP技术开发的瓠瓜核心分子标记集及其应用

说明书

本发明涉及分子生物学及植物分子育种技术领域，尤其涉及一种基于KASP技术开发的瓠瓜核心分子标记集及其应用；该瓠瓜核心分子标记集包含22个SNP标记，用于PCR扩增瓠瓜核心分子标记集的引物对包含22个KASP引物组，每个KASP引物组用于PCR扩增对应的SNP标记；瓠瓜核心分子标记集具有在瓠瓜资源或者品种鉴定、瓠瓜资源或者品种纯度检测、瓠瓜SNP指纹图库构建、瓠瓜遗传多样性分析及瓠瓜分子标记辅助育种中的应用；本发明基于KASP技术开发了瓠瓜核心分子标记集，能够快速、准确、有效地鉴定评价种质资源材料或者育成品种，可以解决因大量种质积累而带来的资源冗余、保存管理不便以及知识产权纠纷等问题。

技术领域

本发明涉及分子生物学及植物分子育种技术领域，尤其涉及一种基于KASP技术开发的瓠瓜核心分子标记集及其应用。

背景技术

现有技术中，随着DNA分子标记技术的发展，越来越多的作物开始使用不同类型的DNA分子标记鉴别种子的真伪和纯度。其中比较实用和突出的是分布广泛、密度高、稳定性好、适于规模化筛选的新一代DNA分子标记技术SNP，其已经被应用到蔬菜作物如辣椒、甜瓜、西瓜、黄瓜的品种鉴定以及种子纯度检测等方面。随着高通量基因型分型技术的发展，具有较高SNP使用效率和分析通量的竞争性等位基因特异性PCR(Competitive allele-specific PCR，KASP)技术问世，KASP技术由英国政府化学家实验室(Laboratory of theGovernment Chemist，LGC)公司开发，是基于引物末端碱基的特异匹配对SNP进行分型，通过两个位点特异探针以及2个荧光探针来检则多个SNP位点，对目标SNP进行精准的双等位基因分型，具有高度稳定性与准确性。

瓠瓜是一年生草本植物，隶属葫芦科葫芦属，又名瓠子、蒲瓜、长瓜、葫芦等，是人类最早种植的作物之一。瓠瓜嫩果可食，成熟果可作为容器、乐器、装饰品等，为我国特别是南方各省重要的特色瓜类蔬菜之一。随着我国瓠瓜种质资源整理保护工作的不断推进，以及瓠瓜育成品种数量的逐年增多，出现一系列的问题，包括如何判断相似品种、如何认定假冒品种、如何判断种子质量以及如何开展质量鉴定；传统对瓠瓜种质和品种的鉴定评价主要依靠表型，其工作周期长、易受人为因素影响，成为高效利用种质资源的瓶颈之一。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中存在的上述问题，提供一种基于KASP技术开发的瓠瓜核心分子标记集及其应用。

为实现上述技术目的，达到上述技术效果，本发明是通过以下技术方案实现：

基于KASP技术开发的瓠瓜核心分子标记集，该瓠瓜核心分子标记集包含22个SNP标记，为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21和SNP22，

所述SNP1标记为碱基A或T，所述SNP1标记位于瓠瓜1号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第8431159位；

所述SNP2标记为碱基T或A，所述SNP2标记位于瓠瓜1号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第14051095位；

所述SNP3标记为碱基T或C，所述SNP3标记位于瓠瓜2号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第589455位；

所述SNP4标记为碱基G或A，所述SNP4标记位于瓠瓜2号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第15914116位；

所述SNP5标记为碱基A或T，所述SNP5标记位于瓠瓜3号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第3421007位；

所述SNP6标记为碱基T或C，所述SNP6标记位于瓠瓜3号染色体，位置为瓠瓜全基因组序列的第28241399位；