[发明专利]一种超微量RNA甲基化m6A检测方法及其应用在审

专利信息
申请号: 201911384246.2 申请日: 2019-12-28
公开(公告)号: CN110904192A 公开(公告)日: 2020-03-24
发明(设计)人: 杨学敏;陈永顺;张燕菲;高丰鑫 申请(专利权)人: 广州表观生物科技有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806;C40B50/06;C12N15/10
代理公司: 广州独角熊知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 44580 代理人: 张小黎
地址: 510663 广东省广州市黄埔区科*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 微量 rna 甲基化 m6a 检测 方法 及其 应用
【权利要求书】:

1.一种超微量RNA甲基化m6A检测文库的构建方法,包括如下步骤:

1)获取样品中的总RNA,打断并纯化,获得片段化处理后的产物;

2)将1)所得产物加入含有抗m6A-抗体、蛋白A-磁珠、蛋白G-磁珠的沉淀缓冲液中,混匀孵化过夜;磁力分离,去上清,加入5×沉淀缓冲液和RNA酶抑制剂,反应1-3小时后,采用低盐沉淀缓冲液洗涤2-3次;再采用高盐缓冲液洗涤2-3次;采用酚氯仿裂解液提取RNA,获得纯化后的产物;

3)往cDNA第一链合成体系中加入步骤2)所得产物,合成第一链cDNA产物、PCR扩增,获得超微量RNA甲基化m6A检测文库。

2.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述沉淀缓冲液的成分包括:

3.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述低盐缓冲液的成分包括:

4.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述高盐缓冲液的成分包括:

5.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤3)中cDNA第一链合成体系包括逆转录引物、TSO引物;其中:

所述逆转录引物可形成茎环结构,所述逆转录引物的序列包括:

茎区-环区-茎区-poly(N)区,N选自ATCG中的任一种;

所述TSO引物的序列包括:

第一接头序列-第二接头序列-poly(G)区;

所得第一链cDNA的5'末端连接有所述TSO引物,3'末端连接有所述逆转录引物。

6.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述PCR扩增包括第一轮PCR扩增和第二轮PCR扩增,其中,所述第一轮PCR体系中,采用的扩增引物包括如下引物组:

引物组一:FR引物、P7 RF引物,

其中,FR的序列包括:TSO引物的第一接头序列;P7 RF的序列包括:逆转录引物的环区-茎区序列;

所述第二轮PCR扩增中,采用的扩增引物包括如下引物组:

引物组二:P5 FR引物、P7 RF引物,

其中,P5 FR的序列包括:TSO引物的第一接头序列以及第二接头序列。

7.一种超微量RNA甲基化m6A检测方法,其特征在于,将如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库用于高通量测序,获得超微量RNA甲基化m6A检测结果。

8.一种超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括表1中的引物。

9.如权利要求8所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒,其特征在于,所述超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒还包括如权利要求2所述的沉淀缓冲液、如权利要求3所述的低盐缓冲液和如权利要求4所述的高盐缓冲液。

10.一种如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法或如权利要求7所述的超微量RNA甲基化m6A检测方法、或如权利要求7所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒在超微量RNA甲基化m6A检测中的应用。

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