[发明专利]一种超微量RNA甲基化m6A检测方法及其应用在审
申请号: | 201911384246.2 | 申请日: | 2019-12-28 |
公开(公告)号: | CN110904192A | 公开(公告)日: | 2020-03-24 |
发明(设计)人: | 杨学敏;陈永顺;张燕菲;高丰鑫 | 申请(专利权)人: | 广州表观生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C40B50/06;C12N15/10 |
代理公司: | 广州独角熊知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 44580 | 代理人: | 张小黎 |
地址: | 510663 广东省广州市黄埔区科*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 微量 rna 甲基化 m6a 检测 方法 及其 应用 | ||
1.一种超微量RNA甲基化m6A检测文库的构建方法,包括如下步骤:
1)获取样品中的总RNA,打断并纯化,获得片段化处理后的产物;
2)将1)所得产物加入含有抗m6A-抗体、蛋白A-磁珠、蛋白G-磁珠的沉淀缓冲液中,混匀孵化过夜;磁力分离,去上清,加入5×沉淀缓冲液和RNA酶抑制剂,反应1-3小时后,采用低盐沉淀缓冲液洗涤2-3次;再采用高盐缓冲液洗涤2-3次;采用酚氯仿裂解液提取RNA,获得纯化后的产物;
3)往cDNA第一链合成体系中加入步骤2)所得产物,合成第一链cDNA产物、PCR扩增,获得超微量RNA甲基化m6A检测文库。
2.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述沉淀缓冲液的成分包括:
3.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述低盐缓冲液的成分包括:
4.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤2)中,所述高盐缓冲液的成分包括:
5.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述步骤3)中cDNA第一链合成体系包括逆转录引物、TSO引物;其中:
所述逆转录引物可形成茎环结构,所述逆转录引物的序列包括:
茎区-环区-茎区-poly(N)区,N选自ATCG中的任一种;
所述TSO引物的序列包括:
第一接头序列-第二接头序列-poly(G)区;
所得第一链cDNA的5'末端连接有所述TSO引物,3'末端连接有所述逆转录引物。
6.如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法,其特征在于,所述PCR扩增包括第一轮PCR扩增和第二轮PCR扩增,其中,所述第一轮PCR体系中,采用的扩增引物包括如下引物组:
引物组一:FR引物、P7 RF引物,
其中,FR的序列包括:TSO引物的第一接头序列;P7 RF的序列包括:逆转录引物的环区-茎区序列;
所述第二轮PCR扩增中,采用的扩增引物包括如下引物组:
引物组二:P5 FR引物、P7 RF引物,
其中,P5 FR的序列包括:TSO引物的第一接头序列以及第二接头序列。
7.一种超微量RNA甲基化m6A检测方法,其特征在于,将如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库用于高通量测序,获得超微量RNA甲基化m6A检测结果。
8.一种超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括表1中的引物。
9.如权利要求8所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒,其特征在于,所述超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒还包括如权利要求2所述的沉淀缓冲液、如权利要求3所述的低盐缓冲液和如权利要求4所述的高盐缓冲液。
10.一种如权利要求1所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建方法或如权利要求7所述的超微量RNA甲基化m6A检测方法、或如权利要求7所述的超微量RNA甲基化m6A检测文库构建试剂盒在超微量RNA甲基化m6A检测中的应用。
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