本发明提供了一种锚定巢式多重PCR联合高通量测序检测基因融合的多重PCR引物,包括多重PCR特异性引物组1和多重PCR特异性引物组2,所述多重PCR特异性引物组1为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:32所示的核苷酸序列组成的引物组,所述多重PCR特异性引物组2为SEQ ID NO:33~SEQ ID NO:64所示的核苷酸序列组成的引物组。本发明还提供了一种锚定巢式多重PCR联合高通量测序检测基因融合的多重PCR引物和方法,本发明检测方法通用性更高,本发明检测方法能够在仅部分知晓或未知晓融合基因结构的情况下,准确灵敏地检测融合基因。