[发明专利]DNA及RNA同时检测的基因变异位点检测方法

说明书

提供基于PCR扩增的高灵敏度的基因变异位点检测方法，通过对样品中包含目标变异位点的DNA和RNA的共扩增实现，通过引物设计方法实现对样品中DNA和RNA的同时扩增，能够更充分的利用样品中基因的变异信息，提高检测灵敏度。

技术领域

本发明属于生物技术领域的基因变异检测领域，具体涉及在一个体系中同时扩增DNA和RNA从而实现变异位点检测的方法，涉及利用该技术制备的DNA及RNA同时检测的试剂盒及其应用。

背景技术

随着技术水平的不断推进，医学的发展也趋于循证与严谨。治疗方法的确定常面临着个体差异的问题，即药物和相应的治疗方法难以在所有病人身上具有相同效用，同一药物在不同个体内间的效果差异可达数百倍。医疗机构或医务人员因主观或客观原因，可能难于排除这种差异带来的影响，而造成耗费医疗资源却未提高患者诊治价值的过度治疗。而造成个体差异的主要原因，则是基因及其表达的多样性。因此针对不同个体进行基因检测，尤其是疾病及用药相关的位点的检测，已收到广泛认可或写入治疗指南，同时基因突变的检测也越来越多的被用于疾病的早期筛查。

目前用于基因检测的样本，往往只选取DNA或RNA中的一种进行检测，因为二者在结构及性质上存在着较大的差异，导致从提取到检测的流程上都会有所区别。对于检测需要的信息，尤其是突变的信息，一般DNA和RNA都会含有，所以只检测其中的一种，就会造成另一种中有价值信息的遗漏，但从技术手段上来讲，检测单一的核酸类型确实更容易实现和优化。

在实际的检测中，分别检测DNA及RNA意味着更大的样本需求。同时，疾病早期筛查中涉及一些含量较低的突变或融合检测，可能意味着检测难度的提升或是检出的不稳定。而DNA及RNA在同一体系中的同时检测为上述的问题提供了可行的解决之道。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的之一在于提供一种可以同时扩增DNA及RNA的引物设计方法；本发明的目的之二在于提供一种适用上述引物的扩增体系；本发明的目的之三在于提供一种基于上述引物设计原则及扩增体系研发的产品及其应用。

为实现上述发明目的，本发明提供如下技术方案：

一种基于PCR扩增的高灵敏基因变异位点检测方法，其特征在于：通过对样品中包含目标变异位点的DNA和RNA的共扩增实现。

所述检测方法的检测体系含有的共扩增引物的设计方法为以下a或b或c：

a：变异位点附近无内含子或距内含子较远，能在同一外显子上完成引物设计时，在同一外显子上完成引物设计；

b：变异位点附近存在内含子，不能在同一外显子上完成引物设计，且相邻的内含子长度较短，内含子长度小于约120bp时，在相邻外显子上完成引物对的设计，结果是DNA扩增子中包含一段长度较短的内含子，RNA扩增子中不含内含子；

c：变异位点附近存在内含子，不能在同一外显子上完成引物设计，且相邻的内含子长度较长，内含子长度大于约120bp时，在变异位点所在外显子上完成通用上游或通用下游引物的设计，在相邻内含子上完成DNA扩增所需下游或上游引物的设计，在相邻外显子上完成RNA扩增所需下游及上游引物的设计，结果是DNA扩增子包含部分相邻内含子，RNA扩增子包含部分相邻外显子。

本发明的检测方法的检测的样本来源选自动物、植物、细菌、病毒等包含DNA和/或RNA的物质。

优选地，检测的样本类型为体液。

更优选地，体液选自：血浆、血清、尿液等。

检测样本为体液时，本发明检测方法的扩增子长度小于约150bp或约140bp或约130bp或约120bp或约90bp。

另一方面，本发明还提供同时扩增DNA及RNA的体系，包括了上述方法设计的同时扩增DNA及RNA的引物对。