[发明专利]DNA及RNA同时检测的基因变异位点检测方法在审
| 申请号： | 201911358465.3 | 申请日： | 2019-12-25 |
| 公开（公告）号： | CN110938680A | 公开（公告）日： | 2020-03-31 |
| 发明（设计）人： | 夏秦冬;孙爱娟;乔岩;孙玉龙;王弢 | 申请（专利权）人： | 江苏为真生物医药技术股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12Q1/6806;C12N15/11 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 215123 江苏省苏州市工业园区*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | dna rna 同时 检测 基因 变异 方法 | ||
1.一种基于PCR扩增的高灵敏的基因变异位点检测方法，其特征在于：通过对样品中包含目标变异位点的DNA和RNA的共扩增实现。
2.根据权利要求1所述的检测方法，包括针对目标变异位点设计DNA和RNA的共扩增引物的设计步骤，该共扩增引物的设计方法为：
a：变异位点附近无内含子或距内含子较远，能在同一外显子上完成引物设计时，在同一外显子上完成引物设计；
b：变异位点附近存在内含子，不能在同一外显子上完成引物设计，且相邻的内含子长度较短，内含子长度小于约120bp时，在相邻外显子上完成引物对的设计，结果是DNA扩增子中包含一段长度较短的内含子，RNA扩增子中不含内含子；
c：变异位点附近存在内含子，不能在同一外显子上完成引物设计，且相邻的内含子长度较长，内含子长度大于约120bp时，在变异位点所在外显子上完成通用上游或通用下游引物的设计，在相邻内含子上完成DNA扩增所需下游或上游引物的设计，在相邻外显子上完成RNA扩增所需下游及上游引物的设计，结果是DNA扩增子包含部分相邻内含子，RNA扩增子包含部分相邻外显子。
3.根据权利要求1或2所述的检测方法，所述样本类型为体液。
4.根据权利要求3所述的检测方法，所述体液选自：血浆、血清、尿液等。
5.根据权利要求1-4任一项的检测方法，其特征在于：扩增子长度小于约150bp或约140bp或约130bp或约120bp或约90bp。
6.一种同时扩增DNA及RNA的体系，包括了根据权利要求2-5任一项方法设计的同时扩增DNA及RNA的引物对。
7.根据权利要求6的体系，所述体系中还包括PCR缓冲液、dNTPs、二氯化镁、DNA聚合酶、逆转录酶。
8.根据权利要求7的体系，所述体系中还包括阻滞探针。
9.根据权利要求6-8任一项所述的体系，所述体系中还包括UDG酶、dUTP。
10.适合于权利要求6-9任一项所述体系的反应程序，所述反应程序包括UDG酶与逆转录酶在合适温度下同时反应的步骤。
11.根据权利要求10所述的反应程序，所述同时反应的步骤具体为：50-55℃ 5-15min。
12.一种高灵敏基因变异位点检测试剂盒，包括PCR缓冲液、dNTPs、二氯化镁、DNA聚合酶、其特征在于还包括根据权利要求2-6任一项方法设计的同时扩增DNA及RNA的引物对，还包括逆转录酶。
13.根据权利要求12的试剂盒，所述试剂盒中还包括相应的阻滞探针。
14.根据权利要求12的试剂盒，所述试剂盒中还包括UDG酶、dUTP。
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