[发明专利]一种检测HTR2A基因rs6313位点的TaqMan探针实时荧光PCR方法及其引物探针组合在审
| 申请号： | 201911037273.2 | 申请日： | 2019-10-29 |
| 公开（公告）号： | CN110643689A | 公开（公告）日： | 2020-01-03 |
| 发明（设计）人： | 王会娟;康星;韩敏 | 申请（专利权）人： | 陕西佰美基因股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 61211 西安智邦专利商标代理有限公司 | 代理人： | 胡乐 |
| 地址： | 712000 陕西省西*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 上游引物 实时荧光PCR 基因诊断 扩增曲线 下游引物 引物探针 高通量 种检测 分辨率 探针 位点 基因 | ||
【说明书】：
本发明属于基因诊断领域，公开了一种检测HTR2A基因rs6313位点(HTR2A，102C>T)的TaqMan探针实时荧光PCR方法及其引物探针组合。其中：上游引物FpC‑T:5’‑GCTCTACAGTAATGACTTTAACTTC‑3’，上游引物FpT‑T:5’‑GCTCTACAGTAATGACTTTAACTTT‑3’，下游引物Rp：5’‑GATGAAGTAAGGAGAGACACGAC‑3’，探针Probe：5’‑FAM‑TAACACTTCTGATGCATTTAACTGGAC‑BHQ2‑3’。PCR反应完成后，可通过扩增曲线的有无分析结果。本发明具有操作简便、分辨率高、无污染、高通量等优点。
技术领域
本发明属于药物基因组学和基因检测领域，具体涉及一种针对HTR2A基因rs6313位点等位基因的特异性引物及探针设计，以及检测方法。
背景技术
世界卫生组织(WHO)公布的最新统计数据显示，全球抑郁症总患病人数约为3.22亿，全球抑郁症患者人口占比估计为4.4％。中国抑郁症患病率为4.2％，保守估计中国抑郁症患病人群目前已超过5800万。目前抑郁症已成为世界第四大疾患，抗抑郁药物如氟西汀(fluoxetine)、帕罗西汀(paroxetine)、氟伏沙明(fluvoxamine)等，是抑郁症治疗的主要疗法。尽管药物的种类很多，但大约30-50％的患者对治疗无应答。一项随机对照研究发现，对严重抑郁症患者，接受临床最常用抗抑郁药物标准剂量治疗，6～8周后，只有35-45％的患者能回到发病前没有任何显著抑郁症状的功能水平。
在影响作用效应差异的众多因素，遗传基因多态性公认的关键因素之一。抗抑郁症药物基因组学研究发现了一些与抑郁症药物应答有关的基因，其中HTR2A(5-hydroxytryptamine receptor 2A，5-羟色胺2A受体)是研究的热点之一。HTR2A基因编码的五羟色胺2A受体是五羟色胺受体家族的一个成员，表达于大脑所有的新皮质区，广泛分布在中枢神经系统及周围。5-HTR2A可能介导5-羟色胺信号系统，在中枢神经系统中发挥着调节情绪、情绪和压力的重要作用。
HTR2A基因有着显著的基因多态性，其中最常见的是位于c.102T>C(rs6313)变异。临床研究表明，HTR2A T102C基因多态性与目前临床最常用的抗抑郁药五羟色胺再摄取抑制剂(SSRIs)的疗效密切相关。Kato M等(2006年)人对100位抑郁症患者的研究发现，使用氟西汀治疗4周后，携带C等位基因的患者抑郁症状改善优于携带T等位基因的患者(P＝0.022)，并且CC基因型患者对氟西汀的反应更好。Kishi T等(2010年)人对265位重度抑郁症患者研究也证实了T102C基因多态性与SSRIs治疗反应的相关性。此外，一项包含11个研究共1775个研究对象的荟萃分析也表明，HTR2A T102C基因多态性与抗抑郁药高应答率显著相关，携带C等位基因的患者对SSRIs的应答效果更好。因此，开发一种简便、快速、灵敏的HTR2A T102C位点的基因分型技术对于确定患者的遗传特征，以便预测患者对于抗抑郁药物的应答，制定个体化的治疗方案，具有重要的临床价值。
目前实时荧光定量PCR方法广泛应用于基因多态性分型检测，该方法是在普通PCR反应体系中加入荧光基团或荧光染料，利用荧光信号积累监实时监测整个PCR反应的进程，最后通过标准曲线或测量指数扩增期的荧光值来进行定量或者定性的方法。将TaqMan探针与实时荧光PCR结合是目前最常用的基因分型方法，具有灵敏度高、特异性强、稳定性好、能实现多重反应、反应后不需要开盖避免了二次污染等诸多优点。目前，针对HTR2Ars6313位点分型的基因检测技术以及商业化的试剂盒产品比较少见，因此基于TaqMan探针的实时荧光PCR法，开发一种快速简便可靠的HTR2Ars6313位点的基因分型技术非常具有非常重要的临床意义和价值。
发明内容
本发明的目的是在现有的PCR技术基础上，提供一种更加简便、快速、高通量、特异性高的实时荧光PCR方法来检测人HTR2A基因rs6313位点等位基因，以改善现有技术上所存在的缺陷；相应得出特异性引物及探针组合。
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- 本发明提供了一种用于检测HLA‑B*5801等位基因的PCR扩增引物组和Taqman探针,包含两对根据HLA‑B*5801特异性序列设计的引物及相应两条探针，还包含一对用于筛除HLA‑B*5801假阳性的引物及相应一条探针，还包含一对内对照引物及相应一条探针。本发明具有如下技术效果：通过两个反应管确定实验样本HLA‑B*5801基因阳性与否，通过一个反应管排除HLA‑B*5801基因的假阳性结果，通过每个反应孔添加的内对照引物及探针排除样本HLA‑B*5801基因的假阴性结果。
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- 张阵阵;汪家春;张淼;储智勇;栾洁;谷爱梅;李丹 - 中国人民解放军海军医学研究所
- 2016-07-01 - 2019-12-03 - C12Q1/6858
- 本发明属于生物工程技术领域，具体涉及一种利用AFLP‑DNA指纹图谱鉴定与评价冬虫夏草的方法，其包括以下步骤：(1)获取DNA片段：用内切酶MseI、EcoRI双酶切冬虫夏草标准品及冬虫夏草待测样品的基因组，以获取冬虫夏草标准品及冬虫夏草待测样品的基因组DNA片段；(2)建立连接体系：在DNA片段产物中加入EcoRI接头、MseI接头和T4DNA连接酶，得连接产物；(3)预扩增：将连接产物稀释5‑20倍，加入TaqDNA聚合酶、上样缓冲液、MgCl2、MseI‑C及EcoRI‑A，在PCR仪上进行预扩增；(4)选择性扩增：将预扩增产物用ddH2O稀释，加入TaqDNA聚合酶、上样缓冲液、MgCl2、MseI‑152及EcoRI‑008，在PCR仪上进行选择性扩增。本发明通过基因图谱的方法能够准确鉴别冬虫夏草的真伪。
- 一种同时检测HBV耐药相关基因多个突变的方法和试剂盒-201910623298.4
- 贾双荣 - 重庆市中医院
- 2019-07-11 - 2019-11-29 - C12Q1/6858
- 本发明属于分子生物技术领域，具体涉及一种同时检测HBV耐药相关基因多个突变的方法、试剂盒及其应用。所述方法将MLPA技术与RT‑PCR技术相结合，建立可用于同时检测HBV耐药相关基因多个突变的MLP‑RT‑PCR方法；所述MLPA技术使用的TaqMan探针的核酸序列如SEQ ID:NO 1‑5所示。为临床提供一种成本低廉、检测快速的HBV耐药检测方法，为慢性乙肝患者的早期合理用药提供实验依据。
- 基于毛细管电泳法定量检测FLT3-ITD基因突变的方法-201910726678.0
- 何贵伦;张鹏;谢珍;唐春花;邢宽;李平;安雪茹 - 南京实践医学检验有限公司
- 2019-08-07 - 2019-11-29 - C12Q1/6858
- 本发明涉及分子生物学技术领域，且公开了基于毛细管电泳法定量检测FLT3‑ITD基因突变的方法，包括如下步骤：一、材料及试剂的准备，购入实验操作中所需的DNA提取试剂盒、PCR MIX、引物生工合成和甲酰胺；二、检测样本的处理，准备:1‑2ml外周血或骨髓血、DNA/RNA(OD260/280值1.8‑2.0)的血样标本，按照试剂盒中提取DNA的步骤进行相关实验操作。该基于毛细管电泳法定量检测FLT3‑ITD基因突变的方法，具备只需设计一对带有荧光标记的引物即可解决个体差异性问题，且操作简单，便于人们对FLT3‑ITD基因突变的的检测，可用于对具有FLT3‑ITD基因突变的白血病患者的诊断及追踪预后疗效，同时监测MRD的动态变化的优点。
- 一种维生素E吸收相关基因突变位点的检测方法-201910860263.2
- 张立波;张宇 - 杭州云鼎基因生物科技有限公司
- 2019-09-11 - 2019-11-29 - C12Q1/6858
- 本发明公开了一种维生素E吸收相关基因突变位点的检测方法，涉及生物医学技术领域，通过设计的目标位点特异性引物的单管多重PCR扩增反应得到目标片段，目标片段经过限制性内切酶消化，然后再利用单碱基延伸技术对经过限制性内切酶消化的目标片段进行双向延伸，得到待检基因位点，最后通过核酸质谱分析精确测定目标DNA序列；其中，所述单碱基延伸技术是采用单碱基延伸引物组对所述目标片段进行双向延伸；本发明所述的检测基因突变的方法与传统的SNP位点检测技术相比，可以在一个反应中实现多个SNP位点的检测，具有较高的应用价值。
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