[发明专利]一套适用于番茄DNA指纹库构建的KASP引物组合及其应用

说明书

本发明公开了一套适用于番茄DNA指纹库构建的KASP引物组合及其应用。本发明开发的番茄KASP核心引物及品种检测试剂盒，可以用来鉴定待测番茄品种鉴定，使得辨别品种真伪的操作变得准确便捷，其中KASP引物组合遍及番茄整个基因组且具有唯一的扩增稳点，代表性较强；该试剂盒的检测结果稳定可靠、操作简单快速，可以实现检测的规模化和标准化。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一套适用于番茄DNA指纹库构建的KASP引物组合及其应用。

背景技术

番茄(Lycopersicon esculentum L.)是世界上重要的蔬菜作物之一，具有极高的营养价值。由于番茄及其制品的独特食用、保健及辅助治疗的功效，在世界农业生产和贸易中占有重要的地位。根据世界加工番茄理事会(WPTC)发布的统计数据：2013年全球加工番茄产量为3301.2万吨。由于番茄是自花授粉的植物，在杂交制种的过程中，若人工去雄不及时，导致母本自交产生假杂种，同时也常常会存在生物学混杂与机械混杂，导致种子遗传纯度下降，种子上市后给生产者带来巨大的经济损失，产生不良的社会影响。因此，优良F1代杂种种子种苗的遗传纯度快速、准确鉴定成为番茄生产中最为迫切需要解决的问题之一。

传统鉴定番茄种子遗传纯度的方法主要有形态学田间小区鉴定与同工酶分析等1,2。田间小区鉴定方法主要是对番茄的子叶、叶片、第一束花的形成时间和果实的颜色、果实室数、果实表面构造和抗病特性等主要园艺形状进行鉴别，从而判断品种种子的纯度3。这种方法较费时、费工，占用大量的土地，需要经过3-5个月的生长成熟期；有时可用于杂种鉴定的形态特征数目有限，且多数形态性状易受环境因素的影响，所以仅靠形态特征来鉴别品种纯度的准确率会受到影响。用于番茄品种纯度鉴定的同工酶主要有POD，EST，ACP，ADH，MDH等4，但由于栽培番茄遗传变异小、多态性较低、可利用的酶种类少，且表达与组织发育及发育时期有关，难以用于一些F1杂种纯度检测与品种鉴定。

以DNA为基础的分子标记如RFLP、RAPD、SSR、AFLP与ISSR等，具有检测位点数量多、多态性高、遗传稳定、不受环境条件影响等优点，已开始应用于蔬菜作物品种鉴定与纯度检测中。SNP是染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、插入及缺失等形式，广泛用于群体遗传学分析、构建遗传连锁图和指纹图谱以及分子标记辅助育种等。为保证新培育出的番茄优良品种产生最大的经济效益，需要一种权威、准确、稳定检测方法进行番茄商品种子遗传纯度的快速鉴定。

迄今为止，有关番茄KASP标记核酸指纹库构建的报道还不多见，尚无用于核酸指纹库构建的专用试剂盒。

发明内容

本发明的目的是提供一套适用于番茄DNA指纹库构建的KASP引物组合及其应用。

本发明首先保护用于检测48个SNP位点基因型的物质在番茄品种鉴定中的应用；

所述48个SNP位点如下表所示：

上述位置参照番茄基因组2.4版本，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_lycopersicum/Heinz1706/wgs/assembly/build_2.40/。

在本发明的实施例中，所述用于检测48个SNP位点基因型的物质为引物组合；所述引物组合由48个特异引物组组成；

引物组1由序列表的序列1-3所示的单链DNA分子组成；

引物组2由序列表的序列4-6所示的单链DNA分子组成；

引物组3由序列表的序列7-9所示的单链DNA分子组成；

引物组4由序列表的序列10-12所示的单链DNA分子组成；