[发明专利]结直肠癌DNA甲基化标志物

权利要求书

1.一种用于预测结直肠癌(CRC)风险的DNA甲基化标志物集，其特征在于，所述标志物集包括ESR1、ZNF132、ZNF229、 ZNF542和ZNF677。

2.一种用于测定权利要求1所述DNA甲基化标志物集的试剂盒，其特征在于，包含根据ESR1、ZNF132、 ZNF229、ZNF542和ZNF677这5种DMR所设计的一种或多种探针。

3.一种权利要求1所述的DNA甲基化标志物集用于制备预测受试者中结直肠癌(CRC)风险的试剂盒的用途。

4.一种获取权利要求1所述的DNA甲基化标志物集的方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）通过下载并整合TCGA与GEO数据库中结直肠癌患者1104例、腺瘤性息肉患者54例及癌旁正常组织268例的DNA甲基化数据；

（2）对所得到的DNA甲基化数据进行如下分析：

（I）定义甲基化区间（MR），要求其包含至少6个CpG位点且长度小于1000bp，筛选得到共6166个候选MR；

（II）再根据MR区间在肿瘤组织中平均甲基化率需高于0.50，在腺瘤组织中甲基化率也高于 0.50，同时在癌旁组织中平均甲基化率低于 0.30的标准，得到共计85个候选差异MR；

（Ⅲ）剔除了血液中的甲基化背景干扰，通过整合正常对照样本的全血1438例、外周血单个核细胞样本111例及外周血白细胞样本529例，从85个候选MR中筛选得到32个MR，其在上述血液组织中的平均甲基化率小于 0.10；

（Ⅳ）剔除MR位于同一基因上的，最终得到10个候选MR；

（Ⅴ）根据MR位于转录因子结合位点（TFBS）及MR与其基因表达负相关的特点，得到7种候选DMR；

（Ⅵ）剔除PCR引物设计困难及存在单核苷酸多态性（SNP）的MR，最终得到五个DNA甲基化标志物，即ESR1、 ZNF132、ZNF229、ZNF542和ZNF677。

5.根据权利要求4所述的一种获取权利要求1所述的DNA甲基化标志物集的方法，其特征在于，还包括步骤（3）标志物集的验证，具体包括以下过程，选取CRC患者的癌组织和配对癌旁组织218例分别两个批次进行验证，发现五个标志物ESR1、ZNF132、 ZNF229、ZNF542和ZNF677，以及阳性对照SEPT9基因，在CRC患者的肿瘤中的DNA甲基化水平显著高于癌旁组织中的DNA甲基化水平。