[发明专利]与小麦有效分蘖数QTL连锁的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明涉及小麦分子育种领域，具体公开了与小麦有效分蘖数QTL QPTN.sau‑4B连锁的SNP分子标记及其应用，所述分子标记为KASP‑1，其可由核苷酸序列如SEQ ID NO.1～3所示的引物扩增得到。检测分析表明，该分子标记能准确跟踪所述小麦有效分蘖数QTL QPTN.sau‑4B，预测小麦的有效分蘖数特性，进而方便进行分子设计育种。本发明还公开了一种鉴定小麦有效分蘖数QTL QPTN.sau‑4B的分子标记方法，利用本发明所提供的方法能够加强有效分蘖数的预测的准确性，以便快速筛选出具有增加有效分蘖数的小麦品种或品系用于育种，可大大加快小麦高产量品种的选育进程。

技术领域

本发明涉及分子生物学及作物遗传育种领域，具体涉及与小麦有效分蘖数QTLQPTN.sau-4B连锁的SNP分子标记以及该分子标记的应用。

背景技术

普通小麦(Triticum aestivum L.)是世界上最重要的作物之一，其播种面积占全国耕地面积的20％-30％。它是35％人口的主要食物。据报道，小麦生产应该增加70％以满足未来的粮食需求。

目前世界可耕地面积减少，人口增加，迫切期望小麦年产量快速增加。小麦产量构成因素包含穗数，穗粒数以及千粒重。而穂数的多少直接取决于分蘖的发生量，因此分蘖数对小麦的最终产量具有很大的影响。分蘖数是一种重要的农艺性状，在小麦中对产量潜力起着重要作用，因为最大分蘖数决定了每单位面积的穗数，也称为有效分蘖数，这是小麦产量的一个关键组成部分。此外，分蘖决定了枝条结构，它影响开花，光照，株高，种子，并最终影响每株植物的籽粒产量。

小麦产量性状是复杂的数量性状，受多个数量性状基因位点(Quantitativetrait locus，QTL)控制，具有遗传力低、受环境影响大、选择难度高的特性，所以在选育过程中，传统的育种方法存在时间长、消费大、成本高、成果小的问题。分子标记辅助育种，不依赖于表型选择，即不受环境、基因互作、基因与环境互作等因素的影响，而是直接对基因型进行选择，因而能大大提高育种效率。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)指的是基因组内DNA某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化而引起的DNA序列多态性。其技术是利用己知序列信息来比对寻找SNP位点，再利用发掘的变异位点设计特异性的引物来对基因组DNA或cDNA进行PCR扩增，得到基于SNP位点的特定的多态性产物，最后利用电泳技术分析产物的多态性。SNP标记的优点是数量多，分布广泛；在单个基因和整个基因组中分布不均匀；SNP等位基因频率容易估计。

KASP是由LGC公司(Laboratory of the Government Chemist)(http://www.lgcgenomics.com)研发的竞争性等位基因特异性PCR技术(Kompetitive AlleleSpecific PCR,KASP)具有低成本、高通量特点的新型基因分型技术，通过引物末端碱基的特异匹配来对SNP以及InDel位点进行精准的双等位基因分型，在水稻、小麦、大豆等作物的分子标记辅助选择中得到广泛应用。

此前有学者对有效分蘖数进行了QTL定位，发现与之相关的QTL在小麦中广泛存在，然而目前与小麦有效分蘖数性状相关可用于实际分子育种的紧密连锁的分子标记却并不多。因此研究获得有关有效分蘖数的QTL或基因，利用分子生物学技术，增加有效分蘖数，进而增加穗粒数，最终达到选育增产小麦新品种的目的，在小麦育种工作中意义重大。

发明内容

本发明的目的在于提供与小麦有效分蘖数QTL QPTN.sau-4B紧密连锁的分子标记。

本发明的另一目的在于提供用于扩增上述分子标记的荧光定量PCR引物。

本发明的第三个目的在于提供上述小麦有效分蘖数QTL QPTN.sau-4B紧密连锁的分子标记的应用。