[发明专利]一种LCT基因突变的检测方法及其引物组

说明书

本发明涉及分子生物学基因技术领域和医学领域，具体公开了一种用于LCT基因突变的检测方法及其引物组。本发明对LCT基因的2个热点突变位点的核酸序列进行分析，设计相应的引物，对样本基因组DNA特定位点经过多重PCR扩增，最后以Ion Torrent半导体芯片测序技术进行检测。本发明的检测方法具有通量大，特异性及灵敏度高，结果稳定，重复性好，检测速度快等优点。为先天性乳糖酶缺乏症遗传学方面的检测、测试、分析和评估提供了一条快速、可靠、准确的新途径，从而为该类疾病的临床诊断提供理论基础。

技术领域

本发明涉及分子生物学基因技术领域和医学领域，涉及用分子生物学方法对LCT基因突变位点检测的引物组，特别涉及用Ion Torrent半导体芯片测序技术对LCT基因突变进行定性、定量检测的相关引物组及其试剂盒。

背景技术

乳糖不耐症主要有四种。

第一种称为原发性乳糖酶缺乏症（Primary lactose intolerance），占全部病例的约70%，病因与乳糖酶表达时信使RNA的缺失有关。这种情况在不同地区所占比例和乳糖不耐发生年龄差异很大，工业和商品乳制品不普遍的亚洲和非洲很多地区比较常见，在亚洲和美洲印第安人中约占100%。2002年，芬兰的研究人员还曾发现了基因多样性与成人乳糖不耐症之间的紧密联系。在接受调查的236个芬兰人中，编码乳糖水解酶的基因上游不远处的一个碱基的突变与乳糖不耐症有100%的正相关——也就是说，我们几乎可以肯定这个基因突变是造成这些受试者乳糖不耐症的原因。同时，在这些受试者中，还发现另一处突变与229人的乳糖不耐症形成有关。

第二种是继发性乳糖酶缺乏症（Secondary Lactase Deficiency），也多为环境因素导致，例如胃肠道的各种疾病。小肠中的寄生虫感染可以导致乳糖酶的合成被永久破坏。肠胃炎也是导致暂时性的乳糖不耐症的一个常见原因，尤其是轮状病毒（rotavirus）感染导致的肠胃炎（也有感染后不发病的报道）。婴幼儿严重营养不良也可能会导致继发性乳糖不耐症。

第三种即发育（新生儿）乳糖酶缺乏症（Developmental (Neonatal) LactaseDeficiency）。妊娠34周后胃肠道才能产生乳糖酶和其他的二糖酶。多见于婴儿，调整饮食对患儿有帮助。

第四种即先天性乳糖酶缺乏症（Congenital Lactase Deficiency），即某种基因缺陷导致乳糖不耐者不能合成乳糖酶。在婴儿中比较罕见，但对于母乳喂养的患儿来说却是致命的，因为对他们而言母乳或牛奶是主要的能量来源；而这时他们却不能获得维持生存的足够能量。患有这种乳糖不耐症的婴儿只能依靠食用经过处理脱去了乳糖的商品奶制品。该疾病是常染色体隐性遗传的新生儿胃肠道疾患。在小肠粘膜乳糖酶活性降的很低，导致哺乳或进食配方奶后发生大量的水样腹泻，但是十二指肠形态、麦芽糖酶、蔗糖酶及异麦芽糖酶活性均正常；这些婴儿发生严重的渗透性腹泻常伴随脱水、酸中毒和体重下降。尽管这些，先天性乳糖酶缺乏的婴儿在摄入无乳糖酶食物，这些症状可以迅速的平息，能够正常的身体和精神的成长。

先天性乳糖酶缺乏症主要通过介导无意义的LCT基因的mRNA降解完成，LCT基因位于2q21染色体上。

乳糖不耐症在不同地区的发生率差异显著。亚洲人（包括北美印第安人）患乳糖酶缺失症的比例高于欧美人。在泰国，大约97%的人不能耐受乳糖；而在丹麦只有3%；非洲某些地区的原住民也很少发生该病。

先天性乳糖酶缺乏症致病基因突变位点：

人群覆盖比例： LCT(p.Y1390X)覆盖超过约80%的异常型携带者。

目前检测LCT基因突变位点的方法有主要为经典测序等，存在通量低、成本贵等问题，对PCR产物长度也有一定限制。