[发明专利]用于检测样品中微生物的方法

说明书

公开了一种用于检测样品中至少一种特定微生物的方法，其中提供了探针核酸序列，其包含至少一种能够发射至少一种可检测信号的可检测标记，其中当探针序列未与靶序列结合时，可检测信号取第一值，当探针序列与靶序列结合时，可检测信号取第二值。测量和分析了探针核酸序列的可检测信号的至少一个值，其中如果测量值对应于可检测信号的第二值，则表明样品含有微生物。可以检测与靶序列(信号(2))杂交的探针序列和不与任何靶标(信号(1))结合的对照序列之间的显著差异。在杂交过程的所有阶段(加热、静止和冷却)中，可检测信号(2)的值高于对照信号(1)的值，其中可以在冷却阶段(Δ3)结束时观察到最显著的差异，使得在此期间测量和分析可检测信号(2)提供最可靠的结果。可替代地或可选地，可以设置其他阶段(Δ1和/或Δ2)中的附加测量点以增强结果的可靠性。

技术领域

本发明涉及用于检测样品中至少一种特定微生物的方法，其中至少一种探针核酸序列能够与所述微生物的至少一种靶核酸序列杂交，所述探针核酸序列包含至少一种能够发射至少一种可检测信号的可检测标记，其中当探针序列未与靶序列结合时，可检测信号取第一值，当探针序列与靶序列结合时，可检测信号取第二值，其中与可检测信号的第一值相比，可检测信号的第二值减小、增加或改变。本发明进一步涉及用于检测样品中至少一种特定微生物的组合物和试剂盒。

背景技术

快速和可靠地检测生物样品(例如血液、痰和其他分泌物)中的微生物(例如病原体细菌)仍然是人类健康护理中的问题，特别是在医院中。然而，在护理时快速诊断传染病是非常重要的,以便快速启动或适用抗生素治疗并从而改善患者护理。由于住院时间较短，对危重传染病的快速诊断也有助于大幅节省成本。

例如，社区获得性肺炎(CAP)仍然是全世界发病率和死亡率的主要原因。肺炎链球菌、肺炎支原体、甲型流感病毒(InfA)、呼吸道合胞病毒(RSV)和腺病毒(AdV)等被认为是CAP的重要原因。尽管努力寻找细菌和病毒病原体作为CAP患者的病原因子的证据，但在高达50％的患者中病因仍然难以捉摸，影响了有效治疗。在国家和卫生保健机构之间观察到致病病原体的差异，但用于鉴定致病因子的方法的差异也导致不同数量的患病率。缺乏鉴定病原体的敏感方法增加了问题。

在医院获得性肺炎中，非常需要一种即时诊断设备(POC)，因为没有经典鉴定方法的良好替代品。金标准是培养，它没有显示出非常好的灵敏度并且是耗时的。希望获得患者实际情况的准确、最新详情，特别是在重症监护病房。已知引起细菌的问题可以相当快速地变换，必须基于患者的当前情况做出治疗决定。

基于自动化PCR的诊断工具，如(Curetis AG，霍尔茨格尔林根，德国)或系统(Biofire Diagnostics，盐湖城，美国)需要高额资本投资，成本非常高，仅限于所需的样品材料(例如：仅拭子)，因此不太可能用于常规诊断。

发明内容

本发明的目的是提供一种用于检测样品中的特定微生物的快速且低成本的方法，其允许直接从多种样品材料(例如血液培养物或痰液)中非侵入性地检测微生物，而无需扩增或培养。

该目的通过最初指定的方法实现，包括：

a)提供怀疑包含微生物的样品；

b)穿孔或裂解样品内的微生物；

c)在允许探针序列与靶序列体外杂交的条件下将探针核酸序列添加到样品中；

d)在一个或多个时间点测量样品中探针核酸序列的可检测信号的至少一个值；以及e)分析探针核酸序列的可检测信号的测量值，其中如果测量值对应于可检测信号的

第二值，则表明样品含有微生物。