[发明专利]检测异源cfDNA的SNP分子标记及检测方法、用途

权利要求书

1.如表1-2中所示的5764个SNP位点的组合作为非疾病诊断目的的检测异源cfDNA的SNP分子标记的用途。

2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，还包括一种检测所述SNP位点的探针，所述探针是基于所述SNP位点设计而成的。

3.根据权利要求2所述的用途，其特征在于，所述探针包括上游探针和下游探针，所述上游探针的序列是以所述SNP位点为坐标起点，向5’方向延伸80bp的碱基序列为序列信息设计的；所述下游探针的序列是以所述SNP位点为坐标起点，向3’方向延伸80bp碱基序列为序列信息设计的。

4.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，还包括一种异源cfDNA的检测芯片，所述检测芯片包括权利要求2或3所述的探针。

5.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，还包括一种单分子标记接头，所述单分子标记接头是由正向序列和反向序列部分配对后的Y型接头；所述正向序列由5’端至3’端依次包括5’-接头和特异性分子标签A；所述反向序列由3’端至5’端依次包括3’-接头和特异性分子标签B。

6.根据权利要求5所述的用途，其特征在于，所述5’-接头序列的碱基序列如SEQ IDNO.1或SEQ ID NO.2所示，所述3’-接头的碱基序列如SEQ ID NO.3或SEQ ID NO.4所示，所述特异性分子标签A的碱基序列如SEQ ID NO.5所示，所述特异性分子标签B的碱基序列如SEQ ID NO.10所示，其中N代表随机碱基。

7.根据权利要求5或6所述的用途，其特征在于，所述正向序列的3’末端连接有碱基T，所述反向序列的5’末端连接有磷酸基团。

8.根据权利要求5或6所述的用途，其特征在于，所述正向序列如SEQ ID NO.6或SEQ IDNO.7所示，所述反向序列如SEQ ID NO.8或SEQ ID NO.9所示。

9.一种异源cfDNA的非疾病诊断的检测方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)捕获基因组DNA的目标区域，所述基因组DNA的目标区域包括权利要求1中所述的SNP位点的组合；

(2)将步骤(1)所得的目标区域进行高通量测序，所得测序结果用于基因组DNA的SNP分型；

(3)筛选步骤(2)中SNP分型后基因型为纯合子的SNP位点，作为有效SNP位点；

(4)捕获cfDNA的目标区域，所述cfDNA的目标区域包括权利要求1所述的SNP位点的组合；

(5)将步骤(4)所得的目标区域进行高通量测序，保留与步骤(3)中所述的有效SNP位点相同坐标位置的SNP位点；

(6)检测cfDNA在有效SNP位点处区别于步骤(3)中基因型为纯合子SNP信号，即异源SNP信号；

(7)计算步骤(6)中异源SNP信号占cfDNA在有效SNP位点处总测序信号的比例，即得到异源cfDNA的定量结果。

10.根据权利要求9所述的异源cfDNA的非疾病诊断的检测方法，其特征在于，所述捕获基因组DNA的目标区域包括如下步骤：

(1)提取血细胞中的基因组DNA；

(2)将步骤(1)中基因组DNA打断为DNA片段，所述DNA片段末端修复后连接权利要求5-8任一项中所述的单分子标记接头，得到基因组DNA连接产物；

(3)PCR扩增步骤(2)中基因组DNA连接产物，得到基因组DNA文库；

(4)利用权利要求4中所述的检测芯片捕获得到步骤(3)中所述基因组DNA文库的目标区域。