[发明专利]改进的短同聚重复的检测

权利要求书

1.检测长度等于或短于15bp的同聚核苷酸重复序列中存在的核苷酸数量的变化的方法，该方法包括以下步骤：

-通过扩增包含靶同聚重复序列的核酸序列产生扩增子；

-在存在至少一种信号产生寡核苷酸探针的情况下加热所产生的扩增子，所述信号产生寡核苷酸探针包含能够与靶同聚重复序列杂交的序列，并且检测由所述探针产生的信号在温度的函数中的强度变化以获得至少一条解链曲线；和

-从所述至少一条解链曲线推导存在于靶同聚重复序列中的核苷酸数量。

2.根据权利要求1所述的方法，其中能够与靶同聚重复序列杂交的序列包含与突变序列相同或互补的序列，所述突变序列包含所述靶同聚重复序列中至少一个同核苷酸的缺失。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中寡核苷酸探针是分子信标寡核苷酸探针。

4.根据权利要求3所述的方法，其中使用与第一分子信标寡核苷酸探针进行不同标记的至少第二分子信标寡核苷酸探针，其中所述第二分子信标寡核苷酸探针包含能够与第二靶同聚核苷酸重复序列杂交的序列，所述第二靶同聚核苷酸重复序列不同于第一靶同聚核苷酸重复序列。

5.根据权利要求4所述的方法，其中能够与第二靶同聚核苷酸重复序列杂交的序列包含与突变序列相同或互补的序列，所述突变序列包含所述第二靶同聚重复序列中至少一个同核苷酸的缺失。

6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中在包括具有3'-5'外切核酸酶活性的聚合酶的PCR中进行产生扩增子的步骤。

7.根据权利要求6所述的方法，其中至少一种标记的信号产生寡核苷酸探针包含保护所述探针免于聚合酶的3'-5'外切核酸酶活性的结构特征或修饰，所述结构特征或修饰优选选自：

-在探针的3'末端的反向dT；

-位于探针的3'末端的最后三个核苷酸中任一个之前的至少一个硫代磷酸酯键。

8.根据权利要求7所述的方法，其中序列特异性探针是分子信标寡核苷酸探针并且其中所述结构特征或修饰是3'-5'核酸外切酶活性抗性茎。

9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中以下步骤是在自动化系统中进行的：

-通过扩增包含靶同聚重复序列的核酸序列产生扩增子；

-在存在至少一种信号产生寡核苷酸探针的情况下加热所产生的扩增子，并且检测所述信号在温度的函数中的强度变化以获得至少一条解链曲线；和

-从所述至少一条解链曲线推导存在于靶同聚重复序列中的核苷酸数量。

10.根据权利要求9所述的方法，所述方法在以下任何步骤之前进行：

-提供可能包含靶同聚重复序列的核酸源，所述源优选是生物样品；

-从核酸源释放和/或分离可能包含靶同聚重复序列的核酸；

-给产生扩增子的步骤提供可能包含靶同聚重复序列的所述释放的和/或纯化的核酸；

其中至少以下步骤也是在自动化系统中进行的：

-从核酸源释放和/或分离可能包含靶同聚重复序列的核酸；

-给产生扩增子的步骤提供可能包含靶同聚重复序列的所述释放的和/或纯化的核酸。

11.根据权利要求10所述的方法，其中至少以下步骤是在可与所述自动化系统接合的筒中执行的：

-从核酸源释放和/或分离可能包含靶同聚重复序列的核酸；

-给产生扩增子的步骤提供可能包含靶同聚重复序列的所述释放的和/或纯化的核酸；

-通过扩增包含靶同聚重复序列的核酸序列产生扩增子；和

-在存在信号产生寡核苷酸探针的情况下加热所产生的扩增子，并且检测所述信号在温度的函数中的强度变化以获得至少一条解链曲线。