[发明专利]一种DNA合成产物的高通量检测方法

说明书

本发明公开了一种DNA合成产物的高通量检测方法，包括如下步骤：将多个DNA组件分别连入克隆载体并转入筛选菌株中，筛选出连接有DNA组件的克隆；分别对克隆进行编号，并培养出相应克隆菌液；选取编号相同的克隆菌液混合并提取质粒；连接测序标签，构建多个混合测序文库，其中不同混合测序文库的测序标签不同；进行混样高通量测序，得到DNA组件的序列；与参考序列进行比对，得到DNA合成产物中具有设定正确率的目标DNA组件。本发明的方法通过混合文库构建策略，将高通量测序技术运用于DNA芯片合成产物的检测，降低产物检测和正确产物筛选成本。

技术领域

本发明涉及DNA合成技术领域，尤其涉及一种DNA合成产物的高通量检测方法。

背景技术

随着遗传科学和遗传工程学的发展，DNA合成技术在生命科学领域扮演着日益重要的角色。DNA元件的从头合成，包括调控序列、全基因、人工代谢通路乃至完整的人工基因组合成，将给人类的生命科学研究带来巨大变革。自1961年人类第一次合成寡核苷酸链以来(Nirenberg et al.(1961)Proc.Natl Acad.Sci.USA 54：1588)，DNA的合成和组装技术已经有了长足发展。目前，DNA长片段的合成和组装，由于技术所限，皆通过100bp以下的寡核苷酸链组装而成(Gibson，et al.(2010)Science 329：52；Gibson.(2009)Nucleic.AcidsRes.37：6984；Li Elledge(2007)Nat.Methods 4：251；Bang Church(2008)Nat.Methods 5：37；Shao et al.(2009)Nucleic Acids Res.37：e16)，其成本大致稳定在每bp约2.2元人民币。因此，传统的DNA合成和组装方法，碍于成本所限，难以被应用到基因组水平的DNA合成。

2004年，田敬东等人利用寡核苷酸微阵列芯片，成功在DNA芯片上合成了292种不同的寡核苷酸链并将其组装成为14.6kb的DNA片段，使得基于芯片技术的、高效低成本的大规模的DNA长片段合成和组装成为可能(Tian(2004)Nature 432：1050)。2010年，Kosuri等人利用安捷伦的商业DNA微阵列芯片，实现了数百个基因的合成(Kosuri et al.(2010)Nat.Biotech.28：1295)，并提供了完整和完善的技术路线(Eroshenko et al.(2012)Curr.Protoc.in Chem.Biol.4：1)。基于此相关技术，2012年，GEN9公司在美国成立，成为第一家在全球范围内提供DNA芯片合成服务的商业公司，其DNA合成产品售价约为每bp0.26美元，低于传统DNA合成的市场价。