[发明专利]一种DNA合成产物的高通量检测方法有效

专利信息
申请号: 201580068286.X 申请日: 2015-01-09
公开(公告)号: CN107002150B 公开(公告)日: 2020-09-01
发明(设计)人: 康康;陈世宏;沈玥;王云;徐讯 申请(专利权)人: 深圳华大基因研究院
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806;C12Q1/6874
代理公司: 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 代理人: 彭家恩;罗瑶
地址: 518083 广东*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 dna 合成 产物 通量 检测 方法
【权利要求书】:

1.一种DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,包括如下步骤:

1)将合成产生的多个DNA组件分别连入克隆载体并分别转入筛选菌株中,分别在筛选培养基上培养,筛选出连接有所述DNA组件的克隆;

2)分别对每个DNA组件的各克隆进行顺次编号;

3)分别选取编号相同但DNA组件不同的克隆混合培养出相应混合菌液,再提取质粒得到混合质粒样本;或分别将每个DNA组件的克隆培养出相应菌液,再选取编号相同但DNA组件不同的克隆的菌液混合并提取质粒得到混合质粒样本;

4)对多个所述混合质粒样本分别连接测序标签,构建多个混合测序文库,其中不同混合测序文库的测序标签不同;

5)将所述多个混合测序文库进行混样高通量测序,得到所选取的克隆所载的DNA组件的序列;

6)通过将所述测序得到的DNA组件的序列与参考序列进行比对,得到所述DNA合成产物中具有设定正确率的目标DNA组件。

2.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述DNA合成产物为DNA芯片合成组装出的DNA组件。

3.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述步骤1)和2)之间,还包括:挑取筛选出的克隆进行菌落PCR验证,进一步筛选出插入片段大小与相应DNA组件的大小一致的克隆。

4.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述步骤3)中,按照各克隆菌体数量相同的原则进行克隆菌液混合。

5.根据权利要求4所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,分别将每个DNA组件的克隆培养出的相应菌液保菌备用。

6.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述步骤4)具体为:分别从所述混合质粒样本中获取或扩增出混合DNA组件,然后对多个所述混合DNA组件连接测序标签,构建多个混合测序文库,其中不同混合测序文库的测序标签不同。

7.根据权利要求6所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,还包括,在连接所述测序标签之后,对多个所述混合DNA组件连接测序接头。

8.根据权利要求6所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,通过酶切或PCR方法,分别从所述混合质粒样本中获取或扩增出混合DNA组件。

9.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述步骤5)中使用Illumina HiSeq2000、HiSeq2500、MiSeq、MiSeqDx、NextSeq500、Hiseq X ten、LifeSOLiD、Ion TorrentPGM、Proton、Roche 454、Complete Genomics测序装置或单分子测序装置进行高通量测序。

10.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,所述设定正确率是指碱基正确率为100%。

11.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,还包括:当所述设定正确率低于100%时,通过单点突变进行序列除错。

12.根据权利要求11所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,当所述设定正确率低于100%时,挑选单点突变、插入或缺失变异数量最少的克隆,通过单点突变进行序列除错。

13.根据权利要求11所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,还包括,通过Sanger测序验证所述序列除错产物。

14.根据权利要求1所述的DNA合成产物的高通量检测方法,其特征在于,还包括:通过Sanger测序验证所述目标DNA组件。

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