[发明专利]基于链侵入的DNA扩增方法

权利要求书

1.一种检测样品中的产毒艰难梭菌(C.difficile)的靶核酸序列的方法，所述方法包括在促进所述靶核酸序列的扩增的条件下使所述样品与至少一种上游引物、至少一种下游引物和至少一种链侵入寡核苷酸接触，

其中每种所述引物和所述链侵入寡核苷酸包含与所述靶核酸序列互补的区域；并且

其中所述链侵入寡核苷酸使至少一部分靶核酸序列成为单链以允许结合所述上游引物和下游引物。

2.权利要求1的方法，其中所述靶核酸序列存在于位于艰难梭菌的致病性基因座(PaLoc)的基因中，任选地其中所述艰难梭菌基因是tcdB或tcdA。

3.权利要求1或2的方法，其中所述靶核酸序列的GC含量为至少30％。

4.权利要求2或3的方法，其中所述艰难梭菌基因是tcdB，并且所述靶核酸序列包含SEQIDNO:1或其变体。

5.权利要求2或3的方法，其中所述艰难梭菌基因是tcdA，并且所述靶核酸序列包含SEQIDNO:6或其变体。

6.权利要求4的方法，其中所述上游引物是长度少于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:2或其变体的序列，和/或其中所述下游引物是长度少于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:3或其变体的序列，和/或其中所述链侵入寡核苷酸是长度大于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:4或其变体的序列并且在其3'区域还包含一个或多个经修饰的核苷酸。

7.权利要求5的方法，其中所述上游引物是长度少于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:7或其变体的序列，和/或其中所述下游引物是长度少于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:8或其变体的序列，和/或其中所述链侵入寡核苷酸是长度大于30个核苷酸的寡核苷酸，其包含SEQIDNO:9或其变体的序列并且在其3'区域还包含一个或多个经修饰的核苷酸。

8.前述权利要求中任一项的方法，所述方法还包括使所述样品与重组酶接触。

9.前述权利要求中任一项的方法，其是在促进所述靶核酸序列的扩增的等温条件下进行。

10.一种组合物，其包含至少两种选自(a)上游引物、(b)下游引物和(c)链侵入寡核苷酸的寡核苷酸，

其中每种所述寡核苷酸是如权利要求6中所定义的或其中每种所述寡核苷酸是如权利要求7中所定义的。

11.一种试剂盒，其包括至少两种选自(a)上游引物、(b)下游引物和(c)链侵入寡核苷酸的寡核苷酸，

其中每种所述寡核苷酸是如权利要求6中所定义的或其中每种所述寡核苷酸是如权利要求7中所定义的。

12.权利要求10的组合物或权利要求11的试剂盒，其包括至少一种(a)的寡核苷酸、至少一种(b)的寡核苷酸和至少一种(c)的寡核苷酸。

13.权利要求12的组合物或试剂盒，其还包括DNA聚合酶和/或重组酶。

14.每一种均如权利要求6中所定义或每一种均如权利要求7中所定义的上游引物、下游引物和任选的链侵入寡核苷酸在用于检测产毒艰难梭菌的方法中的用途。

15.一种诊断受试者中艰难梭菌的感染的方法，所述方法包括在来自所述受试者的样品中实施如权利要求1至9中任一项中所定义的方法。