[发明专利]茄子EST-SSR标记的开发及应用方法

说明书

技术领域

本发明涉及的是一种植物的育种方法，具体涉及茄子EST-SSR标记的开发方法，以及利用该标记进行茄子遗传多样性的评价、分子遗传连锁图谱的构建和茄子重要性状的QTL定位的应用方法，属于育种技术领域。

背景技术

SSR标记，又称微卫星DNA，由串连重复的短序列组成，重复单位长度一般为1-6个bp。由于SSR标记具有多态性高、共显性、数量丰富、基因组覆盖距离广、高分辨率、易于检测及操作简单等特征，因此在遗传分析中起着重要的作用(Powell et al.，1996；Stagel et al.，2008)。

茄子(Solanum melongena L.),属于茄科茄属，是许多国家的重要蔬菜作物。茄子含有丰富的矿物质和维生素，茄子中含有的多酚物质具有重要的抗氧化活性(Nisha et al.，2009；Sudheesh et al.，1999)。与茄科的两个模式作物番茄和土豆相比，茄子具有大果型和各种抗逆性；而且，茄子具有独特的系统发生特征(Fukuoka et al.，2012)。尽管茄子种植广泛且具有如此重要的价值，但是与同科作物番茄(S.lycopersicum L.)、土豆(S.tuberosum L.)、辣椒(Capsicum spp.L.)相比，它的分子生物学研究仍然比较落后(Nunome et al.，2009；Fukuoka et al.，2012)。

目前，在茄子研究中，已经报道有一些分子遗传图谱(Barchi et al.，2010；Cao et al.，2006；Doganlar et al.，2002a；Doganlar et al.，2002b；Nunome et al.，2001；Nunome et al.，2003；Nunome et al.，2009；Sunseri et al.，2003；Wu et al.，2009)。然而，这些图谱主要是由标记RAPD(random amplified polymorphic DNA)、RFLP(restriction fragment length polymorphism)、AFLP(amplified fragment length polymorphism)标记(Nunome et al.，2001；Doganlar et al.，2002b；Nunome et al.，2003；Sunseri et al.，2003；Cao et al.，2006；Barchi et al.，2010)、cos II标记(constructed with conserved ortholog set II)(Wu et al.，2009)和SOL(Solanum orthologous)标记(Fukuoka et al.，2012)构建。2009年，Nunome et al.构建了一个包含236个SSR标记的连锁图，这张图谱是目前茄子研究中包含最多SSR标记的一张。此外，这些图谱的构图群体仍具有局限性。到目前为止，所有构图的种间F₂群体均为S. linnaeanum和S. melongena的杂交后代(Doganlar et al.，2002a；Doganlar et al.，2002b；Sunseri et al.，2003；Wu et al.，2009)，其余的图谱则均为种内F₂群体，其主要原因是茄子种间杂交种具有各种障碍。

在茄子上，已经开发出部分SSR标记(Nunome et al.，2009；Stagel et al.，2008)并应用于图谱的构建(Nunome et al.，2009)。然而，在茄子种内，标记的多态性比较低，为了构建一个高密度的连锁图谱，需要开发更多的标记。

目前，茄子的研究基础相比茄科其他作物一直比较薄弱，在公共数据库中能得到的序列信息比较有限。在2009年，Fukuoka等上传了大量的EST序列(Fukuoka et al.，2010)，这大大丰富了茄子数据库，并且为开发SSR标记提供了大量的信息。

为了进一步丰富茄子SSR的标记，用于分子遗传育种，申请人根据NCBI数据库中的茄子EST序列，开发了部分EST-SSR标记，并利用开发的标记对茄子种质进行了遗传多样性、遗传图谱构建及QTL定位研究等应用。

发明内容

本发明针对目前对茄子遗传育种技术比较薄弱的不足，开发茄子EST-SSR标记的引物序列，并将其应用于茄子遗传多样性、遗传连锁图谱构建和QTL定位的研究。