[发明专利]核酸的定量、高度多重检测

权利要求书

1.一种检测靶标核酸的方法，所述方法包括如下步骤：

提供检测腔室，所述检测腔室在腔室的至少一个表面上有至少一种高效核酸检测阵列；

把样品加入到检测腔室，所述样品包含要检测的一个或多个靶标核酸拷贝；

将扩增引物和探针与一个或多个拷贝杂交；

在扩增引物依赖性扩增反应中扩增一个或多个靶标核酸拷贝的至少一部分，其中所述扩增反应将所述探针切断并释放第一探针片段；

将所述第一探针片段与高效阵列杂交；和，

检测所述第一探针片段与所述阵列结合生成的信号，由此检测所述靶标核酸，其中在降低阵列附近背景信号的条件下进行所述检测步骤。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针包含标记探针，所述第一探针片段包含标记探针片段。

3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述标记探针片段包含在与所述阵列杂交后生成可检测信号的标记。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述检测腔室的构造降低所述阵列附近的背景信号。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述检测腔室在至少一个纬度上靠近所述阵列且该纬度的尺寸小于500μm。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述检测腔室在至少一个纬度上靠近所述阵列且该纬度的尺寸约10μm－约200μm。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述阵列包含与所述第一探针片段杂交的非速率限制数量的捕获核酸。

8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一探针片段与所述靶标核酸不互补。

9.如权利要求7所述的方法，其特征在于，与阵列上捕获核酸杂交的所述第一探针片段长度小于约30个核苷酸。

10.如权利要求7所述的方法，其特征在于，与阵列上捕获核酸杂交的所述第一探针片段长度小于约20个核苷酸。

11.如权利要求7所述的方法，其特征在于，与阵列上捕获核酸杂交的所述第一探针片段长度小于约15个核苷酸或更短。

12.如权利要求1所述的方法，其特征在于，通过与腔室可操作连通的至少一个端口或流体通道来加载所述样品。

13.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶标核酸在检测前至少扩增5轮循环。

14.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述靶标核酸在检测前进行多轮循环扩增，检测后在附加探针拷贝存在下再扩增所述靶标核酸部分，由此释放的第一探针片段与所述阵列杂交并被检测，将测得的信号强度与样品中靶标核酸的量相关联。

15.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述信号检测是通过检测一种或多种光学信号波长。

16.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述信号检测包含检测多种信号的多种光学信号波长。

17.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述杂交温度低于所述扩增反应的温度。

18.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一探针包含与所述靶标核酸不互补的第一正交折翼，所述折翼从所述标记探针上切下而生成标记探针片段。

19.如权利要求14所述的方法，其特征在于，所述探针包含与所述第一折翼至少部分互补的第二正交折翼，所述第二折翼结合第一折翼的T_m高于所述第一折翼结合阵列的T_m。

20.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述标记探针包含荧光标记或发光标记。

21.如权利要求20所述的方法，其特征在于，所述标记是荧光染料。

22.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针包含标记和标记淬灭剂，探针被切断造成所述标记和淬灭剂的分离，因而不淬灭所述标记。

23.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述探针包含不淬灭的标记。

24.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述信号是光学信号。