本发明公开了一种能被马氏珠母贝SMAD1/5基因抑制的MSX启动子及其应用。该启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过基因组步移法扩增得到MSX启动子序列,本发明的MSX启动子具有能够与SMAD1/4基因结合的结合位点1、结合位点2结合位点3、结合位点4。通过构建不同突变位点的MSX启动子的野生型和突变型载体,应用双荧光素酶报告基因系统鉴定SMAD1/5基因主要通过结合位点2作用于MSX启动子。本发明的能被马氏珠母贝SMAD1/5基因抑制的MSX启动子从而启动壳基质蛋白的表达,从而促进珍珠或珍珠贝的生长。