本发明公开了一种能被马氏珠母贝SMAD1/5基因抑制的MSX启动子及其应用。该启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过基因组步移法扩增得到MSX启动子序列，本发明的MSX启动子具有能够与SMAD1/4基因结合的结合位点1、结合位点2结合位点3、结合位点4。通过构建不同突变位点的MSX启动子的野生型和突变型载体，应用双荧光素酶报告基因系统鉴定SMAD1/5基因主要通过结合位点2作用于MSX启动子。本发明的能被马氏珠母贝SMAD1/5基因抑制的MSX启动子从而启动壳基质蛋白的表达，从而促进珍珠或珍珠贝的生长。
本发明公开了一种与马氏珠母贝生长性状关联的InDel标记、检测引物组及开发方法。所述的InDel标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5’端起第103与104位碱基间插入或缺失序列TNNN，其中，NNN表示为未知碱基和碱基数量。利用本发明的开发方法创造性地从差异表达基因中来筛选InDel，并与性状进行关联，开发了一个与性状关联的分子标记SNP441。利用该分子标记SNP441设计的检测引物组，能够对待测马氏珠母贝的分子标记SNP441进行基因型分型，筛选出生长优势个体用作后备亲本进行育种，实现分子标记辅助育种。
