本发明提供用于鉴别紫色茶树品种的InDel标记及其组合与应用。所述InDel标记包括InDel1和InDel2,本发明利用InDel指纹图谱鉴别四种紫色茶树品种紫嫣、紫仙、紫红和紫娟,在茶树全基因组中选取30对InDel引物进行多态性筛选,鉴定流程主要包括茶树总DNA提取、引物设计、PCR扩增、等位基因多态性统计,最终确立了两对InDel引物(SEQ ID NO:5‑8)作为品种鉴定的核心引物,能有效地将四种紫色茶树品种完全区分开,不仅有利于对紫色茶树品种的保护和推广,同时,为市场上这四种容易混淆的紫茶品种提供了简单、快速、准确、高效的鉴别方法。