本发明属于分子育种技术领域,涉及一种快速检测苹果果实成熟期的分子标记及其应用。本发明的分子标记,是基于候选基因启动子区域开发出来的与苹果成熟期性状紧密连锁的两个SNP位点,采用KASP技术区分鉴定SEQ ID NO:1中突变位点和未突变位点。本发明成功开发了高效进行果实成熟期相关的苹果分子辅助选择育种的特异分子标记,结果显示对苹果果实成熟期鉴定的准确率为98.9%。不需要经过传统育种中苹果成熟期的统计鉴定,本发明在苹果苗期就可以快速精准的鉴定出其果实成熟期,大大提升育种效率,缩短育种周期,解决了苹果快速育种的需求。