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[发明专利]一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质-CN202211384807.0有效
发明人：胡勇;王瀚宇;严志祥 -专利权人：深圳市瑞吉生物科技有限公司;武汉瑞佶生物科技有限公司
申请日： 2022-11-07 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本说明书涉及生物工程技术领域，尤其涉及一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质。其中密码子序列优化方法包括针对待优化蛋白序列，根据氨基酸与密码子映射表，随机生成多个待优化密码子序列，待优化蛋白序列包括多个氨基酸，待优化密码子序列包括多个密码子；以及利用蒙特卡洛树搜索算法针对多个待优化密码子序列进行处理，确定第一预目标密码子序列。利用本说明书实施例，采用蒙特卡洛树搜索算法，针对待优化蛋白序列生成的多个待优化密码子序列进行处理，得到第一预目标密码子序列，规避了采用遗传算法陷入局部最优的问题。
一种密码子序列优化方法装置计算机设备存储介质

[发明专利]基于双策略黑蜘蛛算法的DNA存储编码优化方法-CN202111101673.2在审
发明人：王宾;吴洁琼;胡轶男;张强;魏小鹏 -专利权人：大连大学
申请日： 2021-09-18 - 公布日： 2021-12-14 - 主分类号： G06N3/12 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于双策略黑蜘蛛算法的DNA存储编码优化方法，首先构造出满足当前约束组合的DNA编码序列集合，并对所述DNA编码序列集合中的序列进行适应度评定，按其结果进行排序；其次引入双策略黑蜘蛛算法对上述集合进行优化，得到优化后的适应度较高的DNA编码序列；再次通过组合约束对优化后的DNA编码序列进行筛选，保留满足组合约束的序列；最后将保留的序列集合并到DNA编码序列集中，输出满足组合约束的最优编码序列集。将优化后的双策略黑蜘蛛算法应用到DNA编码序列集，实现优化序列的目的。优化后的序列集在适应度函数上拥有更好的表现；通过末端约束将优化后的序列集进行筛选，构造具有稳定物理和热力学特性的DNA编码序列集。
基于策略蜘蛛算法 dna 存储编码优化方法

[发明专利]5’UTR序列的优化方法、优化5’UTR序列及应用-CN202310754523.4有效
发明人：贺选;王德品 -专利权人：北京乾研智能生物科技有限公司
申请日： 2023-06-26 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明提供了一种5’UTR序列的优化方法、优化5’UTR序列及应用。其中，提高核糖体载量的5’UTR序列的优化方法包括：将5’UTR序列中部分的原有序列替换为优化序列，优化序列包括长度为5个碱基的第一基序、长度为7个碱基的第二基序或长度为9个碱基的第三基序；优化序列的基序中心为腺嘌呤或尿嘧啶，基序中心是优化序列的字符串正中间的碱基位置；利用第一、第二或第三基序进行的优化方法包括：将mRNA起始密码子AUG的5’端的第‑44~‑40等位置组成的原有序列替换为第一基序、第二基序或第三基序。能够解决现有技术中难以通过改进5’UTR提高核糖体载量的问题，适用于表达系统优化领域。
utr 序列优化方法应用

[发明专利]一种基于分治法的mRNA序列优化的方法与装置-CN202110039347.7在审
发明人：孙振华;侯强波;左炽健;董世英 -专利权人：江苏普瑞康生物医药科技有限公司
申请日： 2021-01-18 - 公布日： 2021-04-30 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于分治法的mRNA序列优化的方法和装置，采用分治法对mRNA序列优化，通过在每次合并后均检查是否有发夹结构生成以及是否具有影响蛋白表达的因素，能够保证优化的mRNA序列不具有上述影响表达的因素，生成序列结构稳定，优化序列表达效率高。同时采用的分治法具有优化速度快，可进行批量序列优化的特点。
一种基于分治 mrna 序列优化方法装置

[发明专利]微处理器加速的代码优化器-CN201180076248.0有效
发明人： M·阿布达拉 -专利权人：英特尔公司
申请日： 2011-11-22 - 公布日： 2018-06-12 - 主分类号： G06F9/30 文献下载
摘要：一种用于加速微处理器的代码优化的方法。该方法包括使用指令提取部件来提取传入的微指令序列并且向解码部件传送所提取的宏指令用于解码成微指令。通过将微指令序列重排序成包括多个依赖代码组的优化的微指令序列来执行优化处理。向微处理器流水线输出优化的微指令序列用于执行。优化的微指令序列的副本存储到序列高速缓存中，用于在后续命中优化的微指令序列时的后续使用。
微指令序列微处理器微处理器流水线优化代码优化器代码优化副本存储高速缓存解码部件输出优化优化处理指令提取解码传入的代码组宏指令微指令重排序命中传送

[发明专利]用于数据质量管控的实现方法-CN202010700618.4有效
发明人：张春林;李利军;李春青;常江波;尚雪松 -专利权人：北京东方通科技股份有限公司;北京东方通软件有限公司;北京微智信业科技有限公司;北京泰策科技有限公司
申请日： 2020-07-21 - 公布日： 2020-12-18 - 主分类号： G06F16/215 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于数据质量管控的实现方法，包括获取目标数据的目标属性，根据所述目标属性对所述目标数据进行序列提取，获取序列数据；确定所述序列数据之间的关联关系，并基于质量管控算法和所述关联关系对所述序列数据进行质量监督测量，确定低质量序列；根据预设的优化序列库对所述低质量序列进行优化，获取优化序列；验证所述优化序列是否符合管控标准，并对不符合管控标准的优化序列进行报警警示。通过目标数据的质量管控，确定数据质量高低，从而实现对数据的优化处理，获得更好的优化序列。而通过对序列数据的管控控制和报警警示，使得获得的目标数据都为高质量数据。
用于数据质量实现方法

[发明专利]基于氨基酸序列的密码子优化在mRNA疫苗研发中的应用-CN202211265184.5在审
发明人：钱朝晖;陆剑;昝富文;吴鑫凯;单科家 -专利权人：中国医学科学院病原生物学研究所;北京大学
申请日： 2022-10-17 - 公布日： 2023-05-05 - 主分类号： G16B50/40 文献下载
摘要：本发明公开了基于氨基酸序列的密码子优化在mRNA疫苗研发中的应用。基于目标抗原蛋白的氨基酸序列，对其CDS在密码子适应指数(CAI)水平上进行优化得到HighestCAI序列，在最小折叠自由能(MFE)水平上进行优化得到LowestMFE序列，再以HighestCAI序列作为祖先序列进行MFE的定向优化，在某一个或某几个世代分别取MFE值最低的序列作为兼顾翻译效率和mRNA稳定性的优化序列，最终将这些序列通过细胞水平的蛋白表达验证，获得稳定高表达的CDS序列应用于mRNA本发明采用不同方式的密码子优化策略以提高mRNA疫苗转导机体后产生有效抗原量，为进一步优化疫苗生产提供了指导。
基于氨基酸序列密码子优化 mrna 疫苗研发中的应用

[发明专利]一种Simulink到C语言的优化参数自动配置方法-CN202210405164.7在审
发明人：李辉;王倩;戚学欣;陈荣 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2022-04-18 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： G06F8/41 文献下载
摘要：本发明公开了一种优化参数自动配置方法，包括：从Simulink数据库中获取Simulink模型并获得破环模型，对破环模型进行基本参数配置；采用随机森林建立替代模型，基于遗传算法选择替代模型候选优化序列的一个子集，并将该序列加入到初始优化参数种群中，不断迭代得到最佳优化参数配置；建立替代模型：更新替代模型；选择优化序列，随机初始化固定数量的由优化序列构成的种群，替代模型预测运行时间并使用适应度函数计算种群中每一个优化序列的适应度得分，将适应度得分最高的序列作为优化序列，该序列的参数配置为最优参数配置。
一种 simulink 语言优化参数自动配置方法

[发明专利]微处理器加速的代码优化器-CN201810449173.X有效
发明人： M·阿布达拉 -专利权人：英特尔公司
申请日： 2011-11-22 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： G06F9/30 文献下载
摘要：本发明涉及微处理器加速的代码优化器。一种用于加速微处理器的代码优化的方法。该方法包括使用指令提取部件来提取传入的微指令序列并且向解码部件传送所提取的宏指令用于解码成微指令。通过将微指令序列重排序成包括多个依赖代码组的优化的微指令序列来执行优化处理。向微处理器流水线输出优化的微指令序列用于执行。优化的微指令序列的副本存储到序列高速缓存中，用于在后续命中优化的微指令序列时的后续使用。
微处理器加速代码优化

[发明专利]一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用-CN202011081573.3有效
发明人：阮承迈;高辉;张艳 -专利权人：天津中逸安健生物科技有限公司
申请日： 2020-10-12 - 公布日： 2021-01-26 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：本发明公开了一种新型冠状病毒RBD核苷酸序列、优化方法与应用。属于基因工程技术领域。优化步骤：（1）对野生型新型冠状病毒RBD核苷酸序列进行初步优化；（2）将宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽序列进行优化；（3）将人IgG1‑Fc核苷酸序列进行优化；（4）将步骤（2）优化后的宿主细胞特异性高表达分泌蛋白信号肽核苷酸序列、步骤（1）得到的初步优化新型冠状病毒RBD核苷酸序列、连接子核苷酸序列和步骤（3）优化后的人IgG1‑Fc核苷酸序列依次连接即可。与现有技术相比，本发明的有益效果：产生的克隆表达效率比野生新型冠状病毒RBD序列提高了约12倍，比中国仓鼠密码子偏性优化序列克隆表达效率提高了2倍。
一种新型冠状病毒 rbd 核苷酸序列优化方法应用

[发明专利]用于导频信号传输的方法和装置-CN200580008799.8有效
发明人：庄向阳;凯文·L·鲍姆;维贾伊·南贾;弗雷德里克·W·沃克 -专利权人：摩托罗拉公司（在特拉华州注册的公司）
申请日： 2005-02-22 - 公布日： 2007-03-21 - 主分类号： H04J11/00 文献下载
摘要：导频序列由具有最优化互相关属性的线性调频序列的相异“类”构造。利用线性调频序列用于导频序列导致了具有最优化的或者近似最优化的互相关和自相关属性的导频序列。
用于信号传输方法装置

[发明专利]基于贝叶斯优化的编译器优化选项推荐方法-CN202110260487.7有效
发明人：陈俊洁;许宁馨;陈沛圻 -专利权人：天津大学
申请日： 2021-03-10 - 公布日： 2023-01-06 - 主分类号： G06F8/41 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于贝叶斯优化的编译器优化选项推荐方法，在每次迭代中，依序实现了(1)建立预测模型；(2)选取候选优化序列；(3)根据一个获取函数，在这些候选优化序列中选择最优的序列，然后对该序列进行评估，并用于更新预测模型，最终输出最终的优化序列。本发明比现有的贝叶斯优化方法性能更好，并且能够更加有效地实现编译器优化选项推荐。
基于贝叶斯优化编译器选项推荐方法

[发明专利]神经网络模型的编译方法、优化模型的训练方法和装置-CN202310603567.7在审
发明人：沈碧螺;邓博文;李建军;张骞 -专利权人：北京地平线信息技术有限公司
申请日： 2023-05-25 - 公布日： 2023-08-22 - 主分类号： G06F9/302 文献下载
摘要：本公开实施例公开了一种神经网络模型的编译方法、优化模型的训练方法和装置，其中，方法包括：获取待编译神经网络模型；基于待编译神经网络模型，确定待编译神经网络模型对应的中间指令序列；利用预先训练获得的指令序列优化模型对中间指令序列进行处理，获得中间指令序列对应的目标优化参数；基于目标优化参数，确定中间指令序列对应的优化指令序列；将优化指令序列转换为可执行指令序列，获得待编译神经网络模型对应的神经网络处理器可执行的目标指令序列。
神经网络模型编译方法优化训练装置

[发明专利]一种基于深度学习的磁共振指纹序列参数优化设计方法-CN202211218697.0在审
发明人：胡悦;李鹏 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-06 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G06F30/17 文献下载
摘要：一种基于深度学习的磁共振指纹序列参数优化设计方法，属于磁共振指纹成像领域，用以解决脉冲序列与定量成像精度关联关系不明，以及脉冲序列参数求解复杂的问题。本发明方法的技术要点包括构建脉冲序列与定量成像精度相关联的脉冲序列参数优化模型；基于磁共振脉冲激发物理原理构建脉冲序列参数生成网络；采用与脉冲序列尺度相同的高斯随机序列作为网络的输入；根据所提出的脉冲序列参数优化模型设置迭代收敛条件；将构建的输入序列输入网络，经构建的序列参数生成网络生成优化的脉冲序列参数；按照构建的脉冲序列参数优化模型对网络生成的脉冲序列参数进行评估；根据生成的优化后的序列参数评估结果，判断是否达到了所设置的迭代收敛条件，是则停止迭代并输出生成的脉冲序列参数。本发明可用于磁共振指纹脉冲序列参数的优化设计，能够在不增加其他开销的情况下，大幅提高磁共振指纹成像的参数估计精度。
一种基于深度学习磁共振指纹序列参数优化设计方法

[发明专利]用于拍摄磁共振图像数据的方法-CN201410487538.X有效
发明人： D.格罗茨基;C.普林茨 -专利权人：西门子公司
申请日： 2014-09-22 - 公布日： 2018-12-14 - 主分类号： G01R33/48 文献下载
摘要：为了能够有效地检验优化后的磁共振序列，建议用于拍摄磁共振图像数据的方法，包括以下方法步骤：将检查对象定位在磁共振设备中，并且确定磁共振序列的序列参数；借助所确定的序列参数生成磁共振序列的第一控制命令；优化第一控制命令，来生成优化后的磁共振序列，其中，第一控制命令的优化包括将第一控制命令转换成优化后的控制命令；执行用于检验优化后的磁共振序列的测试，其中，该测试包括比较第一控制命令与优化后的控制命令；以及实行优化后的磁共振序列，来根据测试的结果利用优化后的控制命令来拍摄磁共振图像数据。
用于拍摄磁共振图像数据方法

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