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[发明专利]基因序列优化方法、装置及数据处理终端-CN201910286208.7有效
发明人：符红光;钟秀琴;梁晏宾;许阳;黄磊 -专利权人：电子科技大学
申请日： 2019-04-10 - 公布日： 2020-10-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供一种基因序列优化方法、装置及数据处理终端，通过获取待优化的密码子序列对应的氨基酸序列，并将该氨基酸序列导入至预先建立的优化模型进行优化以得到密码子盒序列。其中，该密码子盒序列中包含的每组密码子盒对应至少一组密码子且对应于同一组密码子盒的密码子包含的密码元素相同。再针对各密码子盒，获得该密码子盒对应的密码子，以及该密码子盒对应的氨基酸所对应的密码子，根据两者对应的密码子获得优化的密码子，利用该优化的密码子对待优化的密码子序列进行优化。如此，通过优化得到密码子盒的方式，简化了优化过程的复杂度，并结合氨基酸及密码子盒对应的密码子以得到优化密码子的方式，提高了优化密码子的准确度。
基因序列优化方法装置数据处理终端

[发明专利]芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统-CN201910580198.8有效
发明人：万晓华;申泽南;张法;张金智;甘志猛 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2019-06-28 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；提取该密码子序列的第二特征值，以该第二特征值绘制特征关系图，以验证该多个物种的进化保守性程度；提取该密码子序列中的高频密码子/密码子对，以该高频密码子/密码子对的关系验证该多个物种的进化保守性相关度；将该密码子序列的密码子RSCU值与植物物种的密码子RSCU值进行聚类，以聚类结果验证该多个物种的所属纲目；获取该密码子序列GC3含量之间的欧式距离，以验证该多个物种的亲缘关系。
芸香物种密码子使用模式分析方法系统

[发明专利]一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法-CN201610838127.X有效
发明人：李阳 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2016-09-21 - 公布日： 2019-04-05 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。
一种基于密码子使用频度基因优化方法

[发明专利]一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质-CN202211384807.0有效
发明人：胡勇;王瀚宇;严志祥 -专利权人：深圳市瑞吉生物科技有限公司;武汉瑞佶生物科技有限公司
申请日： 2022-11-07 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本说明书涉及生物工程技术领域，尤其涉及一种密码子序列优化方法、装置、计算机设备及存储介质。其中密码子序列优化方法包括针对待优化蛋白序列，根据氨基酸与密码子映射表，随机生成多个待优化密码子序列，待优化蛋白序列包括多个氨基酸，待优化密码子序列包括多个密码子；以及利用蒙特卡洛树搜索算法针对多个待优化密码子序列进行处理，确定第一预目标密码子序列。利用本说明书实施例，采用蒙特卡洛树搜索算法，针对待优化蛋白序列生成的多个待优化密码子序列进行处理，得到第一预目标密码子序列，规避了采用遗传算法陷入局部最优的问题。
一种密码子序列优化方法装置计算机设备存储介质

[发明专利]使用ACE-tRNA经由遗传重分配拯救终止密码子的方法-CN201880085141.4在审
发明人： C.阿赫恩;J.D.吕克 -专利权人：衣阿华大学研究基金会
申请日： 2018-11-02 - 公布日： 2020-09-25 - 主分类号： A61K31/7105 文献下载
摘要：在某些实施方案中，本发明提供了修饰的转移RNA（tRNA）及其使用方法，所述修饰的转移RNA包含T臂、D臂、反密码子臂和受体臂，其中所述T臂包含与延伸因子1α蛋白质相互作用的核苷酸。在某些实施方案中，本发明提供了修饰的转移RNA（tRNA），其包含T臂、D臂、反密码子臂和受体臂，（a）其中所述反密码子臂包含三核苷酸反密码子，其中所述反密码子是5'‑UCA‑3'并且识别TGA终止密码子，并且其中所述受体臂与精氨酸、色氨酸或甘氨酸可操作地连接；（b）其中所述反密码子臂包含三核苷酸反密码子，其中所述反密码子是5'‑UUA‑3'并且识别TAA终止密码子，并且其中所述受体臂与谷氨酰胺或谷氨酸可操作地连接；或（c）其中所述反密码子臂包含三核苷酸反密码子，其中所述反密码子是5'‑CUA‑3'并且识别TAG终止密码子，并且其中所述受体臂与色氨酸、谷氨酸或谷氨酰胺可操作地连接。
使用 ace trna 经由遗传分配拯救终止密码子方法

[发明专利]信息处理程序、信息处理方法以及信息处理装置-CN202080102744.8在审
发明人：片冈正弘;松村量;茂栉薰 -专利权人：富士通株式会社
申请日： 2020-07-08 - 公布日： 2023-04-18 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：信息处理装置基于将密码子和代码建立对应的密码子变换表，生成将多个断开基因组数据分别以密码子为单位进行编码的多个断开密码子数据。信息处理装置基于将成为基准的基准基因组数据以密码子为单位进行编码的基准密码子数据、和多个断开密码子数据的每一个断开密码子数据，确定出现在多个断开密码子数据中的代码中的与出现在基准密码子数据中的代码不同的基因变异出现的位置和种类
信息处理程序方法以及装置

[发明专利]一种海藻糖合酶突变体及其制备与应用-CN201510208489.6有效
发明人：吴敬;宿玲恰;张悦 -专利权人：湖南汇升生物科技有限公司
申请日： 2015-04-28 - 公布日： 2018-02-23 - 主分类号： C12N9/90 文献下载
摘要：本发明将Thermobifida fusca YX的海藻糖合酶的海藻糖合酶活性中心附近第271位的Gln密码子变成Met密码子，第220位的Ile密码子变成Val密码子，第228位Val密码子变成Ile密码子，第290位Cys密码子变成Val密码子，第294位Phe密码子变成Tyr密码子，第332位Ile密码子变成Phe密码子，分别得到突变体Q271M、I220V、V228I、C290V、F294Y、
一种海藻糖合酶突变体及其制备应用

[发明专利]一种密码子优化的重组人溶菌酶基因及其应用-CN201810257256.9有效
发明人：成功;昝林森;王力 -专利权人：西北农林科技大学
申请日： 2018-03-27 - 公布日： 2021-07-13 - 主分类号： C12N15/56 文献下载
摘要：本发明涉及一种密码子优化的重组人溶菌酶基因及其应用，该密码子优化的重组人溶菌酶基因是通过比较牛乳腺优势乳蛋白高频密码子和低频密码子对人溶菌酶密码子进行全局优化(Lyzop)和翻译起始后23位密码子进行优化优化后的密码子显著提高了人溶菌酶mRNA稳定性及在牛乳腺细胞中mRNA表达量。通过蛋白免疫印迹实验证明，密码子优化的重组人溶菌酶基因在牛乳腺细胞中表达量是野生型的2.18倍。同时，将密码子优化的重组人溶菌酶基因与荧光素酶融合表达，通过分析荧光素酶表达量，实现密码子优化效果的快速、准确评价，为今后开展基因密码子优化提供了新的可靠评价方法。
一种密码子优化重组人溶菌酶基因及其应用

[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202111673482.3在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-15 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202211060298.6在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2022-08-31 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗-CN201810896292.X在审
发明人：方强;薛玉琴;王英;王雪梅;夏惠;陶志勇;李江艳;李柏青 -专利权人：蚌埠医学院
申请日： 2018-08-08 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： C12N15/31 文献下载
摘要：本发明属于含有抗原或抗体的医药配制品技术领域，公开了一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗，密码子优化CFP10基因序列为SEQ ID NO：1；公开一种包含密码子优化CFP10基因的结核DNA疫苗；结核DNA疫苗的制备方法包括优化CFP10密码子；构建密码子优化CFP10表达质粒。本发明对CFP10的编码密码子进行人体密码子偏嗜性改造，改变编码CFP10的编码密码子，使其在人体更高效表达CFP10蛋白，且表达的CFP10蛋白的氨基酸序列不变，从而提升DNA疫苗的免疫效果。
密码子优化基因编码密码蛋白密码子偏嗜性氨基酸序列医药配制品表达质粒高效表达免疫效果密码子抗原构建抗体制备优化改造

[发明专利]基于伊辛机量子退火的密码子优化方法-CN202210115074.4在审
发明人：方波;钱龙 -专利权人：上海图灵智算量子科技有限公司
申请日： 2022-02-02 - 公布日： 2022-05-17 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明涉及到基于伊辛机量子退火的密码子优化方法。首先需要对mRNA上的密码子进行编码。然后再构建用于密码子优化的伊辛哈密顿量。之后需要通过量子退火伊辛机将伊辛哈密顿量演化到其最小值。最后根据量子退火伊辛机的输出结果，得到每个氨基酸对应的密码子。选择最可能的密码子的组合的过程被称之为密码子优化，本申请可以解决密码子优化方面的多项式复杂程度的非确定性问题。
基于伊辛机量子退火密码子优化方法

[发明专利]CTNNB1第三外显子突变检测引物探针及其试剂盒-CN201610608948.4有效
发明人：赵新泰;王明 -专利权人：上海百力格生物技术有限公司
申请日： 2016-07-29 - 公布日： 2021-03-02 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及一种CTNNB1第三外显子突变检测引物探针包括检测引物探针组A、检测引物探针组B和检测引物探针组C；检测引物探针组A包括检测32密码子GACCAC突变、33密码子TCTTGT突变、33密码子TCTGCT突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；检测引物探针组B包括检测34密码子GGAGAA突变、34密码子GGAGTA突变、35密码子ATCAGC突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；检测引物探针组C包括检测37密码子TCTTAT突变、37密码子TCTTTT突变、45密码子TCTCCT突变的上游引物和探针，以及通用下游引物；本发明还涉及一种采用上述引物探针的试剂盒。
ctnnb1 第三外显子突变检测引物探针及其试剂盒

[发明专利]一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法及应用-CN201910715705.4有效
发明人：徐盛春;郑元庭;徐飞;李素娟;邵健丰;王钢军;李琪恺 -专利权人：浙江省农业科学院
申请日： 2019-08-05 - 公布日： 2021-08-17 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于异源基因体外表达的密码子优化方法，该方法包括：获取宿主细胞全基因组的核苷酸序列和全蛋白组的氨基酸序列；以密码子对为统计对象，统计每个密码子对在宿主细胞全基因组中的权重；选定待优化蛋白，构建一个以密码子为节点、上下游密码子对间的权重值为线值的单向图模型；根据单向图模型，得到优化后基因的核苷酸序列。本发明利用宿主细胞的全基因组和全蛋白组作为序列库，以密码子对为统计对象，通过构建以密码子为节点、上下游密码子对间的权重值为线值的单向图模型，来获得最优的密码子组合顺序，得到具有最优化核苷酸序列的优化基因
一种用于基因体外表达密码子优化方法应用

[发明专利]设计、合成的符合大豆密码子用法的高甲硫氨酸蛋白基因-CN200410043869.0无效
发明人：朱延明;柏锡;李杰;侯爱菊;吴迪 -专利权人：东北农业大学
申请日： 2004-09-15 - 公布日： 2006-03-22 - 主分类号： C12N15/62 文献下载
摘要：本发明提供的是一种设计、合成的符合大豆密码子用法的高甲硫氨酸蛋白基因。它是依据大豆密码子用法和高表达优越密码子分析结果，在保留富含甲硫氨酸玉米醇溶蛋白基因编码氨基酸序列不变的情况下，使用大豆的高表达优越密码子和偏爱密码子替换富含甲硫氨酸玉米醇溶蛋白基因密码子，得到具有大豆密码子使用特点的高甲硫氨酸蛋白基因序列其编码的蛋白质中含硫氨基酸含量高达26.4％，其所采用的密码子符合大豆密码子用法。因此，该基因可以在大豆种子中高水平表达，显著提高大豆含硫氨基酸含量。
设计合成符合大豆密码子用法甲硫氨酸蛋白基因

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