本发明提供一种用于检测重组CVA10疫苗外源基因拷贝数的标准质粒及其制法和应用。本发明的标准质粒由内源基因MOX片段SEQ ID No.1、外源基因P1片段SEQ ID No.2和外源基因3CD片段SEQ ID No.3串联于克隆载体中。本发明通过构建标准质粒,采用Taqman探针‑荧光定量PCR法,简便快速、绝对定量、准确地对插入外源基因拷贝数进行分析,从而有效缩短了重组CVA10疫苗外源基因拷贝数测定的检测时间,便于多次重复操作,对基于汉逊酵母平台构建的重组CVA10疫苗外源基因拷贝数测定以及重组CVA10疫苗外源基因遗传稳定性验证具有广阔的应用前景。