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[发明专利]一种与玉米产量相关的单倍型分子标记及其应用-CN201811197778.0在审
发明人：高世斌;罗博文;张啸;马鹏;钟海旭;苏顺宗;吴玲;刘丹;陈圳;冯信;王怡凯;高多江 -专利权人：四川农业大学
申请日： 2018-10-15 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种与玉米产量相关的单倍型分子标记及其应用，该单倍型标记位于玉米的第2条染色体基因GRMZM2G039588上，同时还提供了扩增或检测上述单倍型标记的引物对，可用于提高玉米轴粗、穗粗、穗长、
单倍型分子标记玉米应用磷吸收效率染色体基因玉米轴可用扩增磷量引物检测

[发明专利]水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用-CN202310555774.X在审
发明人：何振艳;闫慧莉;许文秀 -专利权人：中国科学院植物研究所
申请日： 2023-05-17 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。通过检测水稻TagSNP‑14208267或/和6个SNP的多态性或基因型的物质来鉴定或辅助鉴定水稻镉含量，TagSNP‑14208267的基因型为AA的水稻的镉含量低于基因型为CC的水稻，低镉联合单倍型Multi‑HAP3的水稻籽粒镉含量显著低于Multi‑HAP1和Multi‑HAP2，说明TagSNP‑14208267和联合单倍型Multi‑HAP3可以用于水稻籽粒镉积累的早期预测和筛选，用于水稻育种及低镉水稻的选育
水稻籽粒含量相关基因 lcd7 联合单倍型分子标记及其应用

[发明专利]用于检测单核苷酸变异和插入缺失的方法、设备和介质-CN202210392841.6有效
发明人：杨旗;张钰 -专利权人：北京贝瑞和康生物技术有限公司
申请日： 2022-04-15 - 公布日： 2022-06-21 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：基于基因组位点的比对序列堆叠计算激活概率，以便将连续的激活概率大于预定概率阈值的基因组位点合并为激活区；获得经延长的激活区内的、符合预定质量条件的读长片段，以便针对局部参考基因组序列和读长片段进行组装，以生成单倍型序列，单倍型序列包括经由半组装单倍型序列修复而成的单倍型序列；将单倍型序列比对到局部参考基因组序列，以基于比对结果识别SNP和INDEL；确定基因型类型，以生成变异特征值；基于变异特征值，经由随机森林模型所构建的预测模型
用于检测核苷酸变异插入缺失方法设备介质

[发明专利]单倍型标记和利用其确定对于治疗的反应的方法-CN200580021392.9无效
发明人： B·科希;B·J·达因;M·K·阿南特;詹萍 -专利权人：杰耐萨斯药品公司
申请日： 2005-05-04 - 公布日： 2007-07-11 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种通过测定在单倍型标记内的一种或多种多态性位点上核苷酸的存在来诊断或预测对于治疗的反应的方法，所述治疗如Alefacept。本发明鉴定了与对于Alefacept的反应相关联的多种单倍型。本发明鉴定的单倍型标记和本发明的方法能够对于诊断或预测对皮肤疾病，如牛皮癣的易感性特别有用。
单倍型标记利用确定对于治疗反应方法

[发明专利]一种基于单倍型取样预测大豆农艺性状表型的全基因选择方法及其应用-CN201610349022.8在审
发明人：邱丽娟;马岩松;郭勇 -专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2016-05-24 - 公布日： 2017-12-01 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于单倍型取样预测大豆农艺性状表型的方法及其应用。本发明首先提供了一种建立预测大豆的农艺性状的模型的方法，包括如下步骤用单倍型取样原则代替全基因组SNP取样原则，并根据单倍型取样原则得到的SNP标记群体建立预测大豆的农艺性状的模型。本发明创建了基于大豆品种单倍型分析的标记取样策略，能够提高大豆不同农艺性状的全基因组选择预测准确度，对于大豆育种具有重大价值。
一种基于单倍型取样预测大豆农艺性状表型基因选择方法及其应用

[发明专利]利用三种单倍型检测水稻抽穗期性状的方法-CN202110359893.9有效
发明人：周文彬;魏少博;李霞 -专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2021-04-02 - 公布日： 2022-04-08 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了利用三种单倍型检测水稻抽穗期性状的方法。本发明公开的检测水稻抽穗期性状的方法通过检测水稻的三种单倍型Hap.1、Hap.2和Hap.3进行，三种单倍型涉及的10个SNP分别为水稻参考基因组版本号Os‑Nipponbare‑Reference‑IRGSPIRGSP‑1.0)的物理位置1433007，1433155，1433229，1433365，1433528，1433919，1434216，1434258，1434486，1434806的核苷酸，本发明发现单倍型
利用三种单倍型检测水稻抽穗期性状方法

[发明专利]一种利用线粒体DNA单倍型类群M9分析糖尿病视网膜病变风险的方法与应用-CN202110699876.X在审
发明人：周太成;周园媛;杨莹 -专利权人：云南省第二人民医院
申请日： 2021-06-23 - 公布日： 2021-09-10 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用线粒体DNA单倍型类群M9分析糖尿病视网膜病变风险的方法与应用，包括以下步骤：1）外周血采集和外周血DNA提取；（2）线粒体DNA控制区测序；（3）鉴定线粒体单倍型类群判断该受试者发生糖尿病视网膜病变的风险应用为利用线粒体DNA单倍型类群M9分析糖尿病视网膜病变风险的方法在判定、鉴别和筛选糖尿病患者发生糖尿病视网膜病变风险中的应用。本发明的研究证明线粒体DNA单倍型类群背景为M9的2型糖尿病患者发生糖尿病视网膜病变的风险显著低于非M9背景的患者。因此，鉴定2型糖尿病患者的线粒体单倍型类群可以判断该受试者发生糖尿病视网膜病变的风险，从而采取预防糖尿病视网膜病变的方案或者为临床治疗方案的制定提供诊断基础。
一种利用线粒体 dna 单倍型类群 m9 分析糖尿病视网膜病变风险方法应用

[发明专利]群体单倍型可视化分析方法及系统-CN202210706798.6在审
发明人：奉聪;宋波;程时锋 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所;中国农业科学院深圳农业基因组研究所
申请日： 2022-06-21 - 公布日： 2022-08-12 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供一种群体单倍型可视化分析方法及系统，该分析方法包括：利用Excel文档显示聚类树、样本信息以及每个样本的每个多态性位点的基因型矩阵，并采用不同颜色显示每个窗口标准化深度。可视化分析系统，包括：输入模块，用于将待分析的群体单倍型文件输入，所述群体单倍型文件包括：变异位点文件、比对文件、样本信息数据；分析模块，用于获取聚类树和计算标准化测序深度；可视化模块，根据分析模块提供的聚类树和标准化测序深度，通过Excel表格绘制并显示聚类树、基因型矩阵、标准化测序深度热图，并显示样本信息和变异注释信息。本发明利用excel表格实现了群体单倍型的交互和可视化，实现了对特定基因组区域进行单倍型分析和可视化的完整性，便于研究人员后续的分析研究。
群体单倍型可视化分析方法系统

[发明专利]玉米籽粒大小及氨基酸含量调控基因ZmCRK3、及其编码蛋白、SNP位点、功能标记与应用-CN202310512354.3在审
发明人：付志远;汤继华;孙粲然;宋琨洋;周清倩;王洪秋;冯一俭;张慧;刘洋 -专利权人：河南农业大学
申请日： 2023-05-09 - 公布日： 2023-08-15 - 主分类号： C12N15/55 文献下载
摘要：本申请公开了一种玉米大小及氨基酸含量调控基因ZmCRK3、其编码蛋白、SNP位点、其功能标记与应用，旨在为玉米产量和品质的提高提供优异单倍型和具有优异单倍型的种质资源本申请基于ZmCRK3基因的籽粒突变体，通过基因型鉴定和连锁分析确定其与籽粒突变表型共分离，ZmCRK3突变影响玉米籽粒大小和氨基酸含量，并提供了检测其突变基因型的引物、扩增体系和PCR反应程序；通过关联分析挖掘到影响籽粒大小和氨基酸含量的SNP，通过单倍型分析明确了ZmCRK3的优异单倍型，并鉴定出具有ZmCRK3优异单倍型的种质资源；利用本申请公开所述基因及分子标记可方便玉米的高产和品质育种材料创制
玉米籽粒大小氨基酸含量调控基因 zmcrk3 及其编码蛋白 snp 功能标记应用

[发明专利]蛋鸡NCS1基因中与后期产蛋性状相关的分子标记及其应用-CN202110285978.7在审
发明人：吴艳;皮劲松;李先强;程诗彬;肖红卫;潘爱銮;张昊;黄涛;申杰;孙静;杜金平;梁振华 -专利权人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
申请日： 2021-03-17 - 公布日： 2021-05-28 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：所述分子标记位于NCS1基因的部分编码区，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，共包括3个SNP位点，即第171bp、482bp和567bp处分别存在C/T、C/G和A/G三个等位基因突变位点，由其组成的单倍型组合可以作为蛋鸡后期产蛋性状相关的单倍型分子标记，其中单倍型组合H1H3：CCG/CGG的个体的60周龄产蛋数显著高于其他单倍型组合，通过对该单倍型组合的选取，有助于提高蛋鸡整体的后期产蛋数，即本发明为蛋鸡后期产蛋性状的标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记
蛋鸡 ncs1 基因后期性状相关分子标记及其应用

[发明专利]CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记与应用-CN202010154603.2有效
发明人：吴艳;皮劲松;肖红卫;张昊;沈涛涛;潘爱銮;黄涛;程诗彬;申杰;孙静;梁振华;杜金平;蒲跃进 -专利权人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
申请日： 2020-03-08 - 公布日： 2021-02-02 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明提供了CDH17基因中与鸡蛋蛋壳品质性状相关的单倍型标记及其应用，所述的单倍型标记位于鸡CDH17基因的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，所述单倍型标记包括本发明首次发掘了鸡CDH17基因中与蛋壳品质性状相关的单倍型标记，为蛋壳品质性状的标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记。
cdh17 基因鸡蛋蛋壳品质性状相关单倍型标记应用

[发明专利]利用梨花粉单细胞进行基因组单倍型组装的方法-CN201810483192.4有效
发明人：张绍铃;施冬青;吴俊;唐海宝;吴巨友;谷超;殷豪;钱铭 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2018-05-18 - 公布日： 2022-07-19 - 主分类号： C12Q1/6881 文献下载
摘要：本发明公开了利用梨花粉单细胞进行基因组单倍型组装的方法，利用体外花粉生长的特性结合酶法去除细胞壁制备单个无细胞壁的花粉原生质体，利用动物单细胞扩增技术对单倍型的单个花粉细胞进行全基因组扩增并测序。利用测序所获得的单倍型花粉基因组信息，采用‘12位二进制码’对38,304条人工染色体进行编号的方式建立每条人工染色体与‘砀山酥梨’两个亲本之间的联系。最后结合大部分BAC在锚定参考基因组中的定位情况，分别对砀山酥梨34条单倍型的染色体进行了独立的单倍型组装。
利用梨花单细胞进行基因组单倍型组装方法

[发明专利]利用单倍切割确定单倍型的方法-CN200980141955.6在审
发明人：宋清;马丽;肖燕 -专利权人：莫尔豪斯医学院
申请日： 2009-06-18 - 公布日： 2011-09-28 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：公开了对个体进行分子单倍型分型的方法。所述方法包括：在个体多个裂解的二倍体细胞的每一个细胞中随机选择一组染色体；将从所述多个细胞选择的染色体收集进多个样品管中，其中每个样品管含有选自一个或多个细胞的染色体；对每个样品管中的基因组DNA进行基因型分型；以及基于来自基因型分型数据的等位基因核苷酸序列信息和相应的核苷酸信号强度来确定等位基因的单倍型。还公开了使用单细胞裂解物或单细胞显微切割进行分子单倍型分型的其他方法。
利用切割确定单倍型方法

[发明专利]确定多胎妊娠的胎儿基因组-CN201480012432.2有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2014-03-17 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：提供了在有多个胎儿的妊娠期内确定母系和父系单倍型的遗传的技术。可在母体为杂合子并且父系遗传性等位基因已知(例如，父体为纯合子)的基因座处确定母系遗传。可使用两种类型的基因座，其中一种类型具有在第一母系单倍型上出现的父系等位基因，而另一种类型具有在第二母系单倍型上出现的父系等位基因。可由父体为杂合子而母体为纯合子的基因座确定父系遗传。量的比较(例如，使用每个等位基因的百分比浓度和阈值)可用于确定单倍型的遗传情况。单倍型可与目标病状相关联。
确定妊娠胎儿基因组

[发明专利]基于链式搜索算法的母系MT单倍群鉴定方法、装置及设备-CN202110024674.5在审
发明人：马玉昆;黎松;贾寒;李峰峰;温颜华;李根;吕丽 -专利权人：北京果壳生物科技有限公司
申请日： 2021-01-08 - 公布日： 2021-04-20 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于链式搜索算法的母系MT单倍群鉴定方法、装置及设备，属于线粒体单倍群鉴定技术领域，通过将目标数据库的母系单倍群数据解析为易读且易处理的txt格式；将样本ASA芯片检测结果转换成forward链、计算检出率和性别；提取每个样本检测结果的突变位点信息，并根据突变位点信息及命名规则，对基因型信息进行命名并进行格式转换，获取目标格式的基因型信息；计算每个样本的所有检测到MT单倍群的初始得分；统计单个样本利用全局链式搜索法给所有候选MT单倍群的最终得分；将全局链式搜索法鉴定的单倍群与Haplogrep2软件进行比较评估方法的鲁棒性。本发明能对被检样本不同IlluminaSNP芯片数据进行母系MT单倍群鉴定，成本低、准确性高、操作方便、适用广。
基于链式搜索算法母系 mt 单倍群鉴定方法装置设备