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[发明专利]一种基于启发式宽度优先搜索肿瘤相关基因的方法-CN201310019941.5无效
发明人：黄上峰;王树林;李雪玲;赵俊;邱萍;王耀雄;葛运建;双丰;朱旻 -专利权人：中国科学院合肥物质科学研究院
申请日： 2013-01-18 - 公布日： 2013-07-03 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于启发式宽度优先搜索肿瘤基因的方法，采用在选出的基因子集中的出现频数来度量基因，排在前面的基因被认为是最重要的肿瘤相关基因，并由此设计分类器，及建立基于HBSA的基因排序方法。研究表明信息基因选择在改善分类性能方面起着重要作用，因此发现具有最高分类性能的最小基因子集是一个非常重要的研究目标，因为这些基因有可能作为重要的肿瘤临床诊断标志。实验结果表明本发明不仅能够获得很好的泛化性能而且能够发现重要的肿瘤基因。且选出的基因的出现频数关于基因的数量符合幂率分布。这些分类准确率非常高的基因子集中的基因与特定的肿瘤亚型之间存在密切的联系，甚至这些基因就是与肿瘤直接相关的重要基因。
一种基于启发式宽度优先搜索肿瘤相关基因方法

[发明专利]一种癌症驱动基因识别方法、系统、存储介质及设备-CN202211462574.1有效
发明人：柳军涛;刘洋洋 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-11-18 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明涉及驱动基因识别技术领域，提供了一种癌症驱动基因识别方法、系统、存储介质及设备，包括：构建体细胞突变矩阵，并计算每个基因的突变分数，结合PPI网络，得到重要基因集合；生成重要基因的标准化差异表达矩阵，并计算每个重要基因的差异表达分数；构建基因差异表达网络；将在基因差异表达网络和PPI网络中均存在连边的成对基因挑选出来，并将与成对基因中的至少一个基因存在连边的基因，作为成对基因的邻居；基于成对基因及其邻居的突变分数和差异表达分数，计算成对基因的得分；对成对基因的得分进行拆分，得到每个重要基因是癌症驱动基因的得分。解决了目前驱动基因识别算法对于PPI网络信息利用的不充分的缺点。
一种癌症驱动基因识别方法系统存储介质设备

[发明专利]一种基于XGBoost特征选择与深度学习结合的基因到表型预测方法和系统-CN202310359159.1在审
发明人：吴翠玲;章依依;王军;徐晓刚;冯献忠;冷建田 -专利权人：之江实验室;中国科学院东北地理与农业生态研究所
申请日： 2023-03-31 - 公布日： 2023-08-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：基于XGBoost特征选择与深度学习结合的大豆基因到表型预测方法，首先基于XGBoost方法进行特征选择挑选基因位点，根据XGBoost获得每个基因位点的重要性量度，根据重要性量度排序将重要的基因位点挑选出来，然后将挑选的基因位点进行自监督重构训练得到重构网络参数，最后对挑选的基因位点onehot编码，并利用重要性量度值对编码加权重，将加权重后的编码输入到修改后的重构网络中实现大豆基因到表型的预测。本发明利用XGBoost进行重要基因位点筛选，过滤掉大量冗余的基因位点，并利用生成网络学习基因位点的分布，对基因位点重构，重构网络的参数作为预训练参数指导基因预测表型的训练，提高表型预测的效率和效果。
一种基于 xgboost 特征选择深度学习结合基因表型预测方法系统

[发明专利]基于MK-test的群体基因组潜在重要基因筛选的方法-CN201811317063.4有效
发明人：章成君;金桂花;石勇;胡彦婷;李玲 -专利权人：中国科学院昆明植物研究所海盐工程技术中心
申请日： 2018-11-07 - 公布日： 2022-06-28 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明提供基于MK‑test的群体基因组潜在重要基因筛选的方法，属于基因筛选技术领域，包括：1)构建基因相互作用网络；2)采用处理模块获取和/或按需输入基因参数；3)将所述的基因参数通过规范公式运算后输出物种间和/或物种内变异率，筛选出群体基因组潜在重要基因；4)将所述的潜在重要基因进行功能性分析；其中处理模块包括至少两基因芯片，与基因芯片连接的计算机。本发明可大批量同时对物种间或物种内存在的差异性分析，运算后可以有效地分析非表达段比例和/或表达段比例随基因的变化而改变的趋势，为群体基因组潜在重要基因筛选提供一条有效的途径。
基于 mk test 群体基因组潜在重要基因筛选方法

[发明专利]一种高山离子芥水通道蛋白基因启动子及其克隆方法-CN201410566853.1在审
发明人：李鸣;高天鹏;张勇;晋玲;刘光琇;安黎哲 -专利权人：李鸣
申请日： 2014-10-22 - 公布日： 2015-02-04 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明涉及一种高山离子芥水通道蛋白基因启动子及其克隆方法，启动子是基因表达调控的重要顺式元件,也是基因工程表达载体的一个重要元件。因此，本发明所述高山离子芥水通道蛋白基因启动子克隆方法对离子芥水通道蛋白基因的表达调控具有重要作用。
一种高山离子通道蛋白基因启动子及其克隆方法

[发明专利]一种基于噪声利用的基因重要性评价方法-CN202210476942.1在审
发明人：高福根;李钧涛;梁聪;王小玉;吴英迪;梁柯;曹福珍;张红梅;崔鲁宾;丁莹 -专利权人：李钧涛
申请日： 2022-05-02 - 公布日： 2022-08-16 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于噪声利用的基因重要性评价方法，主要用来解决生物工程中相关基因数据的噪声处理和生物基因的重要性评价。该方法首先对实验数据进行基因差异分析，筛选出差异表达的基因数据；然后利用鲁棒主成分分析将其分解为低秩干净矩阵和稀疏噪声矩阵；接着根据加权基因共表达网络分析的识别模块对基因分群，并将低秩干净矩阵和稀疏噪声矩阵分块；最后分别在低秩干净矩阵和稀疏噪声矩阵上评估基因有效性与可靠性，完成基因的鲁棒重要性评价。本发明将实验数据中的噪声充分利用起来，构建的基因评价准则具有一定的鲁棒性，且易于操作。此方法可应用于生物基因的重要性评价，对于癌症的预测，新药的筛选具有重要应用价值。
一种基于噪声利用基因重要性评价方法

[发明专利]一种面向大规模基因调控网络的智能推断方法-CN202110762918.X在审
发明人：马宝山;吴一铭;宓东;宁乔;张萌 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2021-07-06 - 公布日： 2021-10-15 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种面向大规模基因调控网络的智能推断方法，其包括在基因表达数据点分布的两维空间中，使用网格划分数据空间，使落在格子中的数据点的频率作为联合概率分布函数的估计，并确定基因x和基因y表达值之间的互信息；在不同大小的网格中计算互信息获得最大互信息系数，并得到靶基因的关键调控基因集；利用关键调控基因重要性融合算法计算调控基因对靶基因的重要性，得到重要性矩阵；在重要性矩阵中保留控制强度超过设定阈值的调控关系，控制强度超过设定阈值的调控关系构成基因调控网络。本方法针对大规模基因调控网络中关键调控基因的稀疏性，排除冗余基因表达信息，有效提高了计算效率，可以提高推断调控关系的准确度。
一种面向大规模基因调控网络智能推断方法

[发明专利]用于癌症个体化诊断治疗的重要基因富集方法-CN201410134093.7有效
发明人：阎海;焦宇辰;王晓月;王思振;熊梓锴 -专利权人：北京泛生子生物科技有限公司
申请日： 2014-04-04 - 公布日： 2014-10-22 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于癌症个体化诊断治疗的重要基因富集方法，建立中国患者常见癌症基因的组合，并根据中国患者基因突变的特性设计富集方案，达到高效靶向富集重要癌基因的目的，将2万多个基因的测序通量降低到不到200个基因，大大降低测序成本。同时，本方法加入了“基因转位”等特殊突变的富集方案，可以检测到外显子检测难以发现但对诊断治疗有重要意义的突变。
用于癌症个体化诊断治疗重要基因富集方法

[发明专利]一种基因组变量综合筛选方法-CN202010532686.4有效
发明人：林晓惠;亓彦鹏;李超 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2020-06-12 - 公布日： 2022-10-18 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种基因组变量综合筛选方法，属于基因组数据分析技术领域。该方法采用非重叠度衡量基因自身的区分能力，通过基因与基因之间的相关性得到基因的影响力，考虑基因所在的社团的重要性。综合多项指标评价基因的重要性并以此筛选基因集进行后续基因标志物的研究。
一种基因组变量综合筛选方法

[发明专利]一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统-CN201910409758.3有效
发明人：刘婉婷;张弓;何庆瑜 -专利权人：暨南大学
申请日： 2019-05-17 - 公布日： 2021-03-19 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于整合分析的生物标志物选择方法及系统，该方法包括下述步骤：选取原始测序数据；原始测序数据采用FANSe算法，进行mapping分析，得到基因定量信息，设定基因原始分组；采用GWGS算法计算基因在原始分组中的重要性排序，再采用GWRS算法将每组基因的重要性整合，得到整合后的基因重要性排列列表，将基因按照重要性从高到低排序；采用基于SVM的Wrapper Feature Selection模型进行数据挖掘，区分数据样本类型，从重要性高的基因中筛选出生物标志物。
一种基于整合分析生物标志选择方法系统

[发明专利]基于自适应基因交互正则化弹性网络模型的基因选择方法及系统-CN202110959928.2有效
发明人：王雅娣;朱海红;刘荣;王芳 -专利权人：河南大学
申请日： 2021-08-20 - 公布日： 2022-07-05 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明公开一种基于自适应基因交互正则化弹性网络模型的基因选择方法及系统，该方法包括：基于Wilcoxon秩和检验评估每个测量的基因的重要程度；对每个测量的基因的重要程度进行量化，并添加自适应惩罚权重，进而删除噪声基因，得到特征基因；将惩罚权重引入最小二乘损失函数中，构建自适应弹性网络模型；构建基因交互网络的邻接矩阵；基于邻接矩阵构建基因交互网络惩罚；将自适应弹性网络模型和基因交互网络惩罚相结合，构建自适应基因交互正则化弹性网络模型；基于梯度下降算法求解出该正则化弹性网络模型的最优解，基于最优解选择基因。本发明可以自适应地选择与肿瘤的产生高度相关的重要基因，并去除冗余、不相关的基因和噪声基因。
基于自适应基因交互正则弹性网络模型选择方法系统

[发明专利]非核心型耐药基因在肺炎克雷伯菌药敏预测中的应用-CN202210443132.6在审
发明人：韩朋;饶冠华;高建鹏;陈方媛;蒋智 -专利权人：天津金匙医学科技有限公司
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于机器学习技术筛选细菌耐药表型相关重要特征基因的方法，该方法针对细菌抗生素耐药表型，基于BGWAS思想搜集公共平台上目标细菌基因组或者现行收集测序组装后得到的大样本量菌株基因组数据及其对应的抗生素药物药敏测试结果，使用机器学习方法进行基因型与耐药表型两者间关联分析，以筛选出与耐药表型相关的重要特征基因(非核心耐药基因)，同时得到重要特征基因的权重系数，最后使用ROC分析确定各药物相关耐药基因可靠性。
核心耐药基因肺炎克雷伯菌药敏预测中的应用

[发明专利]基于机器学习筛选细菌耐药表型相关重要特征基因的方法-CN202111400540.5有效
发明人：韩朋;饶冠华;高建鹏;陈方媛;蒋智 -专利权人：天津金匙医学科技有限公司
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2022-06-17 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请涉及一种基于机器学习技术筛选细菌耐药表型相关重要特征基因的方法，该方法针对细菌抗生素耐药表型，基于BGWAS思想搜集公共平台上目标细菌基因组或者现行收集测序组装后得到的大样本量菌株基因组数据及其对应的抗生素药物药敏测试结果，使用机器学习方法进行基因型与耐药表型两者间关联分析，以筛选出与耐药表型相关的重要特征基因(非核心耐药基因)，同时得到重要特征基因的权重系数，最后使用ROC分析确定各药物相关耐药基因可靠性。
基于机器学习筛选细菌耐药表型相关重要特征基因方法

[发明专利]一种SsGolS2基因在提高植物抗旱性中的应用-CN202210428606.X有效
发明人：王凯;韩苗苗;张会 -专利权人：南通大学
申请日： 2022-04-22 - 公布日： 2023-07-14 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种SsGolS2基因在提高植物抗旱性中的应用，SsGolS2基因为割手密的SsGolS2基因，SsGolS2基因cDNA序列如SEQID NO.1所示；SsGolS2基因所编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示；SsGolS2基因在植物中高表达的方法是将含有SsGolS2基因的重组表达载体导入植物中。本发明证明割手密SES208中SsGolS2基因对提高植物抗旱能力有重要作用，SsGolS2基因可作为提高植物抗旱的重要基因资源，对于作物抗旱育种应用有重要意义和应用潜力。
一种 ssgols2 基因提高植物抗旱性中的应用

[发明专利]基于模糊测度的基因重要度追踪方法-CN201410361374.6在审
发明人：王金凤 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2014-07-25 - 公布日： 2014-10-08 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于模糊测度的基因重要度追踪方法，将人体的各个基因看作预测特征，通过模糊积分的变形构造线性方程组，采用L1-norm归一化方法求解模糊测度值，获得一组带有少量非零值的解，从而追踪到与之相对应的基因或基因组合对疾病影响的重要度本发明的基于模糊测度的基因重要度追踪方法采用基于L1-norm的方法对基于模糊测度的模糊积分运算的变形进行参数求解，摈除了传统的假设特征独立的前提，认定各个基因以及各个基因之间的组合都有可能对疾病有着一定的影响，而影响的程度由求解得到的模糊测度值来描述，可以快速确定影响疾病发生的重要基因或基因组合。
基于模糊测度基因重要追踪方法

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