本发明公开了一种水稻促分裂原活化蛋白激酶及其编码基因与应用,其目的是提供一种水稻促分裂原活化蛋白激酶及其编码基因与其在培育超高产水稻品种中的应用。该激酶是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质:1)序列表中的SEQ ID №:1;2)将序列表中SEQ ID №:1的氨基酸残基序列经过一至十个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与水稻颖果发育相关的蛋白质应用转基因技术,可通过改造OsMAPK6对颖果形态建成的影响,调节水稻颖果对物质蓄积的活性,最终达到提高超高产潜力水稻产量的目的。本发明在培育超高产水稻新品种中将具有重要的实际应用价值。