本发明涉及影响断奶仔猪的产肠毒素大肠杆菌F41性腹泻病抗性的主效SNP标记及应用,所述主效SNP标记位于猪4号染色体上的ST3GAL1基因上,包括主效SNP标记Ⅰ和/或主效SNP标记Ⅱ;其中,所述主效SNP标记Ⅰ的位点为如SEQ ID NO1所示的DNA序列的第513位,其为T与A的突变。所述主效SNP标记Ⅱ的位点为如SEQ ID NO2所示的DNA序列的第173位,其为A与G的突变。本发明通过现代分子生物学技术检测该两个主效SNP标记,利用标记辅助选择(MAS)选择有利的等位基因型个体留种,可以显著提高种群断奶仔猪的抗产肠毒素大肠杆菌F41性腹泻病的能力,大大减少仔猪死亡率。