[发明专利]来自液体活检的MSI在审

专利信息
申请号: 201880067577.0 申请日: 2018-10-18
公开(公告)号: CN111225985A 公开(公告)日: 2020-06-02
发明(设计)人: 黄旭 申请(专利权)人: 南托米克斯有限责任公司
主分类号: C12Q1/6827 分类号: C12Q1/6827;C12Q1/6886;G16B20/00;G16B30/00
代理公司: 北京柏杉松知识产权代理事务所(普通合伙) 11413 代理人: 王春伟;刘继富
地址: 美国加利*** 国省代码: 暂无信息
权利要求书: 查看更多 说明书: 查看更多
摘要: 呈现了无需肿瘤组织而检测实体瘤中的MSI的方法。在特别优选的方法中,使用来自患者的血液样品从血清中分离ctDNA并且从白细胞中分离核DNA。通常经由一个或多个MSI基因座的扩增,然后将如此获得的DNA用作MSI检测的源材料。在特别优选的方面,无需荧光标记进行对扩增子的尺寸分析。
搜索关键词: 来自 液体 活检 msi
【主权项】:
暂无信息
下载完整专利技术内容需要扣除积分,VIP会员可以免费下载。

该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息,商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于南托米克斯有限责任公司,未经南托米克斯有限责任公司许可,擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作,请联系【客服

本文链接:http://www.vipzhuanli.com/patent/201880067577.0/,转载请声明来源钻瓜专利网。

同类专利
  • 基因多态性检测方法-202180070501.5
  • 川上大辅;猪原匡史 - 株式会社岛津制作所;国立研究开发法人国立循环器病研究中心
  • 2021-10-06 - 2023-07-14 - C12Q1/6827
  • 本发明的主要课题在于,提供迅速且对被检者的侵入性低的ApoE基因多态性的新的检测方法。作为本发明,可列举例如:一种基因多态性检测方法,其用于检测采自被检者的基因组DNA中存在的载脂蛋白E的基因多态性,所述方法包括下述的步骤1~3。步骤1:制作使DNA从唾液游离而成的被检体;步骤2:向包含该DNA的被检体中添加(1)PCR酶、(2)用于扩增载脂蛋白E基因的核酸片段的PCR引物对、以及(3)具有用于检测载脂蛋白E的基因多态性的寡核苷酸的荧光标记探针组并进行混合;和,步骤3:进行PCR,从其PCR产物测定与载脂蛋白E的基因多态性对应的荧光强度。
  • 用于检测样品中的癌症DNA的高灵敏方法-202180067174.8
  • M·佩里;G·马尔西克;R·奥斯博尔纳;N·罗森菲尔德;T·弗休 - 英威达有限公司
  • 2021-08-05 - 2023-06-23 - C12Q1/6827
  • 本文描述了一种用于检测在来自患者的DNA测试样品中的癌症DNA的方法。在一些实施方案中,该方法可以包括:(a)对测试样品的多个等分试样进行测序以对每个等分试样产生对应于两个或更多个靶标区域的序列读段,每个所述靶标区域具有在患者的癌症中存在的序列变异;(b)对于每个等分试样,对于每个靶标区域:i.确定具有序列变异的序列读段的数量;ii.确定序列读段的总数;和iii.将i.和ii.与针对该序列变异的一个或多个错误概率分布模型进行比较,其中所述一个或多个模型从不包含该序列变异的DNA获得;和(c)整合步骤(b)的集合性结果,以确定测试样品中是否存在癌症DNA。
  • 甲基化DNA片段富集方法、组合物及套组-202180050552.1
  • 克雷格·贝茨;戈登·卡恩;郑炳硕;内森·亨克皮勒 - 格里尔公司
  • 2021-06-20 - 2023-05-09 - C12Q1/6827
  • 本文提供一种加工一输入样本的方法,也涉及套组和组合物。在各种情况下,公开涉及提供一种输入样本,包含多个核片段,其中在至少一部分的所述多个核酸片段中的每个片段包含一或多个甲基化胞嘧啶;将所述输入样本的多个核酸片段的未甲基化胞嘧啶转化为多个尿嘧啶,产出多个转化的片段;使用多个核苷酸的一混合物复制所述多个转化的片段,所述混合物包含下列的一混合物:多个结合部分修饰的胞嘧啶和多个缺乏结合部分的胞嘧啶;多个结合部分修饰的鸟嘌呤和多个缺乏结合部分的鸟嘌呤;或者多个结合部分修饰的胞嘧啶、多个缺乏结合部分的胞嘧啶、多个结合部分修饰的鸟嘌呤以及多个缺乏结合部分的鸟嘌呤;其中所述复制产出多个结合部分修饰的片段和多个未修饰的片段的一混合物,所述未修饰的片段可被分离以提供一组富集多个甲基化片段的多个片段。
  • 通过环状cDNA扩增鉴定基因融合的方法-202080092229.6
  • X·B·王;X·F·李 - XBF有限责任公司
  • 2020-11-16 - 2022-12-30 - C12Q1/6827
  • 一个实施方式提供了通过产生cDNA环并通过扩增或测序来分析环状cDNA以鉴定已知和未知基因融合的方法。环状cDNA以两种方法产生:1)将靶RNA逆转录为cDNA,将cDNA的3’末端连接到其5’末端以形成环状cDNA,或2).将靶RNA的3’末端连接到其5’末端以形成环状RNA,将环状RNA逆转录为cDNA,并连接cDNA以形成环状cDNA。使用从野生型靶基因的已知序列设计的引物通过滚环扩增或PCR方法来扩增环状cDNA。通过测序分析扩增和鉴定环状cDNA中已知或未知的融合基因序列。
  • 游离DNA断裂和核酸酶-202080095302.5
  • 卢煜明;赵慧君;韩小澄;倪梦 - 香港中文大学;格里尔有限责任公司
  • 2020-12-18 - 2022-11-04 - C12Q1/6827
  • 本申请提供了用于检测与核酸酶相关联的基因中的遗传病症、用于测定抗凝剂的剂量的功效以及用于监测核酸酶的活性的各种方法、设备和系统。测得的参数值可以与参考值进行比较以确定遗传病症的分类、效率或活性。可以使用片段末端处的特定碱基(例如,在末端基序中)的量、特定大小的片段末端处的特定碱基的量或游离DNA片段的总量(例如,作为浓度)。可以使用抗凝剂处理某些样品,并且不同的温育时间可以用于某些方法。
  • 用于检测残留疾病的方法和系统-202080051437.1
  • G·阿尔莫吉;M·普拉特;O·巴拉德;S·费格勒;F·奥伯斯特拉斯 - 阿尔缇玛基因组学公司
  • 2020-05-15 - 2022-03-01 - C12Q1/6827
  • 本文描述了用于测量疾病(如癌症)水平的方法、设备和系统,例如测量来自个体的与患病组织(如癌症组织)相关的样品中的核酸分子(如无细胞DNA)的分数。还描述了用于测量个体中疾病的存在、复发、进展或消退的方法、设备和系统。某些方法包括使用与个体相关的核酸测序数据,将指示选自个体化疾病相关小核苷酸变异(SNV)基因座组合的所测序基因座衍生自患病组织的比率的信号与指示跨所选基因座的测序假阳性误差率的背景因子或指示跨所选基因座的抽样方差的噪声因子相比较。
  • 通过毛细管电泳(CE)DNA图谱对微卫星进行的比较分析-202080035981.7
  • 卡里姆·塔比提 - 巴奥特生物科技有限公司
  • 2020-05-12 - 2022-01-04 - C12Q1/6827
  • 本发明涉及一种基于毛细管电泳(CE)图谱的偏移(CE图谱偏移)来确定至少一个微卫星不稳定性(MSI)的方法,CE图谱偏移是通过至少一个微卫星的靶序列的毛细管电泳(CE)图谱(MSI靶图谱)和其特定野生型序列的毛细管电泳(CE)图谱(MS野生型图谱)之间的比较确定的。此外,本发明包括用于所述方法的合适的引物、包含成功执行所述方法的所有必要组件的试剂盒、作为系统的完全封闭的装置,即“MSI Modaplex分析系统”和用于诊断与一种炎症、癌症、炎症相关癌症和/或自身免疫疾病相关的MSI表型的方法,其中所述诊断包括用于确定如上所述的至少一种CE图谱偏移的方法。最后,本发明涉及改进的MSI组用于确定和优选诊断MSI肿瘤的用途,所述组由STR生物标志物NR‑21、NR‑24、Mono27、D2S123、D5S346、D17S250、Bat‑25和Bat‑26组成。
  • 用于分析相联系核酸的试剂和方法-201780087136.2
  • 卢卡斯·布朗东·埃德尔曼 - CS遗传学有限公司
  • 2017-12-19 - 2021-11-16 - C12Q1/6827
  • 提供了用于分析循环微粒(即源自血液之微粒)的核酸(例如基因组DNA)的试剂和方法。所述方法包括将循环微粒的至少两个靶核酸片段相联系以产生至少两个相联系靶核酸片段的组。在所述方法中,靶核酸片段可通过例如条码化、分配、连接和/或单独测序的技术相联系。对相联系片段的组的测序提供了对应于来自单个微粒的片段序列的信息上相联系序列读取的组。
  • 多倍体基因分型-202080015416.4
  • S·J·怀特;R·C·J·霍格斯 - 主基因有限公司
  • 2020-02-21 - 2021-10-01 - C12Q1/6827
  • 本发明涉及用于测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率的可靠方法,其中该方法使用UMI以校正任何的扩增偏差。本发明还涉及UMI在用于准确地测定源自至少一个多倍体细胞的核酸样品中目的序列变异体的相对频率中的用途。
  • 基于消除探针的检测染色体数目异常的方法和用于检测染色体数目异常的核酸组合物-201980060332.X
  • 李施锡;金敬卓;梁银珠;朴希卿 - 海阳生物材料有限公司
  • 2019-07-23 - 2021-08-17 - C12Q1/6827
  • 本发明涉及一种用于分析靶染色体数目异常的方法,以及一种用于检测染色体数目异常的组合物,并且更具体地涉及一种如下方法,在所述方法中:通过使用能够扩增对照序列和靶序列二者的引物将位于与染色体数目异常无关的染色体上的所述对照序列和位于与染色体数目异常有关的染色体上的所述靶序列同时扩增;通过使用测定探针和消除探针进行与所述扩增产物的杂交,其中所述测定探针能够与如下序列杂交,所述序列与所述对照或靶序列相差一个或两个碱基,并且所述测定探针包含与所述靶序列或对照序列杂交的序列的整体或其一部分,并且其中所述消除探针比所述测定探针具有更高的对于所述扩增产物的亲和力;以及通过分析所述杂交反应产物的熔解曲线来鉴定染色体数目异常。用于通过使用所述消除探针来根据本发明检测染色体数目异常的所述方法从所述测定以预先确定的比率排除了等效量的所述靶序列和对照序列,并且因此可以以高分辨率分析所述靶序列与所述对照序列的比率,并且本发明的这种优点实现了以高灵敏度和高速度检测以低频率存在的染色体数目异常(例如,母亲血液或羊水中的胎儿染色体)。
  • 识别血液中基因异常的方法及系统-201980071102.3
  • 诺姆·舒姆隆;汤姆·拉比诺维茨 - 拉莫特特拉维夫大学有限公司
  • 2019-09-03 - 2021-06-29 - C12Q1/6827
  • 本发明公开了一种胎儿基因分型的方法,包括接收与一胎儿成对配对的母源性基因组DNA(gDNA)数据、母源性细胞游离DNA(cfDNA)数据以及父源性gDNA数据,所述数据被分析以识别出一第一套的多个位点以及一第二套的多个位点,在所述第一套的多个位点,所述父母的多个不同的等位基因是纯合子的,在所述第二套的多个位点,所述父母中的至少一者具有一突变;对于所述第一套的每个位点,决定所述母原性细胞游离DNA数据的一相应部分是从所述胎儿中获得的一概率,根据所述多个概率将所述第二套的每个位点分类为胎儿或母体,以对所述胎儿进行基因分型。
  • 测量无细胞混合物特性的尺寸标记的优选末端和识别方向的分析-201980029736.2
  • 卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;孙坤 - 香港中文大学;格里尔公司
  • 2019-05-03 - 2021-01-29 - C12Q1/6827
  • 多种应用可以使用与无细胞DNA,例如血浆DNA和血清DNA相关的片段化模式。例如,DNA片段的末端位置可用于多种应用。短和长DNA分子的片段化模式可以与不同的称为尺寸标记的优选末端的优选DNA末端位置相关。在另一个实例中,分析了与组织特异性开放染色质区域有关的片段化模式。可以在来自不同组织类型的无细胞DNA的混合物中确定特定组织类型的比例贡献的分类。另外,可以确定特定组织类型的性质,例如,对于一组织类型,序列失衡是否存在于特定区域中,或者对于该组织类型,病状是否存在。
  • 用于核酸检测和定量的产品和方法-201980037046.1
  • M·莫斯可 - 基纳生物技术有限公司
  • 2019-05-31 - 2021-01-29 - C12Q1/6827
  • 本文提供了使用链终止试剂和具有3'‑5'外切核酸酶活性的酶进行引物延伸反应的产品和方法,从而使未延伸的寡核苷酸被消化而延伸的寡核苷酸不被消化。本文还提供了检测靶核酸物质或多种靶核酸物质的一种或多种变体存在、不存在或量的产品和方法,其包括使用链终止试剂和具有3'‑5'外切核酸酶活性的酶的引物延伸反应,从而使未延伸的寡核苷酸被消化而延伸的寡核苷酸不被消化。
专利分类
×

专利文献下载

说明:

1、专利原文基于中国国家知识产权局专利说明书;

2、支持发明专利 、实用新型专利、外观设计专利(升级中);

3、专利数据每周两次同步更新,支持Adobe PDF格式;

4、内容包括专利技术的结构示意图流程工艺图技术构造图

5、已全新升级为极速版,下载速度显著提升!欢迎使用!

请您登陆后,进行下载,点击【登陆】 【注册】

关于我们 寻求报道 投稿须知 广告合作 版权声明 网站地图 友情链接 企业标识 联系我们

钻瓜专利网在线咨询

400-8765-105周一至周五 9:00-18:00

咨询在线客服咨询在线客服
tel code back_top