本发明公开了水稻重组频率调控相关基因RAD51C和RAD51D的应用。本发明涉及植物基因工程领域,具体涉及水稻重组频率调控相关基因RAD51C和RAD51D的应用。本发明通过调控水稻基因组中重组频率相关蛋白质的编码基因的表达、或者重组频率相关蛋白质的活性或含量来降低水稻重组频率;蛋白质RAD51C的氨基酸序列为SEQ IDNo.3,蛋白质RAD51D的氨基酸序列为SEQ ID No.6。通过CRISPR‑Cas9载体对水稻内源RAD51C或/和RAD51D的基因进行敲除,基因敲除水稻植株的重组频率与对照相比显著降低。本发明对水稻优势品种的选育及种质资源的开发具有重要意义。