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[发明专利]一种单细胞转录组细胞碎片和多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310181167.1在审
发明人：陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录细胞碎片过滤方法介质设备

[发明专利]区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备-CN202310804875.6在审
发明人：葛长利;陈哲名;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-07-03 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞的基因集、方法、介质及设备，涉及生物信息技术领域。根据基因在肿瘤细胞和非肿瘤细胞中的基因表达量的差异，将肿瘤细胞中显著表达的基因进行筛选过滤，得到目标基因集，可以用于区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞；利用目标基因集对待测细胞进行鉴定，得到鉴定分数，群体细胞为与待测细胞属于同一组织的多个细胞，依据群体细胞的鉴定分数获得分界值，若鉴定分数大于分界值则为肿瘤细胞，若鉴定分数不大于分界值则为非肿瘤细胞，可以有效区分肿瘤细胞和非肿瘤细胞。
区分肿瘤细胞基因方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组RNA污染去除方法、介质和设备-CN202310149252.X有效
发明人：陈哲名;陈志锋;方超;韩斐然 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度由小变大的A类拐点和基因表达量变化幅度由大变小的B类拐点；取规定区间内对应基因表达量最大的A类拐点为起点拐点，对应基因表达量最小的B类拐点为终点拐点；将起点拐点到终点拐点之间的所有barcode设为背景barcode；提取背景barcode的表达谱，统计不同基因在背景barcode中的表达比例；将表达比例大于污染阈值GP的基因设定为污染基因；若存在污染基因，则判定单细胞转录组数据存在RNA污染。本发明可以分析单细胞转录组数据中是否存在背景RNA污染，便于提高后续分析的可靠程度。
一种单细胞转录 rna 污染去除方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310464136.7在审
发明人：陈哲名;方超;韩斐然;葛长利 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2023-04-26 - 公布日： 2023-08-01 - 主分类号： G16B35/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法，涉及生物数据处理方法。本发明能够通过生成一定量的人工双源多细胞，并针对设置好的每一邻域，统计每个真实细胞在邻域内的人工双源多细胞比例分布，确定最优邻域，然后在最优邻域下，将人工双源多细胞比例最大的若干个共有细胞认定为双源多细胞，从第一物种和第二物种的第一真实细胞表达谱中删除该双源多细胞，从而提高了多物种单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录组双源多细胞过滤方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组濒死细胞和多细胞过滤方法、介质和设备-CN202310175918.9在审
发明人：陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录濒死细胞过滤方法介质设备

[发明专利]基于PDX的单细胞转录组数据分析方法、系统、设备和介质-CN202310021477.7在审
发明人：葛长利;韩斐然;郎秋蕾 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-01-07 - 公布日： 2023-05-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于PDX的单细胞转录组数据分析方法、系统、设备和介质，属于生物数据处理技术领域。所述分析方法包括：将PDX模型的单细胞转录组测序数据与混合基因组库进行比对，获得细胞‑基因表达谱矩阵；根据人或小鼠基因的比例识别细胞为人细胞、小鼠细胞或双细胞；基于细胞的barcode，从所述单细胞转录组测序数据中提取细胞序列，并与来源物种的参考基因组进行对比，获得相应的细胞‑基因表达谱，可用于进行差异基因分析、功能富集分析等，获得更多的数据，为临床治疗癌症提供技术支持。进一步还可以基于整合基因序列集获得多物种的细胞‑整合基因表达谱，进一步通过细胞聚类分析，可获知人和小鼠细胞的相互作用机制。
基于 pdx 单细胞转录数据分析方法系统设备介质

[发明专利]一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法、介质和设备-CN202211364095.6有效
发明人：陈哲名;陈志锋;方超;韩斐然 -专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-11-02 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组RNA污染鉴定方法、介质和设备，涉及生物数据分析方法。包括以下步骤：根据基因表达量从大到小对barcode进行排序；求得基因表达量变化幅度由小变大的A类拐点和基因表达量变化幅度由大变小的B类拐点；取规定区间内对应基因表达量最大的A类拐点为起点拐点，对应基因表达量最小的B类拐点为终点拐点；将起点拐点到终点拐点之间的所有barcode设为背景barcode；提取背景barcode的表达谱，统计不同基因在背景barcode中的表达比例；将表达比例大于污染阈值GP的基因设定为污染基因；若存在污染基因，则判定单细胞转录组数据存在RNA污染。本发明可以分析单细胞转录组数据中是否存在背景RNA污染，便于提高后续分析的可靠程度。
一种单细胞转录 rna 污染鉴定方法介质设备

[发明专利]一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法、介质和设备-CN202211367300.4有效
发明人：陈哲名;郎秋蕾;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-03 - 公布日： 2023-02-10 - 主分类号： G16B35/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。
一种单细胞转录质量细胞过滤方法介质设备

[发明专利]一种鉴定保守性circRNA的方法、系统、设备和介质-CN202211357634.3在审
发明人：李浩;方超;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-11-01 - 公布日： 2023-01-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种鉴定目标物种保守性circRNA的方法、系统、设备和介质，属于生物信息学技术领域。所述方法包括以下步骤：获得所述目标物种的circRNA序列以及参考物种的circRNA序列；将所述目标物种的circRNA序列以及所述参考物种的circRNA序列按照长度是否小于预设长度阈值N分别构建跨反向剪切点序列；将所述目标物种的circRNA序列以及所述参考物种的circRNA序列进行比对，获得第一比对结果，并将所述目标物种的circRNA序列的跨反向剪切点序列与所述参考物种的circRNA跨反向剪切点序列进行比对，获得第二比对结果，第一比对结果和第二比对结果的交集为保守性circRNA。利用本发明，可以针对一些疾病相关circRNA获得与人源circRNA具有保守性的circRNA，从而为疾病诊断与治疗提供新的可能靶点。
一种鉴定保守 circrna 方法系统设备介质

[发明专利]一种m6A测序的peak功能元件注释的方法、系统、设备和介质-CN202211203515.2在审
发明人：陈丽;梁思源;韩斐然 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-09-29 - 公布日： 2022-12-30 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种m6A测序的peak功能元件注释的方法、系统、设备和介质，属于m6A测序技术领域。所述方法包括以下步骤：获得目标物种的m6A测序结果，并利用call‑peak软件得到peak信息；获得目标物种的基因组，并获得蛋白编码类型的转录本注释信息，包括基因信息、各功能元件的区间位置信息和相对于基因组的正负链信息；将所述peak信息与所述转录本注释信息进行比对，获得每一个peak的功能元件注释结果。本发明提供了更符合m6A研究相关的注释结果，并且提供了更加精准，信息更加全面的注释信息，更利于下游关于m6A RNA甲基化修饰相关作用机制和功能研究的开展。
一种 m6a peak 功能元件注释方法系统设备介质

[发明专利]基于二代测序的高通量微单倍型检测分型系统和方法-CN202210067126.5在审
发明人： 韩斐然 -专利权人：杭州联川基因诊断技术有限公司
申请日： 2021-01-29 - 公布日： 2022-04-29 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代测序的微单倍型检测分型系统和方法，属于生物信息学技术领域。所述系统包括：数据输入模块、数据库存储模块、MHParser分型模块、MHParser样本相似度计算模块，还可包括MHParser多序列比对模块和MHParser样本聚类模块。所述方法包括：获得检测位点列表和样本二代测序比对文件；利用检测位点列表，根据样本二代测序比对文件计算微单倍型位点，得到微单倍型分型结果；计算任意两个样本之间的相似性分值。利用本发明，可以准确获得任意两个样本之间的相似度，简单可靠，进一步，还可通过多序列比对和聚类分析，对样本进行识别，排除样本混淆和污染问题，进一步提高比对的准确性，具有重要的应用价值。
基于二代通量微单倍型检测系统方法

[发明专利]一种基于二代测序的微单倍型检测分型系统和方法-CN202110128303.1有效
发明人：钱刚;韩斐然;戴凡;刘歆;陈云;阎敏 -专利权人：杭州联川基因诊断技术有限公司
申请日： 2021-01-29 - 公布日： 2022-02-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代测序的微单倍型检测分型系统和方法，属于生物信息学技术领域。所述系统包括：数据输入模块、数据库存储模块、MHParser分型模块、MHParser样本相似度计算模块，还可包括MHParser多序列比对模块和MHParser样本聚类模块。所述方法包括：获得检测位点列表和样本二代测序比对文件；利用检测位点列表，根据样本二代测序比对文件计算微单倍型位点，得到微单倍型分型结果；计算任意两个样本之间的相似性分值。利用本发明，可以准确获得任意两个样本之间的相似度，简单可靠，进一步，还可通过多序列比对和聚类分析，对样本进行识别，排除样本混淆和污染问题，进一步提高比对的准确性，具有重要的应用价值。
一种基于二代微单倍型检测系统方法

[外观设计]智能图书馆拾取机器人-CN202030650902.6有效
发明人：郑惠江;王祥;韩斐然;潘越洋;秦昱伦;董权 -专利权人：天津大学
申请日： 2020-10-30 - 公布日： 2021-09-17 - 主分类号： 15-99 文献下载
摘要：1.本外观设计产品的名称：智能图书馆拾取机器人。2.本外观设计产品的用途：本外观设计产品用于图书的拾取和归位。3.本外观设计的设计要点：该产品的形状。4.最能表明设计要点的图片或者照片：立体图。5.请求保护色彩。
智能图书馆拾取机器人

[发明专利]以太阳位置确定用户当地地理方位及用户朝向的方法和装置-CN201410856392.1在审
发明人： 韩斐然 -专利权人： 韩斐然
申请日： 2014-12-26 - 公布日： 2015-04-29 - 主分类号： G01C21/02 文献下载
摘要：本发明公开了以太阳位置确定用户当地地理方位及用户朝向的方法和装置。该方法包括：获取用户的当前位置、时刻和日期；根据所获取用户当前位置、时刻和日期，确定用户当地的太阳地理方位；根据所述用户的当前位置和用户当地的太阳地理方位，在地图上显示用户位置和太阳地理方位，用户通过与实际太阳的方向作比较，从而确定用户当地的地理方位和自身朝向。本发明提供的方法、技术方案及装置，可以方便的在用户软/硬件上实现，可以在不连接网络的情况下使用，因此具有很好的适应性。
太阳位置确定用户当地地理方位朝向方法装置

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