本发明涉及分子生物学技术领域,尤其涉及21个微单倍型位点的复合扩增体系、下一代测序分型试剂盒及分型方法。该复合扩增体系中的21个微单倍型位点来自于21个常染色体,等位基因频率均衡,位点间相互独立,具有多态性、突变率低等优势。该试剂盒中包含如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.53所示的53条PCR扩增单端特异性引物,能够在同一反应体系中检测上述21个微单倍型位点。本发明所提供的复合扩增体系和试剂盒以及分型方法能够解决目前STR分型技术无法获得理想的分型结果、SNP位点数过多位可能出现等位基因丢失的技术问题。