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[发明专利]错配sgRNA选取方法及其在DNA特定位点上CRISPR系统中的应用-CN202310397466.9在审
发明人：郭燕;胡维欣;荣誉;董珊珊;杨铁林 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2023-04-13 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种错配sgRNA选取方法及其在DNA特定位点上CRISPR系统中的应用，涉及基因编辑领域，该方法包括：搭建sgRNA脱靶错配活性预测模型、给定DNA位点上错配sgRNA活性的预测与挑选、挑选出的错配sgRNA脱靶效应预测。本发明通过分析sgRNA‑DNA序列对在不同匹配情况下错配sgRNA活性的改变规律，建立基于深度学习模型的sgRNA错配活性预测模型，并对给定DNA位点上与之结合的错配sgRNA进行活性预测与脱靶效应分析。本发明将与目标DNA位点有错配关系的sgRNA列入备选，扩大了sgRNA设计的可能性，能够有效降低该位点上CRISPR系统的脱靶效应，适用于所有需要CRISPR/Cas9系统降低脱靶效应的情形，例如基因敲除、基因治疗等，可以解决现有sgRNA技术方法的局限性。
错配 sgrna 选取方法及其 dna 定位 crispr 系统中的应用

[发明专利]一种Rnf157基因片段过表达稳转细胞株及其构建方法-CN202310487105.3在审
发明人： 杨铁林;可汗;黄小婷;董珊珊;郭燕;段媛媛 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2023-04-28 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： C12N15/52 文献下载
摘要：本发明公开了一种Rnf157基因片段过表达稳转细胞株及其构建方法，方法包括：S1，构建Rnf157慢病毒过表达质粒；S2，对Rnf157慢病毒过表达质粒进行慢病毒质粒包装，利用Rnf157慢病毒过表达质粒与包装质粒构建Rnf157稳定过表达的细胞株；S3，经过抗性筛选后得到Rnf157基因片段过表达稳定细胞株。本发明在构建过表达载体时采用无缝克隆的方法，构建过程中不受酶切位点的限制，成功率高。本发明在构建过表达载体时在起始密码子前引入Kozak序列，提高了表达效率，在终止密码子前引入核定位信号肽序列，使Rnf157定位在细胞核内，真实模拟了Rnf157在细胞内发挥功能的条件。本发明的细胞株能够稳定表达Rnf157，解决了瞬时转染实验中外源基因过表达维持时间短的缺点。
一种 rnf157 基因片段表达细胞株及其构建方法

[发明专利]脑疾病发病风险预测模型建立方法、系统、设备及存储介质-CN202110292892.7有效
发明人：郭燕;郭婧;俞可;董珊珊;杨铁林 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2021-03-18 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G16H50/50 文献下载
摘要：本发明提供一种脑疾病发病风险预测模型建立方法、系统、设备及存储介质：方法包括根据自定义输入的脑成像衍生表型和脑疾病的全基因组关联研究统计数据文件进行预处理从而保证输入数据协调一致；在孟德尔随机化设计思想的基础上，排除混杂因素、弱工具变量偏倚和异质性的干扰，建立以逆方差加权法计算因果效应的预测模型；将选择的显著因果关系的工具变量作为模型评估的输入，依据敏感性分析评估预测风险的稳健性和可靠性。本发明将基因组和脑成像衍生表型的信息结合起来，通过因果推断进行脑疾病发病风险的预测，从而提高了模型预测的精准性，为后续脑疾病早期干预提供了潜在的靶标。
疾病发病风险预测模型建立方法系统设备存储介质

[发明专利]基于个体通路活性的癌症诊断和预后预测系统、设备及存储介质-CN202110535516.6有效
发明人： 杨铁林;柯欣;董珊珊;郭燕 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2021-05-17 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于个体通路活性的癌症诊断和预后预测系统、设备及存储介质，系统包括：获取数据模块，用于获取待测个体的转录组测序数据；标准化处理模块，用于对待测个体的转录组测序数据进行标准化处理，将标准化后的基因表达值转化为基因排序值，通路活性计算模块，用于根据基因排序值计算通路活性；预测模块，用于根据通路活性数据利用癌症诊断模型和癌症预后预测模型分别进行癌症诊断及预后预测。与已有技术相比，本发明系统不依赖于群体，消除了由癌症样本间异质性和跨平台测序产生的批次效应，更全面稳定的反应个体的物质代谢水平，提高了癌症诊断和预后预测的效率，为后续癌症异质性的研究及个性化医疗的发展提供了参考。
基于个体通路活性癌症诊断预后预测系统设备存储介质

[发明专利]一种人原代成骨细胞分离培养方法及试剂盒-CN202310003730.6在审
发明人：郭燕;陈菲;张琰;杨铁林 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2023-01-03 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： C12N5/077 文献下载
摘要：本发明涉及人原代成骨细胞分离和培养技术领域，尤其涉及一种人原代成骨细胞分离培养方法及试剂盒，其试剂盒包括洗涤液A、洗涤液B、组织消化液A、组织消化液B和成骨细胞培养液，洗涤液A包括PBS、青霉素、链霉素以及庆大霉素；洗涤液B包括RPMI 1640培养基、青霉素、链霉素以及庆大霉素；组织消化液A包括PBS以及胰酶；组织消化液B包括RPMI 1640培养基、胰酶以及胶原酶I；成骨细胞培养液包括αMEM培养基、胎牛血清、青霉素以及链霉素。本发明将外植体培养法和胶原酶消化法相结合，将消化下来的人成骨细胞和人松质骨碎片共同培养，加快了成骨细胞从松质骨中爬出的速度，提高了人原代成骨细胞的分离和培养效率。
一种人原代成骨细胞分离培养方法试剂盒

[发明专利]一种对基因线路和转录调控关系自动化建模的方法-CN202011035802.8有效
发明人： 杨铁林;刘禹佳;刘聪聪;郭燕;董珊珊 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2020-09-27 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种对基因线路和转录调控关系自动化建模的方法：根据一组关键词生成备选数学模型集合，其中每一个模型由不同关键词之间的组合定义；对于生成的模型，利用用户给定的表征数据进行参数估计；在备选数学模型集合中选择具有最小AIC的模型为最优模型；将选择的最优模型以合成生物学规范格式进行输出。本发明简化了数学模型的反复试错和参数估计的步骤，从而将合成生物学家从繁琐的模型细节中解放出来，可以加快基因线路构建的速度，同时加深对转录调控网络的理解，从而有利于复杂疾病的研究。
一种基因线路转录调控关系自动化建模方法

[发明专利]一种利用双层概率模型聚类宏基因组序列的方法-CN202210103106.9在审
发明人： 杨铁林;刘聪聪;郭燕;董珊珊 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2022-01-27 - 公布日： 2022-05-06 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明涉及宏基因组序列聚类技术领域，尤其涉及一种利用双层概率模型聚类宏基因组序列的方法，包括P1，利用第一层概率模型对初始宏基因组中的所有序列进行聚类，获得多个初级聚类；P2，利用第二层概率模型对每一个初级聚类进行再次聚类，获得最终聚类；所述第二层模型包括种子选择模型、k‑mer频率概率模型和覆盖度概率模型。本发明采用的利用双层概率模型聚类宏基因组序列的方法利用两层模型对初始宏基因组中的所有序列进行处理，能够有效利用宏基因组序列不同维度的特征，适用于所有宏基因组测序数据，例如肠道微生物数据、土壤微生物数据和水微生物数据等。
一种利用双层概率模型宏基序列方法

[实用新型]一种光电材料存放装置-CN201922191561.5有效
发明人：黄敬昊;杨铁林 -专利权人：黄敬昊
申请日： 2019-12-09 - 公布日： 2020-10-30 - 主分类号： B65D25/02 文献下载
摘要：本实用新型涉及光电领域，且公开了一种光电材料存放装置，包括主体，所述主体的前表面转动连接有密封门，且主体的内部均匀设置有插柱，所述插柱的外侧设置有安装板，且插柱的内部均匀设置有凹槽，所述凹槽的内部固定有复位弹簧，且复位弹簧的末端设置有卡头，所述安装板的两侧通过合页转动连接有放置板。本实用新型通过设置安装板与插柱相互配合，对安装板进行限位固定，多组安装板连接多组放置板便于存储更多的光电材料，增大空间利用率，同时方便放置板的拿取，进而方便光电材料的拿取使用，通过海绵垫与海绵层相互配合，并在海绵垫的内部开设多组放置孔对光电材料进行存放，避免光电材料相互挤压的现象，从而避免光电材料损坏的现象。
一种光电材料存放装置

[实用新型]一种光电线缆放线装置-CN201922193436.8有效
发明人：黄敬昊;杨铁林 -专利权人：黄敬昊
申请日： 2019-12-09 - 公布日： 2020-10-30 - 主分类号： B65H49/30 文献下载
摘要：本实用新型涉及光电线缆技术领域，且公开了一种光电线缆放线装置，包括底座，所述底座的顶部安装有双轴电机，且双轴电机的输出端连接有第一转轴，所述第一转轴的外侧固定有第一锥形齿轮，所述安装板顶部的一端设置有挡板，且挡板的一端固定连接有轴承座，所述轴承座的内部设置有第二转轴，且第二转轴的一端设置有第二锥形齿轮。该光电线缆放线装置通过设置的双轴电机能够带动第一转轴和第一锥形齿轮进行旋转，在第一锥形齿轮与第二锥形齿轮的相互配合下，第二锥形齿轮带动第二转轴进行旋转，使得第二转轴能够带动收卷架进行旋转，在重力块的作用下，方便对线缆的放线，不仅避免了人工放线拉扯，还有效的节省了时间。
一种光电线缆放线装置

[实用新型]一种光电配电箱用理线装置-CN201922191409.7有效
发明人：黄敬昊;杨铁林 -专利权人：黄敬昊
申请日： 2019-12-09 - 公布日： 2020-09-18 - 主分类号： H02B1/20 文献下载
摘要：本实用新型涉及光电设备领域，且公开了一种光电配电箱用理线装置，包括盒体，所述盒体的内部安装有第一轴承，且第一轴承的内部穿插有转轴，所述转轴的外壁上开设有第一卡槽，且第一卡槽的外壁上固定有卡块，所述第一卡槽的上方开设有第二卡槽，且第二卡槽的内部穿插有隔板，所述隔板的一端底部安装有固定块，所述转轴的顶部安装有齿块，且转轴的底部安装有齿槽，所述转轴的顶部穿插于转盘的内部，且转盘的顶部安装有把手。该光电配电箱用理线装置盒体与隔板采用透明的塑料材质能够更好的观察该设备内部线材的效果，同时该设备的转轴之间的连接通过齿块与齿槽，由此可以做到组合拼装转轴的效果，做到方便更换与维修部件的效果。
一种光电配电箱线装

[发明专利]一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统-CN201810119400.2有效
发明人： 杨铁林;姚石;陈一霄;牛慧敏;董珊珊;郭燕 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2018-02-06 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统：收集并整理与复杂疾病相关细胞系的染色质远程交互作用数据和染色质分割状态数据；利用上述数据建立染色质调控环路；计算调控环路内能影响复杂疾病表型的SNP相互作用。本发明利用染色质远程交互作用等数据建立基于基因相互作用的染色质调控环路，并依据染色质调控环路计算上位性，与现有技术相比，本发明不仅能够大幅度降低计算量，还能减少假阴性结果，从而快速、准确地探索与复杂疾病相关的SNP相互作用，为后续设计药物等提供了潜在靶标。
一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位方法系统

[发明专利]一种基于孟德尔随机化预测复杂疾病及表型相关代谢物的方法-CN202010139836.5在审
发明人： 杨铁林;张堃;郭燕;吴昊;郭婧;丁景苗 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2020-03-03 - 公布日： 2020-06-26 - 主分类号： G16H50/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于孟德尔随机化分析预测复杂疾病及表型相关代谢物的方法，包括以下步骤：(1)血液代谢物全基因组关联研究数据的收集与整理；(2)工具变量的筛选与去多效性；(3)根据筛选的工具变量进行双样本孟德尔随机化分析，综合多种分析方法的效应值与敏感性分析的判定，得到与疾病或表型相关的代谢物。本发明方法通过双样本孟德尔随机化分析，结合多种方法的筛选与判别，预测363个血液代谢物对复杂疾病及表型的影响，为后续针对血液代谢物寻找药物靶点与营养干预奠定了重要基础。
一种基于孟德尔随机化预测复杂疾病表型相关代谢物方法

[发明专利]一种双碱基突变的高活性sgRNA骨架、sgRNA骨架载体及其应用-CN201910511966.4在审
发明人：陈皓;陈欢欢;胡维欣;王卓馨;杨铁林;郭燕 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2019-06-13 - 公布日： 2019-09-17 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了一种双碱基突变的高活性sgRNA骨架、sgRNA骨架载体及其应用，在张峰实验室的sgRNA scaffold载体的基础上通过对该骨架序列两个碱基的改变实现的。PCR获得的高活性骨架片段sgRNA(TTAT)scaffold，通过EcoRI与SpeI位点连入载体pUC19/hU6‑sgRNA backbone中，替换原载体的sgRNA scaffold获得高活性sgRNA骨架载体pU6‑sgRNA(TTAT)scaffold；使用BsaI酶切载体pU6‑sgRNA(TTAT)scaffold，并利用粘性末端连入针对目标基因的sgRNA序列，获得载体pU6‑sgRNA(TTAT)‑target site。能显著提高介导Cas9蛋白的基因组编辑作用，效果明显优于野生sgRNA骨架载体。
骨架载体高活性双碱基突变骨架片段骨架序列酶切载体目标基因粘性末端基因组原载体碱基介导位点替换应用蛋白

[实用新型]一种新型胎盘组织分解锯齿剪刀-CN201821157050.0有效
发明人：曹启龙;周芙玲;杨铁林;郭燕;李海英;王西俊 -专利权人：湖北省银丰鼎诚生物工程有限公司;银丰生物工程集团有限公司
申请日： 2018-07-20 - 公布日： 2019-08-02 - 主分类号： B26B13/00 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种新型胎盘组织分解锯齿剪刀，包括锯齿剪刀本体；所述的锯齿剪刀本体设有把握结构，把握结构连接支撑杆的后端，支撑杆的前端设有刀刃支撑面，刀刃支撑面上设有锯齿剪刀刃。运用锯齿的原理可以增加锯齿剪刀刃对胎盘组织块的咬合力及对胎盘组织的捕捉效果，很好的将组织块剪碎至预期效果，同时可以灭菌重复使用，成本较低。
锯齿剪刀胎盘组织锯齿刀刃支撑剪刀刃支撑杆分解本实用新型结构连接咬合力组织块灭菌剪碎捕捉

[实用新型]一种一次性便捷式胎盘清洗喷头-CN201821157061.9有效
发明人：曹启龙;郭燕;杨铁林;周芙玲;李江陵;蔡艳 -专利权人：湖北省银丰鼎诚生物工程有限公司;银丰生物工程集团有限公司
申请日： 2018-07-20 - 公布日： 2019-05-07 - 主分类号： A61M3/02 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种一次性便捷式胎盘清洗喷头，包括胎盘清洗喷头本体；所述的胎盘清洗喷头本体设有连接管，连接管的一端连接喷淋装置，连接管的另一端设有连接口，连接口处设有密封结构，所述的喷淋装置为喷头，喷头的圆形表面设有喷孔，喷孔包括主喷孔和辅助喷孔。使用简单易操作，一次性的独立包装清洗喷头，防止交叉污染，提高生理盐水清洗效率，降低胎盘采集微生物污染率，进而降低胎盘干细胞制备污染率。
清洗喷头胎盘连接管一次性喷头喷淋装置便捷式污染率喷孔生理盐水清洗本实用新型采集微生物胎盘干细胞独立包装辅助喷孔交叉污染连接口处密封结构一端连接圆形表面连接口主喷孔制备

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