本发明公开了Rae1‑Nup98特异性结合多肽及其应用。具体地公开了氨基酸序列是SEQ ID No.1的特异性结合人源Rae1‑Nup98蛋白的ORF6‑C3Q56E多肽。本发明提供了人源Rae1‑Nup98蛋白克隆及表达的方法,以及ORF6多肽与Rae1‑Nup98共结晶的方法,通过结构生物学方法确定了ORF6多肽与Rae1‑Nup98相互作用的氨基酸位点,从而发现并设计了ORF6‑C3Q56E多肽,其与Rae1‑Nup98的亲和力提升了6倍,在新冠病毒感染后期机体的免疫过激或炎症反应过度的时候可以用于拮抗干扰素信号的传递,调节并减轻机体的症状。