本发明公开了一种水稻叶绿体避光运动调控基因CRD1及其应用,属于分子生物学技术领域。所述水稻叶绿体避光运动调控基因CRD1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。CRD1是水稻叶绿体正常避光反应所必需的,CRD1基因的突变引起叶绿体避光反应的丧失,利用本发明的蛋白和编码基因可以进一步阐释水稻叶绿体运动的分子机制。本发明还提供了所述水稻叶绿体避光运动调控基因CRD1在调控水稻叶绿体避光运动中的应用,如应用于作物遗传改良,对创制高光效育种具有重要意义。