本发明提供一种植物非胚乳表达启动子，所述植物非胚乳表达启动子SAFE S1包含SEQ ID No:1所示的DNA序列或其同源物、衍生物。本发明的启动子能够驱动外源基因表达，却可以使外源基因在胚乳部位不表达，因此，可以保证水稻的食用部分不含有外源基因表达的产物，降低其对人类健康带来的潜在风险，这对消除公众对转基因水稻的疑虑和偏见是非常有利的在应用中，本发明可以与具有改善植物的非胚乳部位性状能力的基因结合使用，将本发明的启动子与性状改善基因相连接导入植物中，并驱动性状改善基因在植物的根、茎、叶或其他部位表达，却并不会影响胚乳的外源基因表达量
本发明公开了一种与水稻籽粒暗胚乳性状相关的SSCP分子标记、基因及其应用；该SSCP分子标记的碱基序列如SEQ ID NO.1所示，SSCP位点位于扩增片段的第91bp处，碱基差异为A/G。本发明对通过暗胚乳水稻材料de6进行图位克隆，并首次公开了一个与水稻暗胚乳相关联的SSCP1分子标记。该分子标记可用于分子标记辅助选择育种，具有检测效率高、准确性高、方便操作和成本较低的优点。
