本发明提供了一种横纹肌肉瘤融合基因相关环状RNA的分子标志物及其应用,所述横纹肌肉瘤PAX3‑FOXO1融合基因相关环状RNA的分子标志物为F‑circP3F,该分子标志物的核苷酸序列如SEQ ID No本发明提供的F‑circP3F对腺泡状横纹肌肉瘤有很高的灵敏度和特异性,可以作为新型的分子标志物应用于横纹肌肉瘤的检测。本方法通过优化引物和RT‑PCR反应体系,能够在腺泡状横纹肌肉瘤细胞和组织内RNA含量低微的情况下成功扩增出F‑circP3F,敏感性和特异性强;F‑circP3F不仅能够应用于横纹肌肉瘤的诊断、分类和预后评估等,而且可能为横纹肌肉瘤的表观遗传调控与分子诊治策略研究提供新途径。