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[发明专利]水稻全基因组假基因数据库构建方法-CN200510050764.2无效
发明人：薛庆中;黄志华;张忠华 -专利权人：浙江大学
申请日： 2005-07-19 - 公布日： 2006-02-15 - 主分类号： C12N15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因序列数据处理方法，特别涉及水稻全基因组假基因数据库构建方法。包括将计算机系统中构建已知水稻全基因组序列的本地数据库；利用BLAST程序对前述数据库进行搜索比对，获取标准BLAST格式的比对结果；使用Bioperl中的SeqIO模块分析比对结果，获取记录假基因和基因特征值数据的信息文件；去除冗余的假基因和基因数据；对假基因的筛选和分类；和以假基因对应的特征值作为数据项标识建立假基因的数据库。利用本发明提供的方法，可以对水稻乃至其他植物的假基因进行全基因组范围的搜索和分析，为研究和探索作物遗传、变异、进化提供分子证据。
水稻基因组基因数据库构建方法

[发明专利]基因测序模型的训练方法和装置、电子设备及存储介质-CN202210860328.5在审
发明人：司世景;王健宗 -专利权人：平安科技（深圳）有限公司
申请日： 2022-07-21 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供了一种基因测序模型的训练方法和装置、电子设备及存储介质，属于人工智能技术领域。该训练方法包括：获取原始训练数据，其中，原始训练数据包括第一基因测序数据和第二基因测序数据；对第一基因测序数据进行增强处理，得到增强训练数据；对增强训练数据进行重构处理，得到第一训练数据；根据第一训练数据和第二基因测序数据对预设的神经网络模型进行训练，得到神经网络模型的模型损失值；根据模型损失值对神经网络模型进行参数优化，得到基因测序模型，基因测序模型用于对待检测的目标基因数据进行检测处理，得到目标基因数据的基因类别。
基因模型训练方法装置电子设备存储介质

[发明专利]基于可变剪接差异的基因分析方法、系统、装置及介质-CN202010008463.8有效
发明人：刘文斌 -专利权人：广州大学
申请日： 2020-01-06 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于可变剪接差异的基因分析方法、系统、装置及介质。该方法通过从样本集中获取基因数据，基于所述基因数据，分别获取单个基因各个异构体在癌症和正常状态下的表达量，然后通过散度对基因每个异构体在癌症和正常状态下的表达差异进行分析，得到基因的散度值，最后对各个基因的散度值进行排序，并输出散度值大于预设散度阈值的基因数据。通过使用本发明中的方法，能够方便高效地分析在可变剪接整体上发生显著变化的紊乱基因，更快速地定位出潜在的癌症相关基因，整个过程简单，计算复杂度低。本发明可广泛应用于生物基因技术领域内。
基于可变剪接差异基因分析方法系统装置介质

[发明专利]一种基于特征向量的高性能基因匹配判别方法及系统-CN202211034348.3在审
发明人：李国良;江熠;谢宇涛;张也;彭德华;刘原驰;陈建邦;唐善雯;章璐;于鑫慧 -专利权人：天津大学四川创新研究院
申请日： 2022-08-26 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于特征向量的高性能基因匹配判别方法及系统，该方法包括如下步骤：S1：CPU多线程基因解析，获得基因数据reads的ID、碱基序列和序列长度，并传回GPU；S2：GPU计算每条基因数据reads将输入向量x送至DNN网络的输入层，进行前向传播，经过若干隐层后得到前向输出y'；S5：计算y'与真实值y之间的误差，并调整DNN网络的各个连接权值；S6：完成DNN模型的训练后，利用训练好的DNN模型识别基因数据reads之间的匹配关系，由此获得每条基因数据reads间的相似性关系。
一种基于特征向量性能基因匹配判别方法系统

[发明专利]鼻咽癌数据库及基于所述数据库的综合诊疗决策方法-CN201810047223.1有效
发明人：陈明远;蔡宏民;刘友平;陈佳洲;邹雄;游瑞 -专利权人：中山大学
申请日： 2018-01-18 - 公布日： 2022-05-24 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：本发明提供了一种鼻咽癌数据库及基于所述数据库的综合诊疗决策方法，所述鼻咽癌数据库包括临床大数据库和基因数据库；所述临床大数据库中记录有由临床文字数字信息形成的第一数据以及根据临床图像信息提取并识别出的第二数据；鼻咽癌数据库中的第一数据、第二数据和/或基因数据都伴随其时间属性；所述第一数据、第二数据和基因数据均为单组学数据，所述鼻咽癌数据库构成能够存储包含第一数据、第二数据和基因数据的多组学数据库；所述鼻咽癌数据库中的数据用于支持诊疗决策服务器进行基于第一模型
鼻咽癌数据库基于综合诊疗决策方法

[发明专利]用于预测预定疾病风险的方法、计算设备和存储介质-CN202110858283.3在审
发明人：邢传华;王湧 -专利权人：邢传华
申请日： 2021-07-28 - 公布日： 2021-11-26 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：该方法包括：生成每个待测样本的多个基因的基因突变数据；获取与每个待测样本相关联的多个非基因数据；经由回归算法，确定用于指示基因突变和非基因数据对每个待测样本的表型的影响的权重函数；针对每个待测样本，基于每个基因上的基因突变、非基因数据和对应权重，计算待测样本的所属对象发生预定疾病的风险分数；以及基于所计算的待测样本的所属对象发生预定疾病的风险分数，确定所属对象在预定时间内发生预定疾病的绝对风险，用以预测待测样本的预定疾病风险
用于预测预定疾病风险方法计算设备存储介质

[发明专利]基于骨干粒子群算法的基因数据特征选择方法及装置-CN202110858994.0在审
发明人：许镇义;潘凯;程凡;康宇;曹洋 -专利权人：合肥综合性国家科学中心人工智能研究院（安徽省人工智能实验室）
申请日： 2021-07-28 - 公布日： 2021-10-29 - 主分类号： G16B35/20 文献下载
摘要：本发明的一种基于骨干粒子群算法的基因数据特征选择方法及装置，基于基因疾病数据集，通过初始化基因疾病数据集种群，并对基因特征通过随机分组算法进行随机初始化分成四组；使用代理实例算法将训练集中部分实例删除，产生代理实例集；针对每组基因特征通过骨干粒子群算法进行Tmax次迭代，在Tmax次迭代中，分为两个阶段，并分别通过代理实例集和原始实例集来评估粒子的函数适应值，第一阶段采用分组算法使得数据进行了降维加快了优化的速度并在全局搜索中找到优化方向，第二阶段利用局部搜索算法使得种群在找到优化方向后找到最优解，最优解即找到效果最好的基因特征并输出。本发明提高了基因数据的分类精度，在多个疾病基因数据集上取得良好效果。
基于骨干粒子算法基因数据特征选择方法装置

[发明专利]一种基于基因综合数据库的基因检测系统-CN202310463133.1在审
发明人：刘晓丽;王泽众;赵小丽;李宗泽;韩利涛;朱元至;赵世航;魏楠;娄延岳;张诚明;李东 -专利权人：河南农业职业学院
申请日： 2023-04-26 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16B45/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于基因综合数据库的基因检测系统，该系统包括基因数据收集模块、数据库建设模块、基因检测分析模块、可视化展示模块、报告生成模块及隐私保护模块。本发明通过对目标用户上传的基因数据进行分析，且根据用户的偏好，给出目标用户个性化的治疗项目，从而可以精准匹配更加适合该用户的治疗方案，提高治疗效果；个性化的推荐可以让客户感受到专为我设计的体验，提高客户满意度和体验；找到最适合一个人的治疗方案能够降低成本和节省时间；通过保护基因检测报告中的隐私数据，从而可以让用户放心使用基因检测服务，不担心隐私风险，是建立用户信任和吸引用户的重要因素，且保护基因数据可以最大限度避免歧视风险
一种基于基因综合数据库检测系统

[发明专利]结核分枝杆菌多线耐药基因鉴定的方法和装置-CN202010382675.2在审
发明人：毛宛司;谢植豪;袁剑颖;李英镇 -专利权人：深圳华大因源医药科技有限公司;华大生物科技（武汉）有限公司;深圳华大基因股份有限公司
申请日： 2020-05-08 - 公布日： 2021-11-09 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：一种结核分枝杆菌多线耐药基因鉴定的方法和装置，该方法包括：获取样本的宏基因组测序得到的全基因组序列或基于靶向扩增测序得到的结核分枝杆菌耐药靶标区域的序列并进行数据质控；将数据质控后的序列比对到结核分枝杆菌基因组上，进行排序并筛选出符合质量要求的比对结果；将比对位置位于结核分枝杆菌耐药基因数据库中的变异位点所在的基因区域的序列进行局部组装并进行变异检测；将变异检测的结果，根据变异位点在基因组上的位置和突变类型，注释到结核分枝杆菌耐药基因数据库上；基于注释结果输出结核分枝杆菌耐药基因数据库中每个药物耐药相关突变位点的检测结果。
结核分枝杆菌耐药基因鉴定方法装置

[发明专利]NGS基因变异检测中同源区域影响的判断方法、系统-CN202211572379.4在审
发明人：代如玉;栗海波;李珉 -专利权人：苏州赛美科基因科技有限公司
申请日： 2022-12-08 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明属于基因检测技术领域，公开了NGS基因变异检测中同源区域影响的判断方法、系统。该方法包括：依据公开数据库获取第一类基因及若干第二类基因；基于本地基因数据库获取与第一类基因及第二类基因相应的原始序列文件，基于本地BAM数据库获取相应的序列比对文件，并组合它们以获得已知NGS基因数据；计算原始序列文件中GC含量、重复单元占比及相似性比值，计算相应序列比对文件中比对质量以构建训练样本；将所述训练样本输入分类模型以得到优化分类模型；自待检测NGS基因数据中提取GC含量、重复单元占比、相似性比值及比对质量输入优化分类模型以判断变异检测是否受影响
ngs 基因变异检测同源区域影响判断方法系统

[发明专利]基因组数据的重新识别的前摄抗性-CN201880077701.1在审
发明人：屈劲;夏伏彪;毛勇;A·R·曼科维赫;R·J·克拉辛斯基 -专利权人：皇家飞利浦有限公司
申请日： 2018-11-30 - 公布日： 2020-07-17 - 主分类号： G16H10/60 文献下载
摘要：一种用于评估与来自调查者的请求相关联的风险的方法(100)，所述请求是针对来自基因数据的数据库(242)的等位基因频率的，所述方法包括：(i)生成(120)等位基因数据库(280)，其包括针对多个等位基因中每个的等位基因频率信息和请求频率信息；(ii)生成(130)调查者数据库(290)，其包括关于多个调查者的等位基因请求信息；(iii)接收(140)来自调查者的针对基因数据的请求，包括针对一个或多个等位基因的等位基因频率的请求和所述调查者的标识符；(iv)基于接收到的请求来更新(150)请求频率信息；(v)更新(160)针对请求调查者的等位基因请求信息；(vi)计算(170)等位基因风险评分；(vii)计算(180)调查者风险评分；并且(viii)基于所述等位基因风险评分和所述调查者风险评分来评估(190)与接收到的请求相关联的风险。
基因组数据重新识别抗性

[发明专利]基于图神经网络的合成致死基因预测方法、装置、终端及介质-CN202210953941.1在审
发明人：郑杰;刘鑫;白芳;虞佳乐;陶思宇;杨贝媛;王诗珂;王林 -专利权人：上海科技大学
申请日： 2022-08-10 - 公布日： 2022-10-25 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请提供基于图神经网络的合成致死基因预测方法、装置、终端及介质，获取多个合成致死基因数据；对多个合成致死基因数据进行预处理；基于预处理后的合成致死基因数据，构建用于预测基因与基因之间是否存在合成致死关系的图神经网络模型本发明提供了基于成对关系学习的图神经网络，其以两个基因之间成对相互作用的表示，从而进行合成致死关系的预测；图神经网络利用注意力机制，通过封闭子图中的加权路径对合成致死机制进行解释。
基于神经网络合成致死基因预测方法装置终端介质

[发明专利]一种基因体检报告自动化生成方法及系统-CN202011333557.9在审
发明人：罗奇斌;申玉林;廖胜光;任毅 -专利权人：天津奇云诺德生物医学有限公司
申请日： 2020-11-25 - 公布日： 2021-02-05 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明涉及基因体检技术领域，且公开了一种基因体检报告自动化生成方法及系统，该系统包括基因数据获取模块、基因数据分析处理模块、基因数据存储模块、基因分型信息及表型数据库模块、表型说明及指导建议数据库模块、基因体检报告内容自定义模块和报告生成模块。本发明从基因层面分析个体各种表型及健康情况，表型涵盖了疾病风险、个体遗传特征、精准用药指导等，出具的报告适用于多种场景，适用性强；基因分型信息及表型数据库和SNP分型频率使用背景数据的人群分布特异性明显
一种基因体检报告自动化生成方法系统

[发明专利]基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质-CN201910979200.9在审
发明人：廖希洋;欧秋雨 -专利权人：平安科技（深圳）有限公司
申请日： 2019-10-15 - 公布日： 2020-03-24 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质。该基因定位方法通过获取待处理基因数据，所述待处理基因数据包括待检全基因组测序数据和待检转录组数据；对所述待检全基因组测序数据进行低频单核苷酸多态性筛选，获取初始基因列表；对所述初始基因列表和所述待检转录组数据进行基因共表达网络分析，获取联动基因列表；将所述初始基因列表和所述联动基因列表，投影到基因调控网络中，获取潜在异常模体；获取标准基因模体，对所述标准基因模体和所述潜在异常模体进行拓扑相似性计算，获取目标异常基因。本发明的基因定位方法可以实现对异常基因进行快速、精准地定位。
基因定位方法装置计算机设备存储介质

[发明专利]用于复杂网络中的全系统动力学的量化的系统-CN201180033710.9无效
发明人： S·C·肖 -专利权人：第一基因股份有限公司
申请日： 2011-07-06 - 公布日： 2013-03-13 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：提供了诊断疾病的装置、方法和系统，利用基因表达读取器分析生物样本并输出基因表达值，以利用计算机通过以下步骤计算比例因数：以阈值C对不同时间的各基因表达值的多个组的链数Cn的数量进行计数，或以阈值C对单个时间的基因表达值的多个组的链数Cn的数量进行计数；计算链数Cn的平均数Cave；计算Cn的最大数M；对于不同的所述阈值C，重复地施加关系式Cave=M/log(M)；将Cave数据值相对于M/log(M)进行比较；以及计算对所比较的数据的拟合以输出比例因数将比例因数a与数据库中的其它比例因数a’进行比较以输出健康程度的评估的报告。
用于复杂网络中的全系统动力学量化系统