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[发明专利]一种分子动力学的快速建模方法与程序库-CN202310295356.1在审
发明人：牟轩慷;李士本 -专利权人：温州大学
申请日： 2023-03-24 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明专利公开了一种分子动力学的快速建模方法，包括分子模型和系统模型建模，所述系统模型由分子模型组成，且系统模型是一组分子模型的集合或是多个子系统合并成的最终体系模型。上述技术方案，使用者仅需掌握几条基础命令，实现快速建模，学习成本低。在大型复杂系统建模时，可以通过多个子系统组合的方式进行超大规模的系统构建。通过对生成的模型文件进行快速的增删改查，实现模型的再利用与快速建模，极大的增强了模型的迁移能力。通过对于模型粒子数、边界位置、原子成键角个数的快速统计，实现了建模后的简易检查。在程序脚本建模的基础上，实现了在建模过程中与可视化软件的快速联动，在建模过程中可以通过可视化观察模型的建立是否符合预期。
一种分子动力学快速建模方法程序库

[发明专利]一种药物分子活性的虚拟筛选系统及其方法-CN201910820955.4在审
发明人：邓代国;陈晓炜;雷曾荣;艾海涛 -专利权人：广州费米子科技有限责任公司
申请日： 2019-09-02 - 公布日： 2019-12-03 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明是一种药物分子活性的虚拟筛选系统，其特征在于，该系统通过机器学习框架进行算法的建模或通过机器学习和虚拟筛选结合进行算法的建模，该系统包括分子活性预测模块和分子活性筛选模块，所述分子活性预测模块和分子活性筛选模块均包括分子训练阶段和分子预测阶段，分子训练阶段通过对已知分子信息的训练生成训练模型，分子预测阶段通过将新的分子的信息输入到训练模型中进行分子活性的预测，通过分子活性筛选模块对分子活性进行筛选确定分子的活性。通过将分子活性预测模块和分子活性筛选模块采用机器学习和虚拟筛选结合的建模方式使分子信息的探索更高效，增加了分子活性预测的准确率。
分子活性筛选模块机器学习预测模块预测分子信息训练阶段训练模型虚拟筛选建模算法建模方式筛选系统信息输入药物分子准确率探索

[发明专利]基于3D的微观化学分子式和大分子蛋白的建模方法和系统-CN202110297194.6在审
发明人：刘德建;丁忻浩;林凯;滕用超;沈志雄;黄锦峰;李炜;陈旭涵;方晓铧;郑腾辉;黄昌彦;李臻;刘建辉;方振华;贠小花;程鸿平;陈宏展 -专利权人：福建天晴数码有限公司
申请日： 2021-03-19 - 公布日： 2021-07-02 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明涉及基于3D的微观化学分子式和大分子蛋白的建模方法和系统，按照以下步骤实现：步骤S1、数据存储，把内部或是外部标准格式的微观化学或是大分子蛋白的分子式的结构配置文件置于计算机指定目录，读取结构配置文件；步骤S2、原子建模，查找具备材质配置功能的元素周期表找到材质参数信息，创建相应化学元素原子步骤S3、原子位置调整，移动原子到指定位置，调整原子的旋转角度；步骤S4、化学键建模，使用动态网格技术对分子式中的原子的化学键进行建模；连接化学键和原子；步骤S5、模型展示，针对选择的球棍模式或是比例模型对已创建的分子模型进行细节自动微调。通过材质参数信息的调整和动态效果可以丰富微观化学中原子和分子的表现力。
基于微观化学分子式大分子蛋白建模方法系统

[发明专利]一种结合分析化学技术与模型延展获取减压渣油分子组成的方法-CN201610726311.5在审
发明人：何恺源 -专利权人：何恺源
申请日： 2016-08-25 - 公布日： 2017-01-04 - 主分类号： G01N30/86 文献下载
摘要：本发明涉及一种结合分析化学技术与模型延展获取减压渣油分子组成的方法，主要包括以下步骤：初步分离减压渣油中的组分，通过分析化学方法获得部分组分的分子组成，根据已测得分子组成的数据进行建模和模型延展，获得全部组分的分子组成本发明完整结合先进的分析技术与准确的建模方法，弥补了目前分析技术无法检测全部减压渣油分子的缺陷，有效获取减压渣油完整的分子组成。
一种结合分析化学技术模型延展获取减压渣油分子组成方法

[发明专利]基于分子动力学的铸造高铬合金的建模方法-CN201610121445.4有效
发明人：郭晓光;李洋;翟昌恒;康仁科;金洙吉 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2016-03-03 - 公布日： 2017-11-10 - 主分类号： B22D21/02 文献下载
摘要：本发明基于分子动力学的铸造高铬合金的建模方法属于合金材料结构设计领域，涉及一种基于分子动力学方法高铬合金的建模方法。建模方法利用分子动力学建模软件进行铸造高铬合金的组成结构的建模，先获取铸造高铬合金的特征参数，构造体心立方晶体结构的原子模型、构造面心立方晶体结构的原子模型；再通过置换程序，以铬原子置换出模型中的现有原子该建模方法能准确反映合金的微观组织成分和结构，对研究合金的性质和加工方法具有现实意义。
基于分子动力学铸造合金建模方法

[发明专利]一种基于电子密度的分子建模、性质预测方法和系统-CN202110953355.2在审
发明人：黄博;王闾威 -专利权人：北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2021-08-19 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于电子密度的分子建模方法和建模系统，其中方法包括：获取目标分子中的原子坐标信息；基于原子坐标信息，以预设分辨率获取目标分子的电子密度格点信息；从电子密度格点信息中提取大于预设电子密度值的目标电子密度值，并将目标电子密度值组成的3维矩阵构建为目标分子的分子模型。本发明提供的技术方案解决了传统分子表示模型包含的特征不充分的问题。
一种基于电子密度分子建模性质预测方法系统

[发明专利]沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法-CN202211227146.0在审
发明人：谭忆秋;李冠男;刘爽;吕慧杰 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-09 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： G06F30/25 文献下载
摘要：沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法，本发明为了解决现有基于全原子模拟的分子动力学方法难以实现介观尺度的模拟研究等问题。建模方法：一、根据沥青三组分分子的化学特征建立沥青分子的粗粒化分子结构；二、根据粗粒化粒子类型计算沥青粗粒化分子动力学力场参数，粗粒化分子动力学力场UCG＝Unon‑bond+Ubond；三、沥青粗粒化分子动力学模型建模进行模型平衡。本发明以热力学与统计力学理论为基础，提出了改良的沥青粗粒化力场参数计算方法，获得了沥青粗粒化力场，有效扩展了沥青分子动力学研究尺度，实现了沥青微观结构有效表征，从而准确预测了沥青在不同温度下的微观结构。
沥青化分动力学建模微观结构分析方法

[发明专利]一种基于智慧医疗的分子影像智能报告管理系统及方法-CN202211334079.2在审
发明人：韩芳;王若雨;王喆;么雨彤;刘烜利;王艺璇 -专利权人：大连大学附属中山医院
申请日： 2022-10-28 - 公布日： 2023-01-06 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于智慧医疗的分子影像智能报告管理系统及方法，包括：构建模块、分析模块、预警模块和推送模块；所述构建模块，用于采集分子影像报告数据构建分子影像库；所述分析模块，用于根据所述分子影像库对分子影像报告进行分析本发明将患者用户的分子影像报告与正常分子水平阈值和分子影像库进行对比分析，准确快速地得出类似诊断结果，提高医疗人员的诊断速度和诊断精度，实现对分子影像报告的智能化管理。
一种基于智慧医疗分子影像智能报告管理系统方法

[发明专利]一种岩石中粘土矿物的分子模拟表征方法-CN202110851788.7有效
发明人：刘建仪;文义民;袁华;余凡 -专利权人：西南石油大学
申请日： 2021-07-27 - 公布日： 2021-09-28 - 主分类号： G01N23/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种岩石中粘土矿物的分子模拟表征方法。提取岩石样品中的粘土矿物并将其制片；对制片的样品进行X射线衍射，得到XRD图谱；提取XRD图谱中的粘土矿物晶体信息；利用XRD图谱获得岩石样品中粘土矿物含量及排列方式；根据粘土矿物晶体信息以及粘土矿物含量及排列方式，进行分子模拟建模本发明全面获取了岩石中粘土矿物的物相种类、晶胞结构信息，保证了所建模型反应了岩石中粘土矿物分布的真实情况；可以对不同地区不同种类岩石中粘土矿物分子尺度的空间构型进行建模，同时对于岩石中其他矿物分子尺度的建模方法具有一定的指导作用
一种岩石粘土矿物分子模拟表征方法

[发明专利]胺引发环氧树脂逐步交联的交联分子模型的构建方法-CN202310591760.3在审
发明人：姜茜;张佳晨;吴利伟;岳佳宁;陈利 -专利权人：天津工业大学
申请日： 2023-05-24 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种胺引发环氧树脂逐步交联的交联分子模型的构建方法，包括：(1)在分子建模软件中构建胺分子、酸酐分子和环氧分子；(2)单体分子上标记反应原子；(3)设定建模参数和交联参数，再构建混合物模型，再对混合物模型依次进行几何优化和分子动力学平衡，再对混合物优化模型进行交联，一次性输出指定交联度间隔的一系列交联分子模型。本发明能够构建交联度可控的胺/酸酐/环氧交联分子模型，为在分子水平上对其进行研究提供支持，实现对其结构科学合理的高精度模拟。
引发环氧树脂逐步交联分子模型构建方法

[发明专利]一种通过嵌入分子异构边特征的图注意力网络预测化合物毒性的方法-CN202211150067.4在审
发明人：刘宏生;王诗程;张力 -专利权人：辽宁大学
申请日： 2022-09-21 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：一种通过嵌入分子异构边特征的图注意力网络预测化合物毒性的方法，包括以下步骤：步骤1、对数据进行预处理，生成分子图；步骤2、提取分子的异构边特征；步骤3、将异构边特征嵌入分子图，并给予一定的权重；步骤4、构建图注意力网络并使用新的分子图建模，将训练好的模型用于预测。本发明考虑到了分子中的异构边特征，利用图注意力网络对分子图建模，将异构边特征融合进分子图中，更好地提高了对化合物致突变性、心脏毒性等毒性的预测正确率。
一种通过嵌入分子异构边特征注意力网络预测化合物毒性方法

[发明专利]生物油平均分子模型的建模方法-CN202310414713.1在审
发明人：曹雪娟;李小宇;袁颖;杨晓宇;伍燕;邓梅;唐伯明;何丽红;李辉 -专利权人：重庆交通大学
申请日： 2023-04-18 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16C20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种生物油平均分子模型的建模方法。该建模方法包括如下步骤：(1)根据元素分析测试，获取生物油的元素组成及各元素的含量；(2)根据生物油的13C‑NMR图谱，计算生物油的如下结构参数中的一种或多种：芳碳率、芳氢率、脂肪碳率、平均亚甲基链长、烷链支化度、芳环取代度、桥周比；(3)根据光电子能谱确定生物油中基团的种类及个数；(4)根据凝胶渗透色谱确定生物油的分子量区间；(5)根据步骤(1)～(4)得到的参数，确定生物油平均分子的初始模型；(6)对初始模型的分子结构进行优化，得到生物油平均分子模型。该建模方法能够提高生物油平均分子模型的准确性。
生物平均分子模型建模方法

[发明专利]一种高分子共聚物降解建模与仿真方法-CN201710785288.1有效
发明人：张桃红;周绍楠;金戈愉;马瑞;李存芳;张德政;孙义 -专利权人：北京科技大学
申请日： 2017-09-04 - 公布日： 2020-09-25 - 主分类号： G16C20/10 文献下载
摘要：本发明提供一种高分子共聚物降解建模与仿真方法，能够实现微观下的分子链的剪切断裂到宏观下的扩散建模实现降解过程的仿真。所述方法包括：将高分子共聚物离散成元胞；基于离散得到的元胞，随机选择参与剪切的分子链；基于共聚物的成分建立高分子共聚物分子链剪切断裂模型，所述模型用于根据预先设置的分子链中酯键单元间的断裂概率，通过轮盘赌以概率的方式确定所述参与剪切的分子链的断裂位置；所述参与剪切的分子链在确定的所述断裂位置进行断裂；所述参与剪切的分子链在确定的所述断裂位置断裂后，低聚体向外进行扩散。本发明涉及可降解高分子材料技术领域。
一种高分子共聚物降解建模仿真方法

[发明专利]基于人工免疫网络的PET分子影像动力学建模方法-CN201010537122.6无效
发明人：刘丽 -专利权人：刘丽
申请日： 2010-11-09 - 公布日： 2011-04-13 - 主分类号： G06F19/12 文献下载
摘要：本发明揭示了一种基于人工免疫网络的PET分子影像动力学建模方法。对活体注射放射性示踪剂并用PET设备扫描成像，数据处理后获得PET分子影像中若干区域的时间-放射性曲线作为模型的输出函数观测值，将影像中的心室等区域的时间-放射性曲线或者采用有创采血方式获得的血液中的时间本发明实现了无需初始值的建模参数估计，为提高PET分子影像动力学建模方法的可靠性、实用性提供了新型的智能信息处理技术支持，可广泛应用于PET分子影像动力学建模。
基于人工免疫网络 pet 分子影像动力学建模方法

[发明专利]多尺度粗粒化建模方法及分子动力学模拟方法-CN202210386818.6在审
发明人：李林格;侯中怀 -专利权人：中国科学技术大学
申请日： 2022-04-12 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：一种多尺度粗粒化建模方法及分子动力学模拟方法，该建模方法包括将由多个单体键合而成的生物大分子按照结构特征划分为多个结构区域；对所述多个结构区域进行不同精度的粗粒化建模，分别得到与多个所述结构区域对应的多个粗粒化模型，所述多个粗粒化模型包括以单个或多个球体表征相互作用位点的相互作用模型；将与多个所述结构区域对应的多个所述粗粒化模型以弹簧键链接，共同组成所述生物大分子的多尺度粗粒化模型。本发明基于该多尺度粗粒化模型进行大规模分子动力学模拟，可比全原子分子动力学或单体层次粗粒化模型的分子动力学提高数倍至数百倍的模拟效率，能够实现对大规模统计行为更大时间和空间尺度的模拟。
尺度粗粒化建模方法分子动力学模拟

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