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[发明专利]染色体水平基因组的组装方法和组装装置-CN202111649960.7有效
发明人：赵勇;周勋;康玲;陶琳娜;王静 -专利权人：上海诺禾致源医学检验实验室有限公司
申请日： 2021-12-29 - 公布日： 2023-09-26 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种染色体水平基因组的组装方法和组装装置。该组装方法包括：获取同一物种已知的染色体水平基因组作为参考基因组；将待组装个体的重叠群或支架通过与参考基因组比对，得到对应的坐标信息；根据坐标信息将待组装个体的重叠群或支架挂载到染色体水平，得到待组装个体的染色体水平的基因组对于难以提供Hi‑C数据的物种，通过使用同一物种已发表的染色体水平基因组作为参考基因组，将新测个体的重叠群或支支架水平基因组比对到参考基因组，从而实现将新测个体有参挂载到染色体水平的目的。
染色体水平基因组组装方法装置

[发明专利]利用纳米孔测序数据的高原多倍体鱼类基因组注释方法-CN202010226518.2在审
发明人：袁晓辉;刘海平;肖世俊 -专利权人：武汉古奥基因科技有限公司
申请日： 2020-03-27 - 公布日： 2020-07-24 - 主分类号： G16B20/10 文献下载
摘要：本发明涉及基因组注释技术领域，提供一种利用纳米孔测序数据的高原多倍体鱼类基因组注释方法，包括：步骤1：基于纳米孔测序技术获得待注释高原多倍体鱼的全长转录组序列；步骤2：采用n种基因组预测方法分别预测待注释高原多倍体鱼可能的蛋白编码基因；步骤3：将全长转录组序列作为参考序列，将每种基因组预测方法预测得到的每个蛋白编码基因与参考序列进行比对，计算每个蛋白编码基因相对参考序列的重叠率、重叠相似度；步骤4：过滤掉重叠率和重叠相似度均低于相应阈值的蛋白编码基因，对剩下的蛋白编码基因进行整合，得到最终的预测基因集。本发明能够提高高原多倍体鱼类基因组注释的准确性和可靠性，降低基因组注释的成本。
利用纳米序数高原多倍体鱼类基因组注释方法

[发明专利]基于分布式计算确定基因组间重叠基因对数量的方法-CN201910293299.7有效
发明人：江育娥;刘书田;林劼 -专利权人：福建师范大学
申请日： 2019-04-12 - 公布日： 2022-10-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开基于分布式计算确定基因组间重叠基因对数量的方法，步骤1：给定基因组A和基因组B。步骤2：给定分布式计算中分区的数量。步骤3：将A、B基因组中的基因片段拆分为指定格式的键值对。步骤6：计算分区内满足重叠关系的键值对的数量。步骤7：计算分区间满足重叠关系的键值对的数量。步骤8：计算基因组间重叠基因对的数量。本发明通过考虑在大数据应用中，分布式计算的处理优势，有效地解决了现有技术中存在的重叠基因对的数量计算难的问题。
基于分布式计算确定基因组重叠基因数量方法

[发明专利]抗肿瘤药物的筛选方法-CN201811145989.X在审
发明人：张卓;陈河兵;李昊;江帅;李睿江;洪浩;李宛莹;黄昕;赵诚辉;伯晓晨 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2018-09-28 - 公布日： 2019-01-15 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：通过将待评定药物的有效下调表达基因组与目标类型肿瘤的候选癌症基因组进行比对，得到两组基因组的重叠基因，即为重叠基因组，重叠基因组中的基因数量为候选癌症基因组中基因数量的30％以上时，该药物可以评定为目标类型肿瘤的抗肿瘤药物该方法是从生命的本质属性出发，也就是基因的必需性，通过对全基因组的评价分析来筛选抗肿瘤药物，是一种系统、全面、有效的筛选方法。
抗肿瘤药物基因组筛选目标类型重叠基因组肿瘤基因抗肿瘤药物筛选癌症评定本质属性全基因组治疗效果重叠基因必需性普适性比对两组下调分析

[发明专利]宏基因组序列的组装-CN201210170777.3有效
发明人：沙米拉·谢克哈·马休;塔里尼·山卡·果时;瓦伦·梅拉 -专利权人：塔塔咨询服务有限公司
申请日： 2012-05-29 - 公布日： 2017-12-01 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明描述了用于组装宏基因组序列的系统和方法。在一个实施例中，在三维空间中表示多个宏基因组序列，以获得多个序列向量。基于多个序列向量，在三维空间中定义一个具有多个网格的立方体，使得所述立方体包含所述多个宏基因组序列。进一步地，基于遍历所述多个网格，将多个宏基因组序列组装成一个或多个重叠群。在一个实施例中，组装一个或多个重叠群，使得一个重叠群包括可能源自同一基因组的宏基因组序列。
宏基序列组装

[发明专利]病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用-CN202310123384.5在审
发明人：彭友松;傅萍 -专利权人：湖南大学
申请日： 2023-02-16 - 公布日： 2023-05-05 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种病毒基因组鉴定和拼接的方法及应用。该方法包括：对于原始数据进行前处理。将高质量reads拼接为初始重叠群。以初始重叠群作为查询序列，对待鉴定病毒的蛋白序列做同源性搜索，得到潜在病毒重叠群。以潜在病毒重叠群作为查询序列在NCBI NR库中进行同源性搜索，保留潜在病毒重叠群中的最佳比对属于病毒的查询重叠群，作为目标病毒重叠群，并得到与目标病毒重叠群对应的最佳比对的病毒物种。从参考病毒基因组序列库中选择最佳比对的病毒物种所对应的参考基因组，对高质量reads进行拼接，得到待鉴定病毒的病毒基因组序列。上述方法可以实现从原始测序数据出发一条龙地输出样本中包含的病毒及其基因组序列和丰度。
病毒基因组鉴定拼接方法应用

[发明专利]一种基因组完成图的基因组组装方法-CN202110069693.X在审
发明人：卢山;李奎 -专利权人：南京大学
申请日： 2021-01-19 - 公布日： 2021-05-11 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因组完成图的基因组组装方法，首先使用高保真测序数据(HiFi)进行基因组组装，生成重叠群、重叠群路径、边信息和重叠信息；将重叠群锚定在参考基因组的染色体上，得到锚定结果；将重叠群路径按照的锚定结果连接成染色体路径；对于每条染色体，按照重叠群在染色体路径的位置在字符串图上遍历每个重叠群，并为每一对重叠群之间的缺口寻找最短路径并填补缺口。本发明实现了高保真测序(HiFi)的无缺口动植物基因组组装完成图，并且完成图准确性高、质量好。
一种基因组完成组装方法

[发明专利]一种基因组测序数据序列组装方法-CN201410096283.4有效
发明人：孙际宾;李澎鹏;郑平;马延和 -专利权人：中国科学院天津工业生物技术研究所
申请日： 2014-03-17 - 公布日： 2017-10-03 - 主分类号： G06F17/30 文献下载
摘要：本发明实施例提供了一种基因组测序数据序列组装方法，可以整合从头测序和重测序的算法的优点，实现基因组测序数据序列的高效组装。已知测序数据比对到一参考序列后生成的一基于参考序列获得的基因组测序序列的拟定序列遍历路径以及基因组测序数据的重叠关系集合该集合包括“确定”关系子集和“不确定”关系子集。该方法包括将测序数据序列比对到一个近缘参考基因组后获得一个基于参考序列获得的基因组测序序列的拟定序列遍历路径，逐个检查拟定序列遍历路径中的每个节点，根据重叠关系集合的“确定”关系子集和/或“不确定”关系子集中的连接关系来对拟定序列遍历路径进行迭代修正，并更新重叠关系集合；基于更新后的拟定序列遍历路径以及重叠关系集合，检查下一个节点，直至最后一个节点。
一种基因组序数序列组装方法

[发明专利]基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用-CN202110171393.2在审
发明人：刘国华;聂瑜;符意甜;张瑜;邓园萍 -专利权人：湖南农业大学
申请日： 2021-02-04 - 公布日： 2022-04-26 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明为基于高通量测序寄生虱线粒体基因组组装的方法和应用，属于生物信息学技术领域，使用两对引物对寄生虱的全基因组DNA进行扩增和测序，得cox1和rrnS基因部分保守序列；再对全基因组DNA测定浓度后构建成对末端基因组DNA文库，高通量测序，处理后产生了2GB数据；根据cox1和rrnS基因部分保守序列对2GB数据进行重新组装重叠群，直至重叠群的两端重叠后进行多重序列比对，鉴定出保守的非编码区序列并将其作为比对Illumina序列数据集的参考，直至寄生虱线粒体组被全部组装。本方案操作简便，成本低速度快，准确性高，组装后的线粒体基因组通过BLAST进行校准，长片段PCR法进行验证，解决了寄生虱线粒体基因组的组装与注释的难题。
基于通量寄生线粒体基因组组装方法应用

[发明专利]一种高通量测序的微生物数据处理方法-CN201811130694.5有效
发明人：宁康;奚望;高岩;成章昱;陈超云;韩毛振 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2018-09-27 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种高通量测序的微生物数据处理方法，其中，所述方法包括：高通量测序的微生物16sRNA读段进行重叠群组装、分箱，以q‑PCR标记微生物重叠群，使所述微生物重叠群包含标记基因，去除含有标记基因的生物重叠群，获得高质量微生物宏基因组测序数据。本发明通过序列聚类等方法鉴定的去除来源于污染物的序列，得到更为高纯度的微生物宏基因组测序数据，保证基于微生物宏转录组测序数据的基因表达结果更为准确。本发明以微生物宏基因组测序数据作为研究对象，基于生物信息学思路，提高微生物宏基因组测序数据的质量。
一种通量微生物数据处理方法

[发明专利]面向群体基因组索引表示与构建的方法及设备-CN202211295056.5有效
发明人：国宏哲;李高阳;刘博;王亚东 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-21 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：面向群体基因组索引表示与构建的方法及设备，属于基因技术与计算机技术结合领域。本发明为了解决现有基因组索引结构构建的方法无法对PB级群体基因组数据构建有效的索引结构的问题。本发明对参考基因组构建de Bruijn图模型索引表示，确定每个唯一路径unipath；将参考基因组按照固定长度区间进行有重叠划分，每两个相邻局部区域有部分重叠，针对某个体的单体型，收集每个局部区域内的变异，生成局部变异序列，进而生成变异序列索引文件alt string；分别将unipath以及alt string列表转换为字符串列表并基于minimizer进行群体基因组索引的表示与构建。
面向群体基因组索引表示构建方法设备

[发明专利]一种宏基因组重叠群的分类方法-CN201610361015.X有效
发明人：刘云;刘富;侯涛;康冰;王柯;姜守坤;王婧媛 -专利权人：吉林大学
申请日： 2016-05-29 - 公布日： 2018-09-14 - 主分类号： G06F19/24 文献下载
摘要：一种宏基因组重叠群的分类方法，属于生物信息学分析技术领域。本发明的目的是针对宏基因组重叠群的不平衡特性，提出了一种利用改进的模糊c均值算法进行重叠群分类的方法。本发明的步骤是：设c个物种的平均覆盖率，则根据宏基因组物种个数确定公式，利用改进的模糊c均值算法进行宏基因组重叠群分类。改进的模糊c均值算法能够有效地改善传统方法对于不平衡数据集效果不理想的缺点，将其应用到重叠群分类中可以极大地提高分类精度，为后续的宏基因组分析提供良好的基础。
一种宏基重叠分类方法

[发明专利]鉴定功能元件的方法-CN202010224140.2有效
发明人：魏文胜;王轶楠;周悦欣;张心怡;岳頔;刘莹 -专利权人：北京大学;博雅辑因（北京）生物科技有限公司
申请日： 2020-03-26 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： C40B40/06 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于鉴定基因组序列功能元件的文库，包含多个CRISPR‑Cas系统指导RNA，所述指导RNA包含能够靶向至少一个连续基因组区域内的多个基因组序列的指导序列，其中所述指导RNA靶向至少100个基因组序列，该基因组序列包含所述连续基因组区域内每1000个碱基对的PAM序列上游的非重叠切割位点本发明涉及在天然的生物背景下鉴定基因组区或目的蛋白的功能元件的CRESMAS方法。另外，本发明还涉及利用上述文库鉴定基因组序列功能元件方法。
鉴定功能元件方法

[发明专利]多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用-CN202011174363.9有效
发明人：李本萍;王璐;王迪;周勋;陶琳娜 -专利权人：天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-10-28 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用。其中拆分方法包括：根据HiC数据与多倍体基因组序列比对得到的比对文件，计算基因组重叠群间的互作强度和重叠群内的互作强度；根据各重叠群内的互作强度对连接错误的重叠群进行打断；利用打断后的重叠群进行相互比对，得到重叠群间的相似度；根据重叠群间的互作强度和重叠群间的相似度对所有重叠群进行聚类，实现对多倍体基因组同源染色体的拆分。先通过利用重叠群内的互作强度识别错误连接的重叠群，并在错误的地方进行打断。再通过识别重叠群间的相似性，利用重叠群间的互作强度和相似度高低进行聚类，从而能够有效的将同源染色体进行拆分。
多倍体基因组同源染色体拆分方法装置及其应用

[发明专利]新基因组测序策略-CN201080004824.6无效
发明人： M·J·T·范艾杰克;A·J·范托恩;A·A·A·W·扬森 -专利权人：关键基因股份有限公司
申请日： 2010-01-13 - 公布日： 2011-12-07 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种测定基因组序列的方法，包括步骤：通过对BAC克隆池的片段末端进行测序，提供样品基因组的物理图；提供一组来自样品基因组的序列读数，产生物理图谱和序列读数的重叠群。
基因组策略

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