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[发明专利]基因组组装缺口的填补方法和装置-CN202310944042.X在审
发明人：吴雅静;王龙;马策;彭珍;康玲;吴越;李萍;刘孟 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2023-07-28 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组组装缺口的填补方法和装置。该填补方法包括：从原组装基因组序列中提取出含有缺口的序列，含有缺口的序列包括缺口以及缺口的上下游序列；利用测序数据对含有缺口的序列中的缺口进行填补，得到缺口填补的序列；用缺口填补的序列替换原组装基因组中的含有缺口的序列。通过提取原组装基因组上含缺口区域的上下游序列，仅需对提取出含缺口的序列进行处理，减少后续处理的数据量。在利用测序数据对含有缺口的序列进行缺口填补时，由于仅需对提取出来的序列进行填补，而非对全基因组进行填补，因而数据量相对较小，内存占用也较小，成本低且处理速度也相对较快。
基因组组装缺口填补方法装置

[实用新型]琼脂糖凝胶电泳装置-CN202321100892.3有效
发明人：杜微;郭松;汤晓燕 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2023-05-09 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G01N27/447 文献下载
摘要：本实用新型提供了一种琼脂糖凝胶电泳装置。琼脂糖凝胶电泳装置包括：底座，底座具有容置槽；电泳盒，电泳盒用于容置琼脂糖凝胶，电泳盒为多个，多个电泳盒间隔设置在容置槽内；电极组件，电极组件为多个，多个电极组件与多个电泳盒一一对应设置，电极组件包括正极件和负极件，正极件和负极件分别位于电泳盒的两侧。本实用新型解决了现有技术中样本进行琼脂糖凝胶电泳时容易产生交叉感染的问题。
琼脂凝胶电泳装置

[发明专利]琼脂糖凝胶电泳装置-CN202310517107.2在审
发明人：杜微;郭松;汤晓燕 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2023-05-09 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G01N27/447 文献下载
摘要：本发明提供了一种琼脂糖凝胶电泳装置。琼脂糖凝胶电泳装置包括：底座，底座具有容置槽；电泳盒，电泳盒用于容置琼脂糖凝胶，电泳盒为多个，多个电泳盒间隔设置在容置槽内；电极组件，电极组件为多个，多个电极组件与多个电泳盒一一对应设置，电极组件包括正极件和负极件，正极件和负极件分别位于电泳盒的两侧。本发明解决了现有技术中样本进行琼脂糖凝胶电泳时容易产生交叉感染的问题。
琼脂凝胶电泳装置

[发明专利]性状定位的方法及装置-CN202111679978.1有效
发明人：姜亚菲;金岳;李萍;陶琳娜;王静;杨凌云 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2023-06-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种性状定位的方法及装置。该方法包括：将测序序列按照长度L进行切割，获得若干Kmer标记；对Kmer标记进行去重，获得唯一性Kmer标记及各唯一性Kmer标记在参考基因组上的位置；比对性状不同的群体中唯一性Kmer标记不一致的位置，不一致的位置即为与性状关联的位置。通过采用Kmer作为分子标记，代替传统的SNP或INDEL标记，进而通过比较不同性状的群体中的所不一致的Kmer标记及其位置，则该不一致的Kmer标记所在的位置即是与所比较的群体中所不同的性状关联的位置。在不同条件下均能准确定位，定位稳定性高。
性状定位方法装置

[发明专利]多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用-CN202011174363.9有效
发明人：李本萍;王璐;王迪;周勋;陶琳娜 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-10-28 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种多倍体基因组同源染色体的拆分方法、装置及其应用。其中拆分方法包括：根据HiC数据与多倍体基因组序列比对得到的比对文件，计算基因组重叠群间的互作强度和重叠群内的互作强度；根据各重叠群内的互作强度对连接错误的重叠群进行打断；利用打断后的重叠群进行相互比对，得到重叠群间的相似度；根据重叠群间的互作强度和重叠群间的相似度对所有重叠群进行聚类，实现对多倍体基因组同源染色体的拆分。先通过利用重叠群内的互作强度识别错误连接的重叠群，并在错误的地方进行打断。再通过识别重叠群间的相似性，利用重叠群间的互作强度和相似度高低进行聚类，从而能够有效的将同源染色体进行拆分。
多倍体基因组同源染色体拆分方法装置及其应用

[发明专利]RNA建库方法-CN202011401655.1有效
发明人：李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-12-03 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本申请提供了一种RNA建库方法。该建库方法包括：利用poly(dT)与ploy(A)的结合捕获富集mRNA；对mRNA进行片段化处理，得到片段化mRNA；对片段化mRNA进行逆转录，得到片段化双链cDNA；对片段化双链cDNA进行文库构建，得到降解RNA测序文库。通过利用poly(dT)与ploy(A)结合的方式富集mRNA后，先对富集的mRNA进行片段化处理，然后逆转录合成双链cDNA，之后利用经典的末端修复加A和TA碱基连接方式建库，提高对降解RNA的兼容性，使得该建库方法能够适合任意样本的RNA文库构建。该建库方法对降解RNA文库构建及产出数据质量的提高效果更显著。
rna 方法

[发明专利]细胞类型的确定方法、装置、存储介质及电子装置-CN202011105904.2有效
发明人：白英男;张丽君;齐炜;李瑞强;吴俊;曹志生 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-10-15 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种细胞类型的确定方法、装置、存储介质及电子装置。该方法包括：确定多组预设标记基因集，其中，每组预设标记基因集用于定义一种细胞类型；对于各组预设标记基因集中的标记基因，分别计算目标细胞类群中包含的标记基因的表达值大于阈值的细胞的占比，得到多组占比数据，并基于各组占比数据分别确定每组预设标记基因集对应的目标得分值，得到多个目标得分值，其中，一个目标得分值用于量化目标细胞类群归属于一组预设标记基因集定义的细胞类型的程度；根据多个目标得分值，确定目标细胞类群所属的细胞类型。通过本申请，解决了相关技术中确定细胞类群的类型的方法复杂、准确度低的问题。
细胞类型确定方法装置存储介质电子

[发明专利]全基因组等位基因鉴定方法及装置-CN202211016061.8有效
发明人：彭珍;赵勇;周勋;刘志静;王龙;陶琳娜;康玲 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-08-24 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种全基因组等位基因鉴定方法及装置。其中，鉴定方法包括：获取二倍体或多倍体的全基因组的原始蛋白注释文件；根据原始蛋白注释文件获取候选等位基因对及候选等位基因对中每个等位基因在基因组上的位置；根据各等位基因对中每个等位基因在基因组上的位置相同的原理对候选等位基因对进行筛选，获得最终的等位基因。通过基因组上的基因对和在基因组上的位置排序来鉴定等位基因，弥补了现有技术中等位基因鉴定不全或者等位基因鉴定错误的问题。
基因组等位基因鉴定方法装置

[实用新型]核酸负压抽滤装置-CN202221980270.X有效
发明人：杜微;汤晓燕;黄丹 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-07-28 - 公布日： 2022-11-18 - 主分类号： C12M1/12 文献下载
摘要：本实用新型提供了一种核酸负压抽滤装置，该核酸负压抽滤装置包括：吸附柱适配器，包括多个连通件，每个连通件的进液口均能够与一个吸附柱的出液口相连通；负压发生器，具有多个负压发生腔，多个负压发生腔的进液口与多个连通件的出液口一一对应连通；滤液收集件，包括收集瓶和多个收集管，多个负压发生腔的出液口与多个收集管的进液口一一对应连通，多个收集管的出液口均与收集瓶相连通。通过本申请提供的技术方案，能够解决相关技术中的核酸负压抽滤装置的各个吸附柱所承受的负压力不同的问题。
核酸负压抽滤装置

[发明专利]与猪饲料转化率相关的分子标记、鉴定及其应用-CN201910630651.1有效
发明人：周荣;李瑞强;张垒霞;梁齐齐;李奎;蔡晶;江文恺 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2019-07-12 - 公布日： 2022-11-15 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明公开了一种与猪饲料转化率相关的SNP标记，所述SNP标记位于DHRS4基因的内含子区域，具体为猪基因组版本Ensembl Sscrofa 11.1的7号染色体第75245571位碱基，所述SNP标记具有A/T多态性；所述SNP标记对应的三种基因型分别为TT、TA和AA，基因型为AA的猪相较于基因型为TA和TT的猪具有更低的饲料转化率。本发明所述DHRS4基因及与猪饲料转化率相关的SNP标记的确定，可用于鉴定或辅助鉴定饲料转化率低的猪品种，缩短育种周期，提高育种效率。
猪饲料转化相关分子标记鉴定及其应用

[发明专利]细胞类型的预测方法、装置及服务器-CN202210989777.X有效
发明人：陈明;李本萍;王一鸣;张丽君;吴帆 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-08-18 - 公布日： 2022-10-28 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种细胞类型的预测方法、装置及服务器，涉及细胞类型测量的技术领域，包括：获取待预测细胞群的分群结果；根据预先配置的标记基因集，确定每个子细胞群对应的标记基因的表达值；对每个子细胞群进行差异分析，得到每个子细胞群中对应的标记基因的差异倍数；根据表达值和差异倍数，确定每个子细胞群的预测细胞类型。本发明可以显著提升细胞类型预测的速度和精确度。
细胞类型预测方法装置服务器

[发明专利]RNA文库的构建方法-CN202011120991.9有效
发明人：李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2020-10-19 - 公布日： 2022-10-04 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种RNA文库的构建方法。该构建方法包括：采用逆转录引物对片段化的RNA进行逆转录，得到第一链cDNA，逆转录引物从5’端至3’端依次包括：已知序列和随机序列；采用环化酶将第一链cDNA进行单链接头连接得到连接产物；对连接产物进行PCR扩增得到RNA文库。通过在对RNA逆转录合成第一链cDNA的同时即引入了第一测序引物序列，随后直接通过环化酶进行单链接头连接引入第二测序引物序列，最后根据第一测序引物序列和第二测序引物序列设计合适的扩增引物对接头连接产物进行PCR扩增，即可得到RNA文库。该方法既无需第二链cDNA的合成，也无需其他消化过程直接实现链特异性，操作简单，节省工时。
rna 文库构建方法

[发明专利]用于构建small RNA文库的接头、试剂盒及small RNA文库的构建方法-CN202110486484.5有效
发明人：李新;马玉;李瑞强;赵桂仿 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2021-04-30 - 公布日： 2022-09-23 - 主分类号： C40B80/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于构建small RNA文库的接头、试剂盒及small RNA文库的构建方法。其中，该接头包括3’端接头，3’端接头为SEQ ID NO：1所示的随机末端接头，其中，N表示随机碱基；3’端接头的5’末端连接一个rApp，3’末端连接一个封闭基团，5’末端的第二位碱基修饰有MP。进一步地，接头还包括5’端接头，5’端接头为SEQ ID NO：2所示的末端接头，5’端接头的3’末端具有2’OMe修饰。应用本发明的技术方案，3’端接头的MP修饰和5’端接头的2’OMe修饰，能够有效的防止3’端接头和5’端接头连接，提高接头连接效率，降低建库的起始量。
用于构建 small rna 文库接头试剂盒方法

[发明专利]大于10G的基因组Hi-C挂载的方法和装置-CN202210463242.9有效
发明人：赵勇;周勋;王龙 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-04-29 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种大于10G的基因组Hi‑C挂载的方法和装置。其中，该方法包括：获取大于10G的基因组Hi‑C数据的原始hic文件和原始组装文件；将原始组装文件拆分为多个独立组装文件，并根据多个独立组装文件获得对应的多个独立hic文件；根据多个独立组装文件和多个独立hic文件，分别获得多个调整后独立组装文件；将多个调整后独立组装文件进行合并，获得染色体水平组装的基因组。该方法不仅能有效降低大基因组hic文件手动调整时的软件延时，而且不牺牲hic互作的准确度。
大于 10 基因组 hi 方法装置

[发明专利]组装延长性染色体的方法及装置-CN202210376925.0有效
发明人：周勋;赵勇;王龙;曹斌斌 -专利权人： 天津诺禾致源生物信息科技有限公司
申请日： 2022-04-12 - 公布日： 2022-07-01 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种组装延长性染色体的方法及装置。其中，该方法包括：S1，使用hifi数据对基因组组装挂载，根据hifi数据的深度在未挂载区域对潜在的性染色体片段根据深度进行鉴定，其中，性染色体为y染色体或w染色体；S2，使用超长数据对单独的潜在性染色体片段连长，得到性染色体片段，超长数据为N50长度到达50Kb以上的数据。与现有的组装技术相比，本发明在现有组装技术的水平上，单独对性染色体（y染色体或w染色体）根据reads深度做了鉴定，同时将鉴定出的潜在性染色体（y染色体或w染色体）进行连长和补洞，使性染色体（y染色体或w染色体）片段的连续性和完整性更高。
组装延长染色体方法装置

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