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[发明专利]一种临床蛋白质质谱数据的分类系统及方法-CN202110153002.4在审
发明人：戴捷;呼建文;胡伟伟 -专利权人：上海拜谱生物科技有限公司
申请日： 2021-02-04 - 公布日： 2021-06-11 - 主分类号： G01N30/72 文献下载
摘要：本发明公开了一种临床蛋白质质谱数据的分类系统及方法，本发明涉及蛋白质谱数据分类技术领域，解决了现有技术中不能够对临床蛋白质进行等级划分，导致质谱仪使用不当降低工作效率的技术问题，质谱分类单元接收到质谱分类信号后，对蛋白质质谱进行分类，获取到蛋白质的质谱信息，通过公式获取到蛋白质质谱的分析系数Xp，若蛋白质质谱的分析系数Xp≥质谱的分析系数阈值，将对应质谱标记为优质质谱，并将优质质谱发送至云管理平台；若蛋白质质谱的分析系数Xp＜质谱的分析系数阈值，将对应质谱标记为劣质质谱，并将劣质质谱发送至云管理平台；对蛋白质质谱进行合理分类，提高了蛋白质的分析准确性，减少了临床检测的误差。
一种临床蛋白质数据分类系统方法

[发明专利]一种基于深度学习提高单细胞蛋白质组鉴定覆盖率的方法-CN202210331187.8有效
发明人：郭雪江;李妍;司徒成昊;王兵 -专利权人：南京医科大学
申请日： 2022-03-31 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习提高单细胞蛋白质组鉴定覆盖率的方法，该方法包括：通过质谱实验产生多细胞蛋白质组和多个单细胞蛋白质组质谱数据，提取谱图信息进行预处理；根据肽段保留时间构建肽段保留时间预测模型；基于多细胞蛋白质组质谱数据作为谱图库，构建的深度学习模型来预测单细胞蛋白质组谱图碎片离子强度，并产生用于区分目标和诱饵PSM的特征；构建贝叶斯参数优化的集成学习模型对单细胞蛋白质组谱图质量进行重打分；基于正反库竞争方法控制谱图和蛋白水平的假发现率，进而将高可信性度的肽匹配谱图拼装为肽段、蛋白质进行定量。本发明有助于提高单细胞蛋白质组质谱数据的蛋白质鉴定水平，并促进单细胞蛋白质组学的未来发展和应用。
一种基于深度学习提高单细胞蛋白质鉴定覆盖率方法

[发明专利]构建目标蛋白质组谱图库的方法和应用-CN202310806229.3在审
发明人：张珅;雷姣;汪星瑶;林戈 -专利权人：中信湘雅生殖与遗传专科医院有限公司
申请日： 2023-07-03 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请涉及一种构建目标蛋白质组谱图库的方法和在微量目标蛋白质组分析上的应用，方法包括：通过不同扫描范围对目标蛋白质组进行多次无动态排除的数据依赖采集模式的质谱扫描，以得到目标蛋白质组的质谱数据，目标蛋白质组的质谱数据包括目标蛋白质组多个扫描范围的一级谱，以及每个扫描范围中母离子强度满足预设阈值的二级谱；基于目标蛋白质组的质谱数据进行搜库以构建目标蛋白质组谱图库。本申请通过多个扫描范围无动态排除的数据依赖采集的质谱数据构建谱图库，对微量蛋白质组的DIA数据进行搜库分析，提高了DIA数据匹配的成功率，进而提高DIA数据分析的准确性和灵敏度，提高了微量蛋白鉴定的准确性和灵敏度
构建目标蛋白质图库方法应用

[发明专利]一种蛋白质鉴定方法及系统-CN201711113675.7有效
发明人：尹文波;王伶俐;仇进;康萍 -专利权人：复旦大学
申请日： 2017-11-13 - 公布日： 2020-11-20 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明属于生物分析技术领域，具体为一种蛋白质鉴定方法及系统。本发明方法包括：根据蛋白酶对待测蛋白质进行酶切操作，利用蛋白质串联质谱技术获得待测蛋白质的二级质谱；对蛋白质数据库中的蛋白质序列进行虚拟酶切操作，提取符合要求的第一类肽段；利用FPGA加速算法根据第一类肽段生成理论谱；利用FPGA加速模块将待测蛋白质的二级质谱与理论谱对比，进行相似性打分；将得分结果最高的理论谱对应的肽段序列确定为蛋白质的肽段序列；依次确定蛋白质的所有肽段序列，得到蛋白质序列。采用本发明所提供的蛋白质鉴定方法及系统，实现了在FPGA上加速，整个打分过程加速约为25倍左右，加速效果良好，提高了系统的运行效率。
一种蛋白质鉴定方法系统

[发明专利]蛋白质查找方法和设备-CN200780033987.5无效
发明人：寺本礼仁;皆川宏贵;上條宪一 -专利权人：日本电气株式会社
申请日： 2007-07-09 - 公布日： 2009-08-26 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：一种蛋白质查找方法，其中基于通过蛋白质组分析获得的蛋白质表达谱图数据查找与信息直接或间接相关的蛋白质作为目标蛋白质，该方法包括基于通过对谱图数据中的信息和蛋白质表达量的监督学习获得的蛋白质的显著性选择与信息有关的蛋白质作为目标蛋白质；以及基于评估数据评估目标蛋白质的性能。
蛋白质查找方法设备

[发明专利]基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法-CN202110388038.0有效
发明人：秦伟捷;李航;李圆圆 -专利权人：北京蛋白质组研究中心
申请日： 2021-04-12 - 公布日： 2021-11-23 - 主分类号： G01N30/88 文献下载
摘要：本发明公开了基于微孔阵列芯片的微量样本代谢组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组多组学分析方法。本发明包括如下步骤：(1)提供微孔阵列芯片，亲水修饰；(2)将待测细胞样本置于微孔中，加入有机溶剂萃取代谢物；分析萃取液，鉴定代谢物；(3)构建仅包含蛋白质组谱和同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱的质谱谱图数据库；(4)在萃取代谢物后的微孔中加入蛋白酶，收集消化液；对消化液进行液相色谱‑质谱分析；搜索仅包含蛋白质组谱数据库，鉴定肽段及相应蛋白质；搜索同时包含蛋白质组和磷酸化蛋白质组谱数据库，鉴定磷酸肽及相应磷酸化蛋白质本发明利用HILIC分离原理实现代谢物和蛋白质的串联提取，建立了无需富集的磷酸化蛋白质组分析方法。
基于微孔阵列芯片微量样本代谢蛋白质磷酸化组多组学分析方法

[发明专利]一种质谱技术检测蛋白质构象变化的方法-CN201610164894.7有效
发明人：邹汉法;周烨;王方军 -专利权人：中国科学院大连化学物理研究所
申请日： 2016-03-22 - 公布日： 2020-04-21 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明属于利用蛋白质组学分析技术研究蛋白质微观构象的研究领域，涉及一种质谱技术检测蛋白质构象变化的方法，具体为一种结合活性共价化学标记和质谱技术来检测蛋白质构象变化的方法，在整体蛋白质层次上对赖氨酸残基进行活性化学标记，随后进行蛋白质变性、酶解并用质谱进行检测，通过质谱的鉴定结果计算赖氨酸残基的标记效率。该方法快速简单、稳定高效，能够用于考察蛋白质结构的细微构象变化，在标记过程中蛋白质活性保持不变，不受蛋白质大小、溶解度、纯度等限制，能够更加真实的反应蛋白质在生理活性状态下的构象。
种质技术检测蛋白质构象变化方法

[发明专利]基于AI技术绘制毒株蛋白质二维谱的方法-CN202010995311.1在审
发明人：张辉;王利 -专利权人：内蒙古民族大学
申请日： 2020-09-21 - 公布日： 2021-02-23 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于AI技术绘制毒株蛋白质二维谱的方法，该方法针对毒株蛋白质序列、结构与音乐在表现形式上的特点，基于AI技术实现了由毒株蛋白质结构生成二维乐谱的方法，从而建立起毒株蛋白质序列与音乐的一一对应关系，以辅助毒株蛋白质的分析研究。该方法将毒株蛋白质以二维谱的方式进行表达后，在进行毒株蛋白质的研究时，既可通过二维谱从视觉上直观看到不同毒株蛋白质的区别之处，也可将二维谱演奏成音乐，从听觉上感知不同毒株蛋白质的不同，为毒株蛋白质的研究提供了一种新的方式方法
基于 ai 技术绘制蛋白质二维方法

[发明专利]白血病细胞蛋白质谱特征分子的检测方法-CN201210496651.5无效
发明人：许蕴;史敦云;王大平;陈旭红;杜新;张晓丽;卓家才 -专利权人：深圳市第二人民医院
申请日： 2012-11-29 - 公布日： 2013-03-13 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明提供了一种白血病细胞蛋白质谱特征分子的检测方法，包括如下步骤：测定四种不同白血病：早幼粒细胞白血病、急性髓系粒细胞白血病、急性髓系单核细胞白血病、急性淋巴细胞白血病及对照组健康骨髓中的单个核细胞的蛋白质谱图，并将其集合成蛋白质谱图库；处理所述蛋白质谱图库形成蛋白质谱图数据库，以蛋白质谱图数据库的特征分子建立白血病细胞蛋白质谱分析模型；筛选出用来显著区分各组的特征分子。本发明建立不同类型白血病的蛋白质谱数据库，构建了白血病细胞蛋白质谱分析模型，该分析模型有潜力应用于白血病细胞性质的判别；得出的重要特征分子可作为白血病靶向药物的靶点研究以及白血病生物标志物临床应用。
白血病细胞蛋白质特征分子检测方法

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统、相关计算机程序产品-CN202210595983.2在审
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统相关计算机程序产品

[发明专利]用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法和电子系统-CN201680027558.6有效
发明人： N·冯塔因;F·卡德特 -专利权人：皮阿赛勒公司
申请日： 2016-04-14 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：将用于预测蛋白质的至少一个适应度值的方法在计算机上执行，并且所述方法包括以下步骤：根据蛋白质数据库将所述蛋白质的氨基酸序列编码(100)成数值序列，所述数值序列包含序列中每个氨基酸的值；根据数值序列计算(110)蛋白质谱；以及对于每个适应度：将计算的蛋白质谱与预定数据库的蛋白质谱值进行比较(130)，所述数据库包含针对所述适应度的不同值的蛋白质谱值，根据比较步骤预测(130)所述适应度的值。
用于预测蛋白质至少一个适应方法电子系统

[发明专利]一种蛋白质翻译后修饰定位的方法-CN201510197719.3有效
发明人：肖开捷;沈赟;王悦;田志新 -专利权人：同济大学
申请日： 2015-04-21 - 公布日： 2017-10-24 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质翻译后修饰定位的方法，基于所述质谱的原始一级和二级质谱的数据库搜索，通过特征匹配离子，来确定蛋白质翻译后修饰的位点，对质谱数据进行数据库搜索和蛋白质鉴定过程中，利用特征离子，实现对不同蛋白质翻译后修饰的位置异构或组合异构的高效、准确的区分，实现蛋白质翻译后修饰的定位。与现有技术相比，本发明的解析方法对高通量的蛋白质翻译后修饰的精确定位有着显著的提升，可以得到综合全面的翻译后修饰鉴定结果、精确的确定蛋白质的翻译后修饰位点，适用于高通量的蛋白质组的解析，特别是具有大量翻译后修饰的蛋白质(如组蛋白等)质谱及串级质谱高效解析及结构准确鉴定。
一种蛋白质翻译修饰定位方法

[发明专利]一种利用表面修饰蛋白芯片进行肺癌诊断方法-CN03136951.0无效
发明人：何大澄 -专利权人：北京师范大学
申请日： 2003-05-23 - 公布日： 2003-11-12 - 主分类号： G01N33/49 文献下载
摘要：本发明涉及一种利用表面修饰蛋白芯片进行肺癌诊断方法，属蛋白质组学应用技术领域。该方法首先取肺癌病人和正常人的血清，制备成表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱蛋白质芯片，测定其蛋白质谱，从蛋白质谱中筛选出六个标志差异蛋白质作为肺癌标志蛋白质；取待测病人微量血清，制备成表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱蛋白质芯片，测定其蛋白质谱；以分子量为5910道尔顿和1030道尔顿的蛋白质判断，根据峰的强度判断是否为肺癌病人。
一种利用表面修饰蛋白芯片进行肺癌诊断方法

[发明专利]一种检测差异表达蛋白质的方法-CN201310397694.2有效
发明人：刘超;宋春青;迟浩;孙瑞祥;董梦秋;贺思敏 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2013-09-04 - 公布日： 2014-05-07 - 主分类号： G01N27/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种检测差异表达蛋白质的方法，面向定量蛋白质组学中的基于一级谱图信息的标记和非标记的相对定量数据分析，包括肽谱匹配、可信度评价、肽段信号提取、肽段比值计算、蛋白质比值计算、统计学分析，根据某蛋白质在两种或多种样品中对应的质谱信号强度比值判断其是否是差异表达蛋白质对于近百GB的规模的质谱实验采集的数据，快速地自动化分析，对不同蛋白质在质谱仪中的信号尽可能精准地提取蛋白质信号；从统计学意义上确定蛋白质差异表达，并对结果的准确性进行评价。
一种检测差异表达蛋白质方法

[发明专利]蛋白质组学产前诊断方法-CN200510096869.1无效
发明人：翁炳焕 -专利权人：翁炳焕
申请日： 2005-09-11 - 公布日： 2007-03-14 - 主分类号： G01N30/72 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于医疗领域的蛋白质组学产前诊断方法，其主要特征是从蛋白质组学的角度，基于飞行质谱等蛋白质组分析原理，以成批分析出生缺陷病特异蛋白质谱为原理建立蛋白质组学产前诊断方法，分析时用蛋白芯片结合被检出生缺陷病蛋白，经选择性清洗，芯片保留了高分辨率的蛋白谱，加能量吸收分子后，保留的蛋白形成晶体，经特异激光照射，解离出蛋白离子，经高压电场加速后进入真空无电场飞行管，飞向离子检测器，不同质荷比的蛋白质依据其通过飞行管的时间长短被记录，并经高速模拟数字转化器转化后，被测蛋白以一系列蛋白质荷比峰或蛋白质谱形式呈现，以相关分析软件或以基于人工神经网络建立的产前诊断模型筛选出疾病表达的特异蛋白质谱作为出生缺陷病产前诊断或患病风险率评估。
蛋白质产前诊断方法

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