本发明公开一种肺癌突变位点的突变率的检测方法,其包括:(1)对肺癌患者外周血的血浆样本进行cfDNA的提取,获得cfDNA提取物;(2)针对肺癌相关的EGFR L858R位点设计第一突变型检测探针(序列为SEQ ID NO:5)和第一野生型检测探针(序列为SEQ ID NO:6)、第一引物(序列为SEQ ID NO:1)和第二引物(序列为SEQ ID NO:2),并且针对肺癌相关的EGFR 19号外显子缺失位点设计第二突变型检测探针(序列为SEQ ID NO:7)、第二野生型检测探针(序列为SEQ ID NO:8)、第三引物(序列为SEQ ID NO:3)和第四引物(序列为SEQ ID NO:4);(3)以cfDNA提取物为模板,进行ddPCR检测,获得含有敏感性突变位点的扩增产物;(4)对扩增产物进行数据分析,获得EGFR敏感性突变L858R和19Del的突变率。由此,能够灵敏地获得EGFR敏感性突变L858R和19Del的突变率。