本发明公开了一种与猪背膘厚性状相关的基因组和分子标记方法及其育种应用,其特征在于所述基因序列Seq ID No:4为存在于猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4的核苷酸序列分子,利用分子标记方法来标记和确定的具有所述单倍型H4的猪进行育种,本发明的有益效果是:创造性地发现猪线粒体基因D‑Loop区单倍型H4的6月龄母猪背膘厚极显著低于其它单倍型,即单倍型H4与低猪背膘厚性状相关,并通过检测猪线粒体基因组D‑Loop区的单倍型H4作为与猪低背膘厚相关联的分子育种标记,不仅方法简便快速,而且不受环境影响,并可实现早期选种。